Борьба за достижение основных стратегических целей в области внутренней, и внешней политики, определившихся на рубеже XV-XVI веков продолжалась в XVI столетии. Это столетие неразрывно связано с именем первого русского царя Ивана IV (1533-1584), прозванного Грозным, период правления которого составляет целую эпоху русской истории. В деятельности Ивана Грозного выделяются два этапа: доопричный и опричный. В течение первого - правительство Ивана Грозного (Избранная рада) проводило ряд важных структурных реформ, направленных на укрепление централизованного аппарата власти. Созыв Земских соборов-собраний представителей сословий; издание нового Судебника; создание центральных органов государственного управления; отмена системы кормлений и реформа местного управления, частично обеспечивающая его выборность; введение единообразного порядка организации военных сил и создание стрелецкого войска; реформа податного обложения - все эти меры повысили централизацию государства, эффективность управления, способствовали становлению сословно-представительной монархии. Реформы середины XVI столетия привели к крупным военным успехам: к России были присоединены Казанское и Астраханское ханства, в состав государства вошли Среднее и Нижнее Поволжье, а также Южное Приуралье. Открывалась возможность дальнейшего продвижения на восток, в Сибирь. (Сибирское ханство было разгромлено и присоединено в конце XVI века).
Однако роспуск Избранной рады в 1560 г. означал начало перехода ко второму этапу правления Ивана IV, связанному с опричниной и опричным террором. В 1565 г. с помощью ловкого политического маневра Иван IV обеспечил за собой право неограниченной власти, учреждения опричнины - государева удела с особой территорией, войском и государственным аппаратом. Сразу же после этого начался террор, обрушившийся сначала на феодальную аристократию, а затем и на другие слои общества. Кульминацией опричного террора стал конец 1569-начало 1570 гг., когда варварскому разгрому был подвергнут Новгород, якобы умысливший измену и пожелавший отойти к Литве. По дороге к Новгороду опричники устроили кровавые погромы в Клину, Твери и Торжке.
Вопрос о сути и целях опричнины (как системе внутриполитических мероприятий) продолжает вызывать острые споры среди историков. Одни из них рассматривают опричнину как последовательную политику, направленную на уничтожение сепаратизма феодальной аристократии, на подрыв экономических основ ее политической власти путем ликвидации княжеско-боярского землевладения и обеспечения широких кругов дворянства (основы монархической власти) поместьями за счет конфискованных земель.
Другие объясняют введение опричнины стремлением Ивана IV форсировать процесс централизации, что в условиях невызревших экономических и социальных предпосылок возможно было только путем террора.
Третьи считают, что целью опричнины и развязанного в стране террора был переход к самовластию (близкому к восточной деспотии), поскольку складывание сословно-представительной монархии шло вразрез с представлениями Ивана Грозного о безусловном и всеобъемлющем характере власти царя-самодержца, восходящими и к византийским традициям, и к идеям, утвердившимся на Руси в период золотоордынского господства. Четвертые подчеркивают, что целью опричнины была война против бояр, их крамолы (и реальной, и потенциальной, и мнимой), сопровождающаяся ломкой и перетасовкой землевладельческих отношений, стравливанием разных слоев землевладельцев между собой, иррациональным террором, обрушившимся на страну. Очевидно, что для уяснения смысла опричнины необходим синтез разных подходов. Форсирование централизации и утверждение самовластия путем опричного террора и разорения страны привели к губительным последствиям. В стране разразился тяжелейший экономический кризис, усилению которого способствовали и поражение в Ливонской войне 1558-1583гг., и эпидемия чумы начала 70-х годов XVI века. Хозяйственная разруха, вызвавшая массовое бегство крестьян на окраины государства, ускорила процесс становления крепостного права в государственном масштабе, причем в очень жестких формах. Социальное напряжение, порожденное опричным террором, в сочетании с социальным напряжением, вызванным закрепощением крестьян, породили острейший кризис. Слом механизмов управления государством, война царя со своими поданными в период опричнины вызвали политическую нестабильность. Это состояние Российской государственности получило название Смутного времени (рубеж XVI-XVH вв.).
Формальной причиной смуты стал династический кризис и вопрос о престолонаследии в связи с пресечением династии потомков Ивана Калиты.
Реальной же причиной - острейший внутренний социально-экономический кризис, когда абсолютно все социальные слои тогдашнего общества были недовольны своим положением. Новый русский царь Борис Годунов (1598-1605), избранный на царство Земским собором, не сумел обеспечить стабилизации. В результате страна вступила в период всеобщего междоусобия, политической и социальной розни. В период смуты Россия пережила ожесточенную борьбу за московский престол многочисленных законных и незаконных претендентов (за 15 лет их было больше 10), череду возводимых и свергаемых с престола царей, "самозванство", крестьянско-казацкие выступления, польско-шведскую интервенцию, польскую оккупацию Москвы. Угроза потери независимости, угроза православной вере ускорили национальную консолидацию, вызвали формирование всенародных ополчений для борьбы с иноземными войсками.
