Папиломавирусная инфекция может быть клинически выраженной, протекать субклинически или быть латентной (скрытой). При клинической и субклинической инфекции имеются резко или слабо выраженные изменения эпителиальных клеток. В мазках с поверхности эпителия обнаруживаются измененные (инфицированые вирусом паппиломы) клетки, т.н. койлоциты - клетки по своим размерам меньше нормальных и имеют перинуклеарный светлый ободок (клетки выглядят как бы "пустыми", отсюда и происходит их название: «koilos»-пустой). 
Доброкачественное течение папилломавирусной инфекции сопровождается небольшим количеством койлоцитов, увеличение ядер в койлоцитах минимально, либо отсутствует.
При опухолевой трансформации видно атипичное созревание клеток, койлоцитоз обнаруживается в верхней трети эпителия, нередко с очаговым его распространением.
В ходе активной фазы инфекционного процесса вирус папилломы оставляет эпителиоциты в клеточном цикле. Клетки могут активно делиться, что приводит к разрастанию ткани и появлению локальных образований, отличающихся по своей структуре от нормального эпителия (бородавки, кондиломы).
Клинически выделяют экзофитные и эндофитные формы, которые могут сочетаться между собой либо быть единичным проявлением инфекции и, как правило, бывают обусловлены различными серотипами данной инфекции.
Экзофитные формы папилломавирусной инфекции принято называть остроконечными или папиллярными кондиломами; они считаются наиболее специфичным проявлением ПВИ (папилломавирусной инфекции).
Особой формой этой инфекции является рецидивирующий папилломатоз респираторного тракта. Он представляет собой доброкачественное опухолевидное заболевание — разрастание эпителия носоглотки по всему респираторному тракту — от полости носа до периферии легких.
Клиническую форму такой инфекции называют ювенильным возвратным (рецидивирующим) папилломатозом гортани.
При инфицировании вирусом папилломы слизистых гениталиев, наиболее часто процесс протекает субклинически, обычно на фоне различных гинекологических заболеваний, таких как вульвовагинит, псевдоэрозия шейки матки, эндоцервицит. Почти закономерно сочетание папилломавирусной инфекции с сифилисом, гонореей, хламидиозом, герпесом, трихомонозом. Самыми частыми жалобами являются зуд и жжение в области гениталий, наличие выделений, диспареуния, дизурические явления.
Специфическими проявлениями папилломавирусной инфекции являются кондиломатоз вульвы, кондиломатоз влагалища.
Клиническими проявлениями заболевания являются бородавки обыкновенные, плоские, подошвенные, остроконечные кондиломы анальной и урогенитальной зоны: уретра, промежность, анус, прямая кишка, вульва, влагалище, шейка матки ("плоские" кондиломы).
Поражения, вызываемые ВПЧ, морфологически весьма различны.
Различают бородавки обыкновенные (вульгарные, простые), плоские бородавки, подошвенные бородавки, остроконечные кондиломы, гигантская кондилома Бушке-Лёвенштейна.
