Кризис российской государственности на рубеже XVI и XVII вв. в отечественной историографии последних десятилетий рассматривается как составляющая системного кризиса, охватившего Россию в результате сложного взаимодействия социально-экономических и политических причин. В большинстве исследований кризис связывали с последствиями реформ, опричного террора и неудачи Ивана Грозного в Ливонской войне.
Думается, что последствия тиранического правления Ивана Грозного для кризиса власти не следует преувеличивать.
Гораздо большее значение для положения страны имели совпавшие с опричниной тяжелейшие стихийные бедствия — голод и эпидемия чумы. В то же время сказалось несовершенство административно-государственного управления Россией. Опричнина расколола верхушку феодального дворянства на две противостоящие группировки: Земский двор и особый, первоначально называвшийся опричным, «двор». Таким образом Иван Грозный пытался ограничить влияние боярской аристократии и утвердить самодержавную форму правления с помощью «двора», состоявшего из худородных дворян. Система централизации, основанная на противопоставлении «двора» и земщины обнаружила всю непрочность после смерти Ивана Грозного, который оставил трон бездетному «блаженному» сыну Федору. В регентском совете перевес получили представители знати. Начавшаяся борьба между «дворовыми» и земскими боярами за власть стала поводом для мощного народного восстания в Москве в апреле 1584 г. По мнению ряда исследователей, Земский Собор 1584 г., состоявшийся после умиротворения восставших по инициативе митрополита Дионисия, носил «избирательный» характер, избрал царем Федора Ивановича, что свидетельствовало о расширении функции Соборов. Соборное избрание царя фактически означало поддержку нового боярского правительства. В результате реформы была возрождена прежняя роль Боярской Думы, восстановлен единый государев двор. Тем не менее, борьба внутри высших феодальных слоев продолжалась.
Кризис власти обострился после гибели царевича Дмитрия (1591 г.), усугубившись династическим кризисом, наиболее опасным в условиях монархической формы правления. В России сложилась ситуация, исключавшая легитимную передачу власти. Царь Федор был бездетным. По традиции, в случае пресечения династии власть должна была перейти в Боярской Думе к конюшему — первому по чину боярину. После острой борьбы этот пост получил шурин царя Борис Годунов, что расходилось с волей Ивана Грозного, не включившего Бориса Годунова в регентский совет. Смерть Федора Ивановича означала пресечение многовековой династии Рюриковичей, сделав неизбежным острое династическое соперничество. После длительной борьбы Федора Романова и Бориса Годунова Земский Собор 1598 г., благодаря поддержке патриарха Иова, стрельцов и горожан, избрал царем Годунова.
Несмотря.на ряд внешнеполитических успехов и первоначальную стабилизацию внутренней ситуации, Борису Годунову не удалось укрепить положение новой династии среди знати и широких слоев российского общества. Усиление крепостного гнета, противодействие казачества централизаторским тенденциям усугубляли социальную сторону кризиса власти.
Неурожаи и голод начала XVII в. в средневековом сознании связывались с династическими проблемами страны, рассматривались как кара господня за убийство «законного» царя и подрывали авторитет дома Годуновых. Обострение социальных противоречий, восстания крестьян, холопов, вмешательство католической Польши и авантюра Лжедмитрия I привели после смерти Бориса Годунова к падению династии и Смуте, росту сепаратистских настроений. Кризис российской государственности привел к краху политическую систему, созданную Иваном Грозным и реформированную Борисом Годуновым, что едва не стоило России утраты независимости и духовной самобытности в период польско-швeдекой интервенции.
