Структура содержания диссертации как единой системы выражает взаимозависимость, соподчиненность компонентов (элементов) и логику процесса исследования. Каждый компонент процесса исследования и его представления в форме текста связан прямыми и/или обратными связями явно или косвенно со всеми другими компонентами – последующими и предыдущими. Может быть выделено, по-крайней мере, две группы связей диссертационного исследования: связи между компонентами текста диссертации и связи между этапами (процедурами) процесса исследования. В соответствии со сложившимися правилами представления этапов и результатов исследования текст диссертации в завершенном виде строится как линейная последовательность этапов и результатов исследования с их аргументацией. Каждый элемент связан с предыдущим (является «продолжением» предыдущего) и является основой последующего. При этом другие связи компонентов (обратные и косвенные) проявляются через контекст, не явно. Однако взаимосвязь компонентов и логика процесса выполнения диссертационного исследования значительно более сложна. В представленном к защите тексте весьма затруднительно показать динамику хода исследования, который сопровождается многократными уточнениями, дополнениями, переходами от некоторых предварительных суждений и промежуточных выводов к заключительному концепту.
Возникновение системного подхода, дополненного теорией самоорганизации сложных открытых систем, способствовало более широкому взгляду на структуру системы. Базисной основой сложных систем является то, что свойства целого не сводятся к свойствам его частей, а предсказать результат или реакцию системы на некоторое известное внутреннее несовершенство или внешнее воздействие на неё невозможно. Сложная система обладает некоторым сверхсуммарным качеством (кооперативным эффектом). Процесс выполнения диссертационного исследования и его продукт в форме магистерской диссертации также может быть отнесен к категории сложной системы, а его структура отличается появлением чего-либо нового, не сводимого к её отдельным частям. При этом, несмотря на соподчиненность частей системы, они обладают и относительной автономностью.
При выполнении магистерского исследования каждый последующий шаг (этап, процедура) с неизбежностью требует возврата к предыдущим, уже выполненным этапам, и их коррекции, уточнения, дополнения. Исследователь, действуя индуктивно (по аналогии с методом проб и ошибок) и выполнив очередной этап, переходит к следующему этапу. При его выполнении открываются какие-либо другие свойства, качества, стороны объекта, предмета и проблемы исследования, которые не были учтены ранее. Результат выполнения предыдущих этапов оказывается не полным и не адекватным вновь открывшемуся знанию о проблеме и предмете, не таким, каким он представлялся ранее. Поэтому результаты исследования предыдущих этапов уточняются (дополняются). Результат выполнения каждого последующего этапа является основанием внесения уточнений в предыдущие этапы.
Эта взаимосвязанность (взаимозависимость) всех шагов, этапов, процедур, циклов исследования объясняет не только сложность, но и неопределенность задач и промежуточных результатов. Цикличность процесса исследования независимо от того, осознается она или нет, может быть обозначена как «метод (или стратегия) последовательных приближений», или термином «итерация» (лат. Iteration - повторение). По мере продвижения исследования неопределенность уменьшается, а итоговый результат приобретает четкость и ясность - результаты всё в большей мере приближаются к истинным (условно), обоснованным и достоверным. Диссертация обретает логически связный научный вид и завершенность.
