Зростання козацтва викликало занепокоєння серед правлячих кіл Польщі й Литви, які розглядали його як дестабілізуючий фактор внутрішнього життя й водночас побоювалися, що козацькі походи на татар і турків спровокують загострення зовнішньополітичних відносин. Для приборкання непокірної козацької вольниці, яка ігнорувала королівську владу, визнаючи лише своїх старшин, було вирішено взяти частину козаків на державну службу та надати їм псині привілеї. Таким чином уряд планував, з одного боку, зміцнити свої збройні скли на українсько-татарському прикордонні зростаючою мілітарною потугою козацтва, а з іншого — розколоти козацький рух, протиставивши офіційно визнану частину решті козацтва. Ідея взяти частину козаків на державну службу виникла ще на поч. XVI ст.
Але через брак коштів реалізувати її вдалося лише в 1572 р., коли за наказом короля Сигізмунда-Августа 300 козаків (у подальшому ця цифра збільшувалася: 1578р. - 500; 1590 р. - 1000; 1625р. - 6000; 1630 р. - 3000 осіб) було прийнято на державну службу і записано в окремий реєстр (список), від чого вони й дістали назву «реєстрових козаків». Так було покладено початок реєстровому козацькому війську, основними завданнями якого були охорона кордонів та контроль за нереєстровим козацтвом, що фактично опинилося поза законом.
Запроваджуючи реєстр, офіційна влада надіялася остаточно приборкати козацтво. Але вій не лише не розв'язав, а й загострив козацьку проблему для Речі Посполитої. Прагнучи ліквідувати суверенність українського козацтва, перевести його з категорії численної соціально-економічної верстви з державними тенденціями в суто військову, уряд все ж був змушений зберегти реєстровому війську елемента автономії, а також легалізувати й офіційно визнати козацьку військову й політичну організацію, яка склалася в результаті внутрішнього розвитку козацтва. Реєстровці звільнялися від усяких податків і поборів, одержували землю на правах рангового володіння, військово-адміністративну незалежність від місцевого керівництва, судовий імунітет, що заключався у принципі «де три козаки, там два третього судять». Вони підлягали владі й судові лише власної козацької старшини, яку спершу призначав уряд, отримали військові клейноди — корогву (прапор), бунчук, печатку із зображенням козака з мушкетом тощо, їм передавалось у володіння м. Трахтемирів (нині село т Київщині) разом зі старовинним Зарубським монастирем. Тут мали розміститися арсенал для реєстру та, шпиталь для поранених і старих. І хоча ці привілеї, власне, мали поширюватися тільки на тих козаків, які перебували на королівській службі, одержуючи відповідну платню, на практиці на них претендували всі, хто вважає себе козаком. Так, абстрактна ідея козацької "вольності" набула конкретного змісту та офіційного визнання.
Створення реєстру, тю суті, санкціонувало відокремлення козацтва в адміністративно-правовому відношенні від решти населення Речі Посполитої та оформлення його в окремий соціальний стан, що інтенсивно розширювався за рахунок «покозачення» насамперед селянства і міщан. Проте процес формування козацького стану був складним та довготривалим і, за словами М.Грушевського, лише на рубежі XVI—XVII ст. українське козацтво переросло в окрему станову групу зі своїми особливими інтересами, економічними й суспільними прерогативами. Важливу роль у цьому процесі відіграло дрібне боярство, яке до XVI ст. відбувало службу на південних кордонах держави за наділ землі й користувалося активною підтримкою литовських князів. Однак у XVI ст., особливо після Люблінської; унії, коди українські землі потрапили під владу Польщі і ситуація різко змінилася. Оскільки польські закони не визнавали окремого боярського стану, ті його представники, які не могли підтвердити прав на феодальне землеволодіння (землю із селянами), тобто більшість бояр, що вододіли землею на підставі звичаєвого права, не лише позбавлялися належності до шляхти, а й масою втрачали земельні наділи, отримавши невтішну перспективу перетворення на феодально залежних селян. Тому, опинившись на межі виживання, боярство розпочало рішучу боротьбу за збереження своїх прав, зокрема вдалося до масового покозачення, привнісши тим самим у козацьку вольницю свою організацію, давні військові й суспільні традиції.
Офіційно реєстрове козацтво стало називатися «Низовим» або «Запорізьким Військом». Це пояснювалося тим, що воно, за наказом уряду, мусило відбувати службу за дніпровськими порогами, утримуючи там залогу. Поступом) реєстровці організовувалися в десятки, сотні та полки, які спочатку називалися за іменами їх керманичів. У 1625 р. уряд офіційно затвердив військово-адміністративний устрій Війська Запорізького реєстрового, за яким воно поділялося на 6 полків по тисячі чоловік у кожному. Залежно від, розквартирування полки йменувалися за назвою найбільшого міста — Білоцерківський, Корсунський, Канівський, Черкаський, Київський і Переяславський. Кожний полк ділився на сотні, центрами яких ставали невеликі міста на полковій території. Очолював реєстрове військо та судову владу в ньому "старший" (з нім. Наирtman), або ж гетьман, якого признаний король. Однак, послідовно відстоюючи право на власне самоврядування, реєстрові козаки з часом добилися дозволу на цільне обрання своїх старшин, а польський король лише формально затверджував їх.
Становище реєстрового війська ускладнювалося тим, що, з одного боку, воно мусило коритися уряду й виконували його накази, зокрема здійснювати контроль за діяльністю невизнаного владою козацтва, з іншого, - будучи представником українського народу, не могло стояти осторонь тих проблем, які стосувалися всієї України. Як показало майбутнє, переважили національні інтереси. Мрії поляків про розкол і міжусобній козаків, по великому рахунку, не збулися: у вирішальні моменти реєстровці виступали спільно з нереєстровим козацтвом та іншими верствами українського народу проти соціального і національно-релігійного гноблення. З цього приводу польські пани зазначали: «Легше вовком орати, аніж козаком проти козака воювати!
Таким чином, протягом XVI ст. склалося три чітко не розмежовані категорії козацького стану. 1) реєстрові козаки — кількісно обмежене формування, яке перебувало на королівській службі; 2) нереєстрові козаки — основна частина козацтва, що мешкала у прикордонних містах, вела козацький спосіб життя, але не мала офіційно визнаного статусу; 3) запорізькі (низові) козаки - проживали поза межами Речі Посполитої, за порогами Дніпра, де створили військово-політичну організацію Запорізька Січ.