Силами второго всенародного ополчения, решающую роль в создании которого сыграли Козьма Минин и князь Дмитрий Пожарский, в октябре 1612 г. Москва была освобождена от захватчиков. Однако положение страны оставалось крайне тяжелым. Продолжалась интервенция, государственная власть была разрушена, следствием смуты явился хозяйственный кризис.
Земский собор, собравшийся в начале 1613 г., избрал на царство Михаила Романова (1613-1645), ставшего родоначальником новой династии. Правительство Михаила Федоровича ценой огромных усилий (и военных, и дипломатических), пойдя на территориальные уступки, ликвидировало военную угрозу. (Мир со Швецией был заключен в 1617 г.; перемирие с Польшей в 1618 г.). Были созданы условия для преодоления внутреннего кризиса.. В государстве, обескровленном смутой, царь мог удержать престол, только активно привлекая к управлению Боярскую Думу и Земский собор - сословно-представительный законодательный орган. Однако по мере укрепления царской власти, социальной основой которой все больше становилось дворянство, сословно-представительная монархия эволюционировала в абсолютную монархию. Развитие абсолютизма (самодержавия) сопровождалось постепенным снижением роли Боярской Думы, прекращением практики со 
зыва Земских соборов. (Последним Земским собором полного созыва был собор 1653 г., созванный в период войны с Речью Посполитой и решавший вопрос о воссоединении Украины с Россией.) Одновременно усиливалось значение приказной системы. Росло число приказов, упорядочивались их функции. Этот процесс сопровождался формированием громоздкого аппарата управления, ростом бюрократии, превращающейся в особый социальный слой. Весьма заметную роль в аппарате управления начинали играть представители дворянства. Укрепился также местный аппарат управления. Шло становление армии нового строя.
Переход к абсолютизму требовал подчинения церкви государству, что привело к столкновению царя Алексея Михайловича (1645-1676 г.) с церковью в лице патриарха Никона. В 50-60х гг. Никоном проводилась реформа, направленная на упорядочение церковной жизни и приведшая к расколу в русской церкви. Поддерживая реформу, царь категорически отвергал притязания Никона на духовный контроль за светской властью. Падение Никона превратило царя в главного защитника централизации церковной жизни, способствовало укреплению государственного контроля над церковным управлением. Параллельно с ростом централизации, укреплением российской государственности шел процесс преодоления хозяйственной разрухи и развития экономики. На фоне дальнейшего укрепления феодализма в жизни страны отчетливо просматривались новые явления: росли товарность сельского хозяйства (главным образом за счет колонизации новых земель, в первую очередь, Сибири); шел процесс превращения ремесла в мелкое товарное производство; появились первые мануфактуры; оформилась производственная специализация районов; начал складываться всероссийский рынок. Однако вряд ли правомочно приписывать новым явлениям в экономике буржуазный характер. Определяющую роль в жизни страны продолжал играть феодальный уклад. Расширение и укрепление феодального землевладения (характерно сближение поместья с вотчиной) сопровождалось усилением эксплуатации крестьян, их дальнейшим закрепощением. Соборным уложением 1649 г. (новым правовым кодексом России) крестьянство было окончательно закрепощено. Ответом на усиление эксплуатации, рост налогообложения, закрепощение и государственный сыск беглых крестьян были городские восстания второй половины XVII в. и крестьянская война под предводительством С. Разина. Выступления народных низов катализировали процесс централизации. Несмотря на очевидные изменения в жизни страны, происходящие в XVII столетии. Россия все больше отставала от западноевропейских стран, в которых шел интенсивный процесс перехода от средневековья к новому времени, развивались капиталистические отношения.
Исторически назревала задача модернизации страны, предпосылки осуществления которой были заложены в XVII веке. Одновременно усиливалось значение приказной системы. Росло число приказов, упорядочивались их функции. Этот процесс сопровождался формированием громоздкого аппарата управления, ростом бюрократии, превращающейся в особый социальный слой. Весьма заметную роль в аппарате управления начинали играть представители дворянства. Укрепился также местный аппарат управления. Шло становление армии нового строя. Параллельно с ростом централизации, укреплением российской государственности шел процесс преодоления хозяйственной разрухи и развития экономики. На фоне дальнейшего укрепления феодализма в жизни страны отчетливо просматривались новые явления: росли товарность сельского хозяйства (главным образом за счет колонизации новых районов, в первую очередь, Сибири); шел процесс превращения ремесла в основной вид занятий горожан.
