Найрізкіші зміни в російсько – українських відносинах відбулися в петровський період. Гетьманом в цей час був Іван Мазепа (1687 – 1708 рр.) Як представник свого класу (походив з середньої шляхти) гетьман відкрито захищав інтереси старшини, але неминуче повинен був захищати і інтереси Москви (як гетьман, вибраний за допомогою росіян).
Таким чином, знаходячись, з одного боку, під дією російського уряду, з іншою, стикаючись постійно з козаками і з Запоріжжям, Мазепа знаходився між двох вогнів. І якщо він перед царем лихословив запорожців, а перед запорожцями хулив царя, то робив це нерідко з міркувань політики, оскільки всі обставини складалися навколо нього так, що він вимушений був кивати то в одін, то в інший бік.
Запорожці називали його «Хитрій лисиць і махiавель». При всьому цьому, запорожці і малоросіяни рахували Мазепу незвичаною людиною і, недаремно про нього склалося прислів'я: «Від Богдана до Івана не було гетьмана».
Особливі утиски відчули українські козаки що брали участь в Північній війні. Воювали вони не за свої інтереси. Як напівіноземні при поділу військової здобичі мали останню частку, а в отриманні провіанту, часто ніякої частки. Запорожці багато терпіли на Північній війні з голоду, сирого клімату, від поганого з нимиповодження. Не були задоволені ті, хто за наказом Петра I – постійно був зайнятий будівництвом фортець і зміцнень. Все це відвертало козацтво від Москви. Мазепа повинен був зробити вибір – між Петром I і козацтвом – і зробив. Рахуючи невдачі Петра I у війні його вирішеною поразкою, він таємно змовляється зі Шведським королем Карлом XII, який обіцяв незалежність Україні.
І. Мазепа з своїми однодумцями (близько 4000 козаков) осінню 1708 р. приєднався до шведів. За цю зраду Петро I зруйнував резиденцію гетьмана в Батуріному, жорстоко розправився з його жителями. Генеральна Рада, скликана по указу Петра I, проголосувала за зсув Мазепи з поста, а його чучело повісили на шибеницю. Духовенство прокляло Мазепу і зрадило анафемі.
Гетьманом поволі царя був вибраний Іван Скоропадський. Петро I наказав провести каральні акції по всій території України. Доручено це було А.Д. Меньшику (який давно хотів узяти владу в Україні в свої руки). Повністю. Були розорені Лебедин, Ромни та інші міста.
Травня 1709 р. була узята штурмом і зруйнована Чертомлицька Січ – козакам – говорив сучасник (голови обдирали, шиї рубали, вішали і іншій смерті тиранській зраджували). Запорожці після цього розгрому перенесли Січ на територію Кримського ханства – Алешкинська Січ.
Далі процес злиття Гетьманщини з державними структурами пішов ще швидшим. Центральний уряд безпосередньо само став призначати і зміщувати полковників і генеральних старшин. На полковницькі посади стали призначати великоросіян. До самого гетьмана в 1709 р. був приставлений для нагляду державний резидент. У 1710 р. замість одного такого резидента призначено було полягати – двом. У Глухові (гетм. резид.) був поставлений російський гарнізон з двох полків.
У 1722 р. при гетьманові була установлена МАЛОРОСІЙСЬКА КОЛЕГИЯ, що мала призначення приймати скарги на всі судові і адміністративні установи України, наглядати за збором всякого роду податків і мит, стежити, щоб від старшини не було утисків козакам і посполитам, контролювати всі вхідні і витікаючі папери у військовій канцелярії. Ця реформа перетворювала українську автономію в примару і справжнім правителем Ук-раїни робила голову МК – бригадира ВІЛ’ЯМІНОВА (перший з них). У 1722 р. після смерті гетьмана Ськоропадського, Петро I вирішив фактично відмінити гетьманську владу. Виконання зобов’язаний гетьмана Сенат доручив полковникові ПОЛУБОТКУ (заказний гетьман). Незабаром непокірний Полуботок був заарештований і в 1724 р. помер в церкві Петропавлівській.
З гетьманством фактично було покінчено, якщо не рахувати капризи великих государів. При Петрові II – був затверджений гетьманом миргородський полковник Даніло Апостол (1 жовтня 1727р.).
У 1733 р. враховуючи близькість війни з Туреччиною, запорожцям була видана офіційна грамота з дозволом на повернення, а в 1734 р. вони повернулися і заклали свій Кіш в урочищі Базавлук. Після смерті Апостола в 1734 р. уряд доручило правління Україною Колегії (2 й) – з 6-ти членів, на чолі з урядовим резидентом і генеральним обозним. Від прийнятого курсу царський уряд відступив ще раз, завдяки особистим симпатіям імпер. Єлизавети. У 1750 р. гетьманом був вибраний Кирило Розумовський - молодший брат фаворита імператриці – Олексія Розумовського. Правління останнього гетьмана продовжувалося 15 років.
3. ЛІКВІДАЦІЯ ГЕТМАНЩИНИ І ЗАПОРІЗЬКІЙ СІЧІ.
Ліквідація гетманщини була вирішена імператрицею Екатеріною II, вже з перших кроків її правління. Вона висловила своє непохитне рішення привести до русифікування всіх провінцій, яка мала свої місцеві закони – Україну, Ліфляндію, Фінляндію, і зокрема, щодо України вважала за необхідне прийняти заходи до того щоб «століття і ім'я гетьманів».
Імператриця запропонувала К. Разумовскому відмовитися від гетьманства. Він поступився і 10 листопада 1764 р. був опублікований маніфест «Малоруському Народу», що сповіщав про звільнення Разумовського від гетьманських обов'язків і правління Малоруської колегії, що фундирував (З-й). Разумовському в нагороду за покірність була подарована довічна пенсія в 60.000 рублів і величезні маєтки на Україні. Малоруська Колегія, втім, фундирувалася більше для форми. У справжні правителі України, власне, призначався її голова – Петро Румянцев. Уряд Катерини II все більш приходило до думки про необхідність покінчити і із Запоріжжям. У 1775г. були послані загони, які повинні були застати запорожців зненацька і роззброїти їх.
5 ЧЕРВНЯ 1775г. генерал Текеллі, оточивши Січ, оголосив запорожцям, що запорізьке козацтво скасовується. Після деякого коливання серед запорожців взяли гору прихильники покірності на чолі з кошовим Калнишевським. Січ підкорилася і була зруйнована. Імператорським маніфестом від 3 серпня 1775р. було оголошено про скасування Січі «із знищенням самого імені запрізькмх козаків».