Способы взаимодействия уровней в функциональных системах отвечают требованиям задачи. В случаях системы типа S1 мы достаточно легко можем определить ведущий и обслуживающие его фоновые уровни, характер взаимодействия которых зависит от смыслообразующей задачи и конкретных (внутренних и внешних) условий. Эти условия задают оттенки взаимоотношений осознанных и неосознанных структур переживания, неоднозначность поведения субъекта в данной ситуации.
Так, если организация процесса общения обеспечивается ведущим, четвертым, уровнем эмоционального контроля, то в качестве фоновых могут быть задействованы третий - с его возможностью осуществлять экспансию, устанавливать конкретную иерархию отношений; второй - с фиксацией пристрастий, антипатий, стереотипов контакта, и первый - с интуитивным установлением дистанции, расположения или нерасположения к общению. Однако в каждом конкретном случае официального или дружеского общения, влюбленности, соперничества или зависимости характер взаимодействия ведущего и фоновых уровней будет выстраиваться в точном соответствии с особенностями смысловой задачи и ее ситуативного контекста.
Точно так же ведущим уровнем организации исследовательского поведения выступает уровень аффективной экспансии, который дает саму возможность заинтересоваться неожиданным нарушением стереотипа и развернуть активный диалог с новым аспектом среды. Аффективный смысл исследования, углубления в проблему определяется ведущим уровнем, но особенности взаимодействия с фоновыми уровнями определяются конкретной ситуацией. Они зависят от степени агрессивности среды и ранимости субъекта, от "красоты" нового видения мира, от сенсорного качества среды, которое может и стимулировать, и тормозить исследование, ригидности уже сложившихся стереотипов, эмоционального контроля, который либо создает исследованию режим благоприятствования, либо налагает "вето" на сомнительные эксперименты.
Функциональные системы смысловой организации поведения складываются в онтогенезе. Так, например, задача взаимодействия с другим человеком и особая избирательная чувствительность к этому другому существует с самого рождения, а характер взаимодействия усложняется с развитием структур аффективного переживания. Исходно общение младенца с близким осуществляется в форме пластичного уподобления, слияния в совместном действии, потом к его регуляции подключается уровень, дающий возможность закрепления общих аффективных стереотипов, позже третий начинает обеспечивать организацию диалогических форм взаимодействия, и лишь затем развивается форма контакта, порождаемая иерархически организованным переживанием. Только формирование такой структуры дает возможность возникновения произвольного контроля, установления эмоциональной связи с близкими через добровольную активную жертву.
И, наоборот, уже сложившиеся функциональные системы могут редуцироваться и входить в контекст развития других смысловых программ. Та же функциональная система организации взаимодействия с людьми автоматизируется и передается низшим структурам. Тогда мы привычно соблюдаем социальные правила, руководствуясь элементарным переживанием комфорта и дискомфорта ("удобно" и "неудобно"), безлично вписываемся в структуры сообщества или начинаем манипулировать людьми, строить отношения с ними, ориентируясь только на причинно-следственные связи.
