В отличие от Европы, где сложились национальные централизованные государства, объединение русских земель в Московское государство еще не означало слияние их в единое политическое и экономическое целое. На протяжении XVI в. шел сложный и противоречивый процесс централизации, изживания удельной системы, что позволяет говорить о преемственности политики Василия III и Ивана IV.
В изучении особенностей политического развития Русского государства в XVI в. можно выделить несколько наиболее дискуссионных проблем.
В отечественной и зарубежной литературе отсутствует единое мнение по определению государственной формы, утвердившейся в России. Одни авторы характеризуют эту форму как сословно-представительную монархию, другие — как сословную монархию.
Некоторые определяют политическую систему России XVI в. как самодержавие, понимая под ним деспотическую форму абсолютизма и даже восточного деспотизма
На ход дискуссии оказывают влияние два обстоятельства. Во-первых, демонизация личности и политики Ивана Грозного, начало которой положил Н. М. Карамзин. Научный и объективный анализ этой эпохи отягощен конъюнктурным морализаторством, откровенной дидактикой в демонстрации разрушающего влияния авторитаризма и деспотизма. Во-вторых, это неясность понятий «самодержавие», «абсолютизм», «восточная деспотия», и их соотношение. Формально-юридическое или чисто рациональное определение этих понятий не учитывает характерной для средневекового мировосприятия сакральности власти, что оказывало влияние на сущность и форму государственности. Самодержавие XVI в. — это русская национальная форма православной сословной государственности, оцерковленного государства, которая не может быть отождествлена ни с разновидностями восточного деспотизма, ни с европейским абсолютизмом, во всяком случае, до реформ Петра I.
Аналогичная ситуация сложилась в изучении деятельности Земских Соборов, их формирования, функций и взаимоотношений с царем, — т. е. другой грани вопроса о сущности российской государственности XVI—XVII вв. Попытки решить эту проблему в духе европоцентристских концепций, господствующих в историографии, дают полярные, порой взаимоисключающие точки зрения исследователей. Земские Соборы в России не имели постоянного состава, четко определенных функций, в отличие от сословно-представительных органов власти европейских стран. Если парламент в Англии, генеральные штаты во Франции идругие сословнопредставительные органы возникали как противовес королевской власти и были, как правило, в оппозиции к ней, то Земские Соборы никогда не вступали в конфликт с царем. Тем не менее трудно согласиться, с мнением некоторых зарубежных и отечественных историков о неразвитости Земских Соборов. Ведь если на Западе формируется идея разделения властей, то в России развивается идея соборности власти на основе ее духовной, православной общности. В идеале в Соборах достигалось духовно-мистическое единение царя и народа (в том числе и через взаимное покаяние), что соответствовало православным представлениям о власти. В этом проявлялась не политическая отсталость России, а ее цивилизационная особенность.
Принятие титула царя-помазанника Божьего, Земские Соборы, приказная система привели к централизации государственной власти, которая сочеталась с едва ли не самой разветвленной в Европе системой местного самоуправления (губные и земские старосты, излюбленные головы, целовальники...).
Многолетние споры ведутся о смысле и цели опричнины. Наиболее взвешенным представляется мнение Р. Г. Скрынникова, который отстаивает мысль, что опричнина и ее террор не были подчинены единой цели, принципу или схеме. Начавшись борьбой с прежней сословно-административной элитой — княжатами, опричнина переросла в конфликт между государственной властью и господствующим сословием в целом. Посредством опричнины царь разделил дворянство надвое и натравил одну половину на другую. В результате Иван IV утвердил свою неограниченную личную власть, но стабильность монархии была утрачена. Опричнина привела не только к физическому уничтожению людей, но и к тяжелым экономическим последствиям, катастрофе в развитии общественной мысли, деградации моральных характеристик общества. По мнению Р. Г. Скрынникова, в XVI в. в России происходит зарождение империи и имперской политики. Практически все историки видят в опричнине один из факторов, подготовивших Смуту качала XVII в.
В новейшей историографии превалируют негативные оценки личности и политики Ивана Грозного для развития России, ее политических судеб. Следует заметить, что в контексте общеевропейского развития деспотизм Ивана IV мало чем отличался от деспотизма европейских дворов, а количество жертв опричного террора было на порядок меньше жертв религиозных преследований в Европе XVI в.
