У зв'язку з необхідністю поширення знань і з економічним розвитком Європи в XІІ–XІІІ ст. почала складатися особлива форма вищих навчальних закладів – університети (від лат. “ unіversіtas ” – сукупність). Це були небачені раніше корпорації вчителів-магістрів та учнів-школярів. Університетська вчена спільнота – аналог цеху середньовічних ремісників: школяр – учень, бакалавр – підмайстер, магістр чи доктор – майстер. Навчаючи вчитися – формула середньовічної освіти. Сьогоднішній учень – завтра вчитель, сам був не проти повчитися на вченого майстра.
Вчені люди, які мандрували Європою в цей час, стали звичним явищем. Серед них значну частину складали так звані ваганти (від латинського дієслова “ vagarі ” – бродити), які являли собою культурну верхівку середньовічного учнівства. Це були шукачі кращої школи з кращою ученістю. Про них казали, що “вони збирають знання по школах, як бджоли свій мед по квітах”. Університети виникали по всій Європі: у Болоньї (1158), Оксфорді (1168), Парижі (1200), Кембриджі (1209), Празі (1348), Кракові (1364) та в інших містах.
Навчання в середньовічному університеті велося латинською мовою. Всі викладачі гуртувалися в особливі організації, так звані факультети (від лат. “ facultas ”– здібності). Пізніше під словом “ факультет ” почали розуміти те відділення університету, на якому викладалась та чи інша галузь знань. Університети мали чотири факультети. “ Молодший ”, або “ артистичний ” (від лат. “ ars ” – мистецтво) – найбільш численний. Це був загальноосвітній факультет зі строком навчання 5–7 років, протягом яких вивчались “ сім вільних мистецтв ”. Крім того було ще три “старших” факультети: медичний, юридичний, богословський (строк навчання 5–6 років), на які студентів приймали лише по закінченні “артистичного” факультету.
Таким чином, навчання мало приблизно такий вигляд. До п'ятнадцяти років хлопець навчався латинській мові, читанню, письму та рахунку в монастирській чи місцевій школі. По закінченню школи він – учень університетського магістра загальноосвітнього факультету, тобто “семи вільних мистецтв ”. Це відбувалося протягом двох років. Юнака вчили Аристотелевій логіці та фізиці, залучали до участі в студентських диспутах, а потім випробували на ступінь бакалавра. Наступні два роки відводилися на слухання лекцій з метафізики, психології, етики, політики (знову ж таки за творами Аристотеля). Вивчалась космологія і математика. Далі студент починав вчителювати. Він ставав помічником магістра, який вів диспути, де виступав у ролі відповідача. Результат цієї праці – іспит на ступінь ліценціата. Перша лекція в новій якості – і він вже магістр мистецтв. Ще два роки молодий викладач навчає студентів, але й навчається сам. Двадцять один рік – початок кар’єри магістра, а за плечима вже шість років університетської науки. Паралельно з обов'язковою дворічною викладацькою діяльністю можна було починати слухати курс якогось “старшого” факультету. Там свої правила іспитів, свої вікові межі. Після іспитів одержували ступінь магістра права, медицини чи теології. Але, щоб навчати теології, потрібно було, щоб вчителю виповнилось 34 роки, і щоб цьому передували вісім років навчання. Навчатися на богословському факультеті було найважче. Одних тільки бакалаврів треба було одержати трьох видів: бакалавр Біблії, бакалавр сентенції та повний бакалавр.
Для того, щоб здобути вище звання “ доктора наук ”, потрібно закінчити повний курс навчання в університеті (11–13 років).Основними методами навчання в університетах були лекції і диспути; студенти виконували багато вправ і писали письмові роботи – трактати. Лекція являла собою читання тексту, який вивчався, та пояснення цього тексту у вигляді коментарів до нього або до його окремих частин. Другою формою навчання був диспут, основою якого було питання для обговорення. Тезу обирав магістр. Заперечення висував або він сам, або його студенти (в тому числі й ті, що випадково потрапили на диспут).
Середньовічні університети були автономними установами, які мали органи самоврядування. Ректор університету обирався на загальних зборах і, теоретично, ним міг стати навіть студент. Завдяки своєму статусові, університети відігравали значну роль у розвитку культури, руйнуванні феодальної обмеженості.
