Клинические проявления заболевания зависят от количества паразитирующих лямблий в кишечнике, уровня иммунитета и особенностей питания ребенка. Выделяют лямблиоз с клиническими проявлениями, для которого характерно острое или затяжное рецидивирующее течение, а также бессимптомное паразитоносительство (лямблиоз без клинических проявлений). Острая форма заболевания чаще развивается при первичном инфицировании младенцев и детей раннего возраста в виде выраженного диспептического синдрома. Через 1-3 недели после заражения у детей появляется частый (до 10 раз в сутки), водянистый, пенистый стул со слизью, который затем становится зловонным и жироподобным. Диарея сопровождается снижением аппетита, тошнотой, метеоризмом, урчанием в кишечнике, вздутием живота и субфебрильной температурой. Одновременно возникают периодические боли в животе без четкой локализации, возможны кожные изменения в виде ярко-розовой мелкоточечной сыпи. Острая стадия заболевания протекает обычно 5-7 дней и при неразпознавании инфекции может завершиться постепенным спонтанным выздоровлением или переходом в затяжное рецидивирующее течение. Эта форма чаще возникает у детей дошкольного возраста при повторном заражении и у школьников на фоне иммунодефицитных состояний и неправильном питании. В клинике преобладают симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта в виде упорной диареи, чередовании запоров и поносов, схваткообразных болей в животе чаще в пилородуоденальной зоне и эпигастрии, метеоризма и стойкого снижения аппетита. При длительном течении заболевания развивается вторичный синдром мальабсорбции (в основном дисахаридазная недостаточность), для которого характерно, наряду с диспептическим синдромом, отставание в физическом развитии, интоксикация, изменения обмена веществ. У детей нарушается общее состояние, появляются бледность кожных покровов, быстрая утомляемость, слабость, боли в области сердца. Со стороны нервной системы возникают головные боли чаще по утрам, головокружения, раздражительность эмоциональная лабильность и вегетососудистая дистония.
Для затяжного рецидивирующего течения лямблиоза характерна дерматологическая симптоматика: неравномерная окраска кожи (буро-коричневый или серый оттенок кожи шеи, боковых поверхностей живота, подмышечной области, кирпично-красный цвет ладоней и подошв), сухость кожи, крупнопластинчатое шелушение концевых фаланг и пероральной зоны, фолликулярный точечный кератоз, поражение красной каймы губ (хейлит с трещинами, заедами), блефариты и уртикарные высыпания. При длительном паразитировании лямблий развиваются дискинезия желчевыводящих путей чаще по гипертоническому типу, диспанкреатизм и дисбактериоз кишечника преимущественно в виде роста аэробной микрофлоры. Лямблиоз с преобладанием аллергических проявлений может проявляться симптомами обструктивного бронхита и бронхиальной астмы.