Порядок формування Комісії зазнав істотних змін з створенням Європейського Союзу. Призначення Голови та членів Комісії здійснюється державами-членами Європейського Союзу.
Призначення здійснюється на основі угоди між державами-членами і тільки за умови досягнення консенсусу. Кандидатури на заміщення місць у Комісії пропонуються державами-членами.
Відповідно до Договору про Європейський Союз формування всього складу Комісії повинно передувати досягнення угоди щодо кандидатури Голови Комісії. Практика підтверджує, що навіть заперечення однієї з держав-членів Союзу проти висунутої кандидатури виключає можливість призначення. Висунута кандидатура представляється на схвалення Європейського парламенту. Схвалений Парламентом кандидат спільно з урядами держав-членів бере участь у підборі кандидатур, запропонованих до призначення до складу членів Комісії. Висунуті таким чином кандидати спільно з Головою вже як колегіального органу представляються Парламенту, який повинен винести своє судження. У разі схвалення з боку представницького органу уряди держав-членів за їх спільною згодою виробляють офіційне призначення Комісії, і вона приступає до виконання своїх обов'язків.
Голова та члени Комісії мають задовольняти цілий ряд вимог. Перш за все, всі вони повинні складатися у громадянстві Європейського Союзу. Кожна держава-член Союзу має бути представлено не менш як одним, і не більше ніж двома своїми громадянами. Ці останні повинні володіти високою професійною кваліфікацією, практичним досвідом і здійснювати свої функції виключно в інтересах Співтовариств і Союзу. У цих цілях при підборі кандидатів до складу Комісії особливу увагу надається підтвердження незалежності цих кандидатів, які не можуть і не повинні отримувати вказівок від свого уряду або діяти відповідно до інструкцій свого уряду. Звичайно, на практиці така абсолютна і повна незалежність членів Комісії недосяжна, тим більше що можливість нового призначення після закінчення строку повноважень залежить, перш за все, від національного уряду. Тим не менш, у всій своїй діяльності члени Комісії зобов'язані керуватися інтересами інтеграційних об'єднань і забезпечувати досягнення тих цілей і завдань, які сформульовані в установчих договорах. Члени Комісії, або, як вони часто іменуються, комісари, повинні утримуватися від здійснення яких би то не було актів і дій, що суперечать характером виконуваних ними обов'язків. Внутрішній регламент Комісії робить особливий наголос на доброчесний, скромне поведінку і підтверджує несумісність цієї посади з іншими оплачуваними або навіть неоплачуваними посадами. Чесність і добропорядність ставиться в обов'язок членам Комісії не тільки в період офіційного виконання ними посадових обов'язків, а й по догляду у відставку. Порушення цих зобов'язань, констатоване Судом ЄС, до якого можуть звернутися Рада чи Комісія, може тягти за собою примусову відставку члена Комісії або позбавлення його права на пенсію або на інші пільги і привілеї, пов'язані із здійсненням цієї посади.
Підтвердженням високого професіоналізму найчастіше на практиці служить попередня кар'єра призначуваного члена Комісії. За загальним правилом місця в Комісії займають колишні глави національних урядів і колишні міністри, які мають значний досвід політичного керівництва та адміністративного управління.
Комісія та її члени призначаються строком на 5 років. Дострокова вакансія заміщується в тому ж порядку, в якому проводиться призначення членів Комісії при її формуванні. Новопризначений член Комісії виконує свої обов'язки аж до закінчення загального терміну повноважень даного складу ЄК. Вакансія може мати місце у випадку хвороби або смерті члена Комісії, при добровільній відставці та складання повноважень, а також у результаті примусової відставки. Рішення про примусову відставку, пов'язане з порушенням обов'язків члена Комісії, приймається Судом ЄС, який діє за пропозицією Ради чи Комісії. Кожен член Комісії очолює певний напрям діяльності і керує роботою відповідних адміністративних служб. Член Комісії має свій власний апарат, який утворює його кабінет, члени якого підбираються та призначаються особисто самим комісаром з його розсуд. Однак такого роду призначення не повинні суперечити ані критеріям професійної кваліфікації, ані вимогам моралі.
Йде у відставку, член Комісії може бути призначений повторно. В історії ЄС прикладів цього досить багато.
Процедура формування складу Комісії:
· уряди держав-членів домовляються щодо кандидатури нового Голови Європейської Комісії;
· кандидатура Голови Комісії затверджується Європейським Парламентом;
· новообраний Голова Комісії, після консультацій з національними урядами, добирає інших членів Комісії;
· Рада ЄС схвалює список кандидатів кваліфікованою більшістю голосів і передає його Європейському Парламенту на затвердження;
· Європейський Парламент на своєму засіданні проводить співбесіду з кожним кандидатом і голосує щодо складу Комісії в цілому;
· після затвердження Парламентом, новий склад Комісії офіційно призначається Радою ЄС, яка голосує кваліфікованою більшістю.
