Розглядаючи теоретичну спадщину П. Д. Юркевича, необхідно враховувати той факт, що він був одночасно філософом і богословом. У критико-філософських уривках «З приводу статей богословського змісту, поміщених у Філософському лексиконі» він розмежовував предмет богословських і філософських наук, але при вивченні його власних творів нерідко буває важко уловити грань, коли загальні філософські міркування виливаються у висновки метафізично-богословського характеру. Один з перших творів П. Д. Юркевича «Серце і його значення в духовному житті людини, за вченням слова Божа» був написаний за традиційною богословською схемою середньовічного релігійно-філософського трактату, із підкреслено висловленою орієнтацією на візантійські зразки. Твір починається низкою аргументів зі Священного писання, потім ідуть посилання на авторитет батьків та учителів церкви, і лише наприкінці наводилися авторські міркування «згідно розуму», що містять філософсько-антропологічну концепцію про серце як фундаментально-визначальну основу людини в її фізичному, моральному та духовному житті. Християнсько-телеологічний ідеалізм П. Д. Юркевича розвивався у бік ідеалізму, в основі якого лежав емпіризм.
Останніми справжніми філософами він вважав Я. Бема, Г. В. Лейбниця і Е. Сведенборга. Філософською позицією П. Д. Юркевича був широкий, вільний від усяких обмежень емпіризм, що включає і все істинно раціональне, і все істинно надраціональне, оскільки і те, й інше, перш за все, існує емпірично в універсальному досвіді людства з не меншими правами на визнання, чим усе, що бачимо та відчуваємо.
Для творчості П. Д. Юркевича, як і для усієї духовно-академічної філософії другої половини XIX століття, був характерний глибинний інтерес до платонізму, що розглядався крізь призму християнського вчення. Майже в усіх своїх творах він постійно прагнув показати «характерну рису платонічного мислення». У промові «Розум за вченням Платона і досвід за вченням Канта», виголошеній 12 січня 1866 р. на урочистих зборах в Московському університеті, філософ підкреслював, що «уся історія філософії розділяється на дві нерівні епохи, з яких перша відкривається Платоном, друга – Кантом». Їх вчення склали, на думку П. Д. Юркевича, фундамент загальноєвропейської філософської думки в її сучасному стані та майбутньому розвитку. При цьому істина вчення І. Канта про досвід можлива лише виходячи з істини вчення Платона про розум. П. Д. Юркевич заперечував проти визначення платонівської ідеї як постійного, вічного в зміні явищ, як єдиного і рівного самому собі в різноманітності буття, під тим приводом, що цій вимозі задовольняють і різні системи матеріалістичного атомізму і реалізму. Для П. Д. Юркевича більшою мірою відповідає суті вчення Платона визначення ідеї як істинно сущого, завдяки чому істина розуму виступає критерієм «уявно-вічного» буття речей. Разом із тим, як філософ і богослов, він вважав, що мислення не вичерпує усієї повноти духовного життя людства і, переосмислюючи платонізм у плані розуміння Абсолюту, прагнув до певного зближення знання та віри.
Будь-яке справжнє філософствування, на думку П. Д. Юркевича, повинно розпочинатися з поняття «ідея», оскільки воно виступає дослідженням про те, в чому полягає істинне знання. Одним із висновків його трактату «Ідея» (1859 р.) була думка про те, що філософія як світогляд є справою усього людства, а не окремої людини. Людство, як правило, ніколи не живе абстрактно-логічними спогляданнями. Його духовному життю властиво розкривати свій зміст в усій повноті та цілісності своїх складових елементів. Немає необхідності в тому, щоб те чи інше добре переконання доводило свою правомірність, виходячи із загальних логічних підстав. Критикуючи матеріалізм, П. Д. Юркевич зазначав, що духовне начало не може бути виведене з матеріального, оскільки останнє набуває форми, знайомі нам з досвіду, лише у взаємодії з началом духовним. За певних умов у матеріалізму існує можливість стати справжньою філософією з розвиненою метафізикою, проте його дослідним установкам суперечить поняття чуттєвого переконання як сущого в собі, стороннього для суб’єкта і тому здатного пояснити цей суб’єкт і його свідомість. Матеріалізм же розглядає досвід у рамках поняття безумовного механіцизму і строгих причинних стосунків. Справжня філософія, за переконанням П. Д. Юркевича, повинна відноситися до механіцизму як до принципу вторинного, оскільки буття і суть не визначаються фізичними началами: і механіцизм, і причина лише фіксують зміни в системі вже існуючого світу явищ і буття.
Звернення до платонізму вилилася у П. Д. Юркевича в розробку ще однієї характерної для східнослов’янської філософської думки теми, яку можна було б визначити як метафізику любові і філософію серця. Філософське осмислення таких, понять, як серце та любов, було безпосередньо сприйнято П. Д. Юркевичем у Г. С. Сковороди, він постійно звертався до його філософської спадщини у своїх творах «Людина, – писав він, – починає свій моральний розвиток з рухів серця, яке скрізь хотіло б зустрічати ті істоти, що радіють, зігрівають одне одного теплотою любові, пов’язані дружбою і взаємним співчуттям»[223]. Тільки у цій формі здійсненого загального щастя світ представляється йому як щось гідне існувати.
