Ради, РНК і ЦК ВКП (б) прийняли спільну постанову про створення вищого надзвичайного органу - Державного комітету оборони (ДКО), який зосередив у своїх руках всю повноту влади. Очолив Комітет І. В. Сталін. Всі громадяни та організації були зобов'язані виконувати рішення і розпорядження ДКО.
ДКО не мав свого апарату і діяв через існуючі державні, партійні, громадські органи і своїх уповноважених. У деяких містах створювалися місцеві комітети оборони, які очолювалися першими секретарями обкомів або міськкомів партії. До їх складу також входили представники партійних органів, працівники органів НКВС і військового командування та інші особи.
Для евакуації промислових підприємств у східні райони країни було створено Раду у справах евакуації при ДКО. У жовтні 1941 р. був утворений Комітет з евакуації продовольчих запасів, промислових товарів і підприємств промисловості. У грудні 1941 р. обидва цих органи змінило Управління у справах евакуації. Евакуацією людей займалося Управління з евакуації населення.
У липні 1941 р. Політбюро ЦК ВКП (б) прийняло постанову про організацію партизанського руху на окупованих територіях. Організація покладалася на партійні органи, диверсійні військові групи та органи НКВС. Рішенням ДКО від 30 травня 1942 р. при Ставці головнокомандувача був створений Центральний штаб партизанського руху, у вересні - Особливе Головне командування партизанського руху.
2 листопада 1942 Указом Президії Верховної Ради СРСР була утворена Надзвичайна Державна комісія з встановлення і розслідування злочинів німецько-фашистських загарбників та їх спільників і завданих ними збитків громадянам, колгоспам, громадським організаціям, державним підприємствам і установам СРСР. У республіках, краях, областях і містах утворювалися місцеві комісії.
Для проведення мобілізації працездатного населення в червні 1941 р. був створений Комітет з обліку та розподілу робочої сили при РНК СРСР, при обласних і крайових виконкомах засновувалися бюро з обліку та розподілу робочої сили.
2. У перший день війни була оголошена мобілізація чоловіків у віці від 19 до 55 років.
Вище військове керівництво покладалося на Ставку Верховного Головнокомандування. Її склад включав членів Політбюро ЦК ВКП (б) і Наркомату оборони. Органами Ставки були Генеральний штаб Червоної Армії, управління наркоматів оборони і флоту, командування фронтами. У межах фронтів створювалися з'єднання, оперативні об'єднання і корпусу.
17 вересня 1941 ДКО прийняв постанову «Про загальне обов'язкове навчання військовій справі громадян СРСР». Згідно з цим нормативним актом обов'язкове військове навчання вводилося для громадян СРСР чоловічої статі у віці від 16 до 50 років. Організацією навчання займалися Наркомат оборони і його органи.
З липня 1941 р. по жовтень 1942 р. в армії діяв інститут військових комісарів і політруків. Восени 1942 р. його змінив інститут заступників командирів з політчастини, на яких покладалося здійснення ідеологічного контролю та виховання.
Структура збройних сил включала фронти, армії, корпуси, дивізії, бригади, полки, батальйони, роти, взводи, відділення.
У січні 1943 р. були введені нові знаки розрізнення - погони. У липні 1943 р. запроваджено поділ військовослужбовців Червоної Армії на рядовий, сержантський, офіцерський склади і генералітет.
3. Особлива система військової юстиції регламентувалася Указом Президії Верховної Ради СРСР від 22 червня 1941 р. «Про військові трибунали в місцевостях, оголошених на військовому положенні, і районах військових дій». Згідно
цього Указу трибунали утворилися при арміях, корпусах, дивізіях, гарнізонах, бригадах на залізницях і в річкових (морських) басейнах. Вони розглядали всі злочини, вчинені військовослужбовцями, а також справи про злочини проти оборони, громадського порядку, державної безпеки та деякі інші.
Встановлювався наступний процесуальний порядок розгляду справ. До 1943 р. трибунали діяли у складі трьох постійних членів, потім у них стали брати участь засідателі. Терміни розгляду справ були гранично стиснуті. Справи слухалися в закритому процесі. Вироки вступали в законну силу з моменту їх проголошення і приводилися у виконання негайно. Виконання смертних вироків могло бути призупинено командувачами арміями і округами, а також військовими радами. Вироки переглядалися тільки в порядку нагляду. Наглядовими інстанціями були Військова, Військово-залізнична, Військова воднотранспортної колегії Верховного суду СРСР і Пленум Верховного суду СРСР.
4. Одним з найважливіших заходів було відновлення керівних церковних органів. У вересні 1943 р. був скликаний Собор, який обрав Патріарха Московського і Всієї Русі (вперше з 1925 р.), і утворений синод. Для співпраці з церквою створювався спеціальний державний орган - Рада у справах православної церкви. Був подоланий створений в 20-і рр.. церковний розкол.