В течении описторхоза выделяют острую и хроническую фазы, а у коренного населения в природных очагах болезнь имеет первично-хроническое течение. Острая фаза протекает как острый аллергоз с высокой температурой до 38-40 С, которая держится от нескольких дней до нескольких месяцев. Лихорадка сопровождается выраженными признаками интоксикации: общей слабостью, головной болью, полиартралгиями и миалгиями. Одновременно появляются кожные высыпания полиморфного характера. Наиболее характерными в этот период являются нарушения функционального состояния гепатобилиарной системы и желудочно-кишечного тракта. У детей отмечается снижение аппетита, тошнота, реже рвота, жидкий стул. При пальпации живота определяется болезненность в эпигастрии, в точке желчного пузыря, увеличение печени на 1-4 см, иногда с развитием желтухи. Довольно часто, особенно у детей раннего возраста, развиваются поражение легких по типу острого обструктивного бронхита или очаговых изменений мигрирующего характера. Со стороны сердечно-сосудистой системы - тахикардия, приглушенность тонов, систолический шум, артериальная гипотония. Возможно развитие острого миокардита аллергического характера. Один из самых постоянных и выраженных лабораторных проявлений в острую фазу описторхоза является эозинофильный лейкоцитоз и увеличение СОЭ до 20-30 мм/час. При функциональном исследовании печени отмечается снижение уровня альбуминов, повышение активности трансаминаз, щелочной фосфатазы. Наряду с отчетливыми клинико-лабораторными проявлениями может наблюдаться бессимптомное или субклиническое течение острой фазы у коренного населения и у приезжих, длительно проживающих в очагах описторхоза. При этом единственными признаками будут незначительная интоксикация и эозинофилия.
При несвоевременной диагностике острая фаза переходит в хроническую, которая протекает с периодами обострения и ремиссии. Для этой фазы описторхоза характерна выраженная органная патология со стороны органов пищеварения с преобладанием признаков поражения гепатобилиарной системы. Развивается клиническая симптоматика дискинезии желчевыводящих путей или хронического холангита, ангиохолецистита, гастрита и дуоденита (поверхностные, эрозивные формы), панкреатита, хронического гепатита. Нередко наблюдаются сочетанные варианты. Ведущими синдромами у детей является болевой (приступообразные боли в верхней половине живота, чаще в правом подреберье и эпигастральной области) и диспептический (снижение аппетита, тошнота, упорная рвота, сухость и горечь во рту). Постоянный признак - гепатомегалия. С длительностью заболевания нарастает общая интоксикация и астенизация ребенка. Течение хронического описторхоза у детей, как правило, доброкачественное, однако возможно развитие абсцессов печени, разрывов паразитарной кисты, а также формирование в последующие периоды жизни холангиокарциномы.