Комісія складається з двадцяти восьми незалежних членів (по одному від кожної країни-члена), разом з Президентом і сімома віце-президентами, включаючи Першого Віце-Президента, Верховного представника Європейського союзу із зовнішньої політики та безпеки та 20 Комісарів. Комісію призначають на п'ятирічний термін за згодою країн-членів, рішення про її призначання ухвалює Європейський Парламент. Кандидат повинен мати підтримку більшості членів Європарламменту аби прийняти участь у виборах. Комісії допомагає в роботі адміністрація, до якої входять генеральні директорати та генеральний секретаріат. Постійне управління справами Комісії здійснюється її співробітниками (юристами, економістами тощо), які об`єднані в окремі департаменти, так звані Генеральні управління, кожне з яких відповідає за свою сферу впливу. Кандидат на звання Президента вибирає, на основі рекомендацій кожної країни-учасниці, потенційного Віце-Президента та Комісарів. Кожен кандидат постає перед Європейським парламентом, щоб представити свою концепцію і відповісти на питання. Після цього парламент голосує, кого прийняти в свою команду. Врешті-решт відповідно до більшості голосів кандидатура призначається на посаду Європейською Радою.
На початку створення Європейської Комісії посада Голови не дуже відрізнялася від посад решти членів Європейської Комісії, але згідно з Амстердамським договором її роль значно зросла. Ця посада набула більшого впливу на формування політики ЄС.
Голову Європейської Комісії обирає кваліфікована більшість Європейської Ради. Кандидатура подається на затвердження більшістю голосів Європейського Парламенту. Якщо запропонована кандидатура не підтримана більшістю, то Європейська Рада має подати до Європейського Парламенту іншу кандидатуру, яку обирають за тією ж процедурою.
Основним завданням Голови є керівництво роботою Європейської Комісії та репрезентування її у зовнішніх відносинах. Голова Європейської Комісії розподіляє обов'язки між членами Комісії та формує робочі групи, які складаються з комісарів.
Голова Європейської Комісії скликає засідання Європейської Комісії; затверджує порядок денний засідань; проводить голосування та візує протоколи і правові акти, прийняті Європейською Комісією.
Європейська Комісія зі своїх членів може обрати одного чи двох заступників Голови Європейської Комісії.
Європейська Комісія поділяється на Генеральні директорати та служби. Кожен Генеральний директорат відповідає за конкретну сферу діяльності, а Генеральний директор, який його очолює, підзвітний одному з комісарів. Такий структурний поділ Європейської Комісії нагадує поділ на міністерства в урядах країн -членів ЄС. Генеральний директор завжди є громадянином іншої країни, аніж комісар.
Комісари - члени Європейської Комісії - є міжнародними службовцями і представляють інтереси ЄС загалом, а не своїх країн. Вони не можуть послуговуватися жодними інструкціями від урядів країн-членів. Одночасно країни мають шанувати незалежність комісарів і не чинити на них жодного тиску.
Комісарові у виконанні його обов'язків допомагає кабінет, до складу якого входять переважно довірені особи, які за правилами походять з тієї ж країни, що й комісар. Роботу кабінетів координують службовці, котрі посідають дуже високі посади в урядовій ієрархії ЄС. їх найголовнішою функцією є представляти комісара у випадку його відсутності на засіданнях Європейської Комісії.
Комісари не можуть здійснювати діяльність, що суперечить їх обов'язкам. їм заборонено займатися будь-якою іншою професійною роботою, навіть якщо вона неоплачувана. Якщо комісар неналежно виконує свої функції, Рада ЄС чи Європейська Комісія можуть звернутися до Суду ЄС з пропозицією щодо його відставки. Суд ЄС може також позбавити комісара пенсійних прав та інших привілеїв.
Робота Європейської Комісії координується Генеральним секретаріатом, на чолі якого стоїть Генеральний секретар. Він може брати участь у засіданнях Комісії, але не є її членом і не має права голосувати. Відтак Генеральний секретар координує роботу Генеральних дирекцій, візує протоколи засідань Європейської Комісії, а також відповідає за співпрацю з іншими інституціями ЄС, національними парламентами та неурядовими організаціями.
