Состояние местного самоуправления в этот период определяется отношением к нему центральной власти.
Вначале наметилась тенденция к его развитию, затем к свертыванию. Основой местного самоуправления в данный период по-прежнему оставались общины, занимавшиеся различными видами производства и промысла, а также торговыми делами. Община имела свое собственное постоянное наименование - земля.
Во время царствования Ивана IV система организации местного самоуправления имеет свои определенные особенности. Появляется центральный орган, координирующий или ведающий вопросами земщины: Земский Двор, или Земский Приказ. Он осуществлял надзор за всеми земскими (местными) делами.
Территориальной основой местного общинного самоуправления были уезды, малые города, волости, станы, пятины, присуды, губы и погосты, пригороды, слободы. Общины объединялись на указанных территориях, как правило, по экономическим интересам. Например, в Новгороде деление на волости было не административное, а экономическое. Здесь волости означали то же, что в древности на Руси вотчины, составлявшие крупные владения частных собственников. Так, упоминаются волости княжеские, монастырские, частных владельцев. В Новгородских административных актах встречаются еще ряды, или рядки (так назывались поселения, имевшие городской характер, но не имевшие значения городов).
В первой половине XVI в. наблюдался подъем ремесленного производства и товарно-денежных отношений. Специализация производства, тесно связанного с наличием местного сырья, тогда носила еще исключительно естественно-географический характер. Союзы общин объединялись по экономическим интересам для решения наиболее объемных промышленных задач.
Производственное самоуправление становится основой для становления крупной промышленности по отраслям, стимулом для развития внутренней и внешней торговли, источником формирования и совершенствования системы товарно-денежных отношений.
Развитие производственного общинного самоуправления в Новгороде и Пскове стало главным условием могущества этих двух республик, с которыми не могла сравниться ни одна другая область на Руси.
Однако нельзя сказать, что данный период характеризуется только развитием производства. Были промежутки времени, когда производство оказывалось в тяжелом состоянии. Это относится ко времени опричнины и последующему периоду, называемому в истории смутой. С падением производства падала роль самого местного самоуправления. Падение производства было обусловлено тем, что в стране начались частые переселения людей с одной территории на другую. Это касалось не только землевладельцев, но и крестьян, которые обустроили свое хозяйство. На новом месте нужно было начинать все сначала. Всякая же реорганизация, которая носит даже чисто механический, переселенческий характер, снижает темпы производства и нарушает процесс управляемости. Но это переселение осуществлялось осознанно. Рабочее население попадало вместе с дворцовой и черной землей, на которой оно сидело, в частную зависимость. Развитие частного землевладения было одним из условий крестьянского прикрепления. Формы осуществления местного самоуправления были поставлены в зависимость от политики центральной власти.
В самом начале указанного периода кое-где, например, в Новгороде и Пскове, действовала вечевая форма самоуправления. Новгород и Псков придерживались своих древних традиций. Здесь по прежнему господствовала вечевая непосредственная и представительная демократия, о которой было сказано раньше. Но эта форма действовала до присоединения Новгорода и Пскова к Московскому государству.
В других местностях действовали собрания и сходы общин. В большинстве своем «посадские и волостные общества издавна имели свои выборные органы, старост и сотских», выступавших в качестве исполнительных органов, а также городовых приказчиков.
О старостах часто упоминают Судебники 1497 и 1550 гг. Судебник 1497 г. установил, что на суде кормленщиков должны присутствовать старосты. Без старосты и без других людей наместники и волостели не имели права вести суд.
Из этого следует, что по линии исполнительной власти местное самоуправление имело структуру соподчиненной вертикали. Исполнительная власть на местах, даже в этот период, была выборной. В Новгороде и Пскове исполнительная власть была выборной и на местном и на центральном, общереспубликанском уровне. Компетенция местного самоуправления складывалась в землях в зависимости от их отношения к Московскому государству. В Новгороде и Пскове до их присоединения к Москве в руках местного самоуправления были сосредоточены все вопросы местного значения. Это развитие производства, строительство, мощение улиц, ремонт мостовых, ремесло, сельскохозяйственное производство и т.д. Решением важнейших вопросов занимались вече. Исполнительная власть (старосты, сотские) организовывали выполнение решений, принимаемых на соответствующих местных вече, сходах, собраниях.
