Так же, как и на других растительных продуктах, на поверхности ячменя поселяются плесневые грибы. Большинство этих грибов безвредно, развиваются они только на отмерших частях растений и выполняют тем самым важную роль в природном круговороте. Живую материю они не повреждают, однако их присутствие становится неблагоприятным тогда, когда они сильно разрастаются на убранном зерне из-за повышенной влажности при хранении. Некоторые плесневые грибы образуют клеточные яды, могущие оказывать негативное действие.
Другие плесневые грибы, так называемая плесневая микрофлора, обладают способностью использовать содержимое клеток растений в качестве своей питательной среды. Зачастую они наносят большой ущерб сельскому хозяйству, негативно влияя как на качественные, так и на количественные показатели сельскохозяйственного производства.
Плесневые грибы выделяют продукты обмена веществ, служащие в первую очередь для захвата нового жизненного пространства и собственной защиты - так называемые микотоксины («грибные яды»).
Растущие на ячмене полевые плесневые грибы: Fusarium gramineraum, Fusarium culmorum, образуют в своем грибном мицелии, растущем внутри зерна, микотоксины (цеараленон, дезоксиниваленол - DON), которые могут окрашивать содержимое зерна в красный цвет. Токсическое действие этих микотоксинов проявляется в определенных ограниченных пределах и из-за их незначительного содержания оно относительно невелико. Грибок фузариум известен тем, что при своем появлении (покраснение содержимого зерна) он может привести к образованию пресловутого «гашинг»-эффекта (если имеются также и другие необходимые для этого условия).
Под «гашингом» (gushing - неуемность, англ.) понимают непредсказуемость поведения, сильное пенообразование пива (фонтанирование) при открывании бутылки. В некоторые годы этот эффект заметно усиливается и негативно сказывается на престиже того или иного пивоваренного предприятия.
Помимо условий, имевшихся в поле и при хранении, важную роль в заражении плесневыми грибами играют условия солодоращения. Если во время замачивания споры грибов смываются с поверхности зерна, то при проращивании ячменя плесневые грибы растут и размножаются внутри зерна и уничтожаются большей частью лишь при сушке. Особенно это относится к грибам рода фузариум. Однако в этом случае бороться с ними уже поздно, и поэтому особое внимание следует уделять борьбе с заражением плесневыми грибами во время созревания, уборки и хранения зерна.
Образование митоксинов при поражении плесневыми грибами может представлять опасность и для человека, особенно в тропическом и субтропическом климате, когда образуется афлотоксин (например, внутри зерен кукурузы или риса). Поэтому в тропических зонах следует проверять возможность заражения зерновых плесневыми грибами и определять уже образовавшиеся микотоксины.