Протекционизм в экономической политике правительства сохранялся, но несколько изменились его акценты. Во второй половине XIX в. торгово-промышленная политика царского правительства от поддержки и насаждения отдельных конкретных отраслей промышленности (металлургической, машиностроительной и топливной) перешла в 1890-х гг. к поощрению индустриального развития вообще с учетом всего многообразного общеэкономического, социального и политического значения промышленности. Ожидающий постоянной поддержки капитал направлялся в промышленность, если только рассчитывал на повышенные и гарантированные прибыли. Эту дань, через казну, платило промышленности все общество. Таможенный протекционизм был худшим вариантом поддержки промышленности и торговли по сравнению с фритредерством, которое помогло бы быстрее ликвидировать помещичье-кре-постническую систему. Пробуржуазную политику осуществляло финансовое ведомство, постоянно подкармливая буржуазию октябристского типа.
Государственная политика, когда это было выгодно казне, менялась в отношении промышленности на прямо противоположную. Несмотря на то, что внешнеторговые тарифы к концу века приобрели строго запретительный характер, рельсы из-за границы ввозились беспошлинно. Государственные заказы размещались не у своих предпринимателей, а за границей. В справке по Министерству финансов от 15 ноября 1893 г. заказы иностранцам объяснялись "спешностью, техническими превосходствами иностранных произведений и даже выгодными для казны от более дешевых цен". Кроме того, начиная с пореформенного времени, правительство увеличивало прямые налоги с торговых и промышленных предприятий. Гильдейский сбор с 1865 г. неоднократно повышался, а с 1885 г. вводится раскладочный 3%-ный сбор с крупнейших фабрик и заводов. Торгово-промышленные доходы к концу XIX в. составляли 45 % национального дохода. Эта сложная политика "подкармливания" привилегированной и слабой промышленности и удушения налогами самостоятельной и сильной (а иногда наоборот) не ставила доход и прибыль в зависимость от предприимчивости промышленников, а определялась достаточно случайными обстоятельствами. Это ослабляло русскую промышленность и буржуазию. Например, в 1860-е гг. Государственный банк ежегодно ассигновал 18 миллионов рублей на поддержку заводской промышленности, но правительство отвергало просьбы о долгосрочных ссудах для купцов-предпринимателей, пытавшихся заняться горнозаводским делом на Урале. В 1866 г. министр финансов отказал пермскому II гильдии купцу А. В. Глушкову в просимой им 30-тысячной ссуде.
Отрицательное воздействие на развитие торгово-промышленного предпринимательства имели и "частные" причины. Например, в Средней Азии с 1866 г. приобретение земли, недвижимости разрешалось только коренному населению и предпринимателям православного вероисповедания. На Нижегородской ярмарке 1866 г. купцы-мусульмане татарского происхождения, торгующие в Ташкенте, просили ярмарочный комитет ходатайствовать об отмене этого ограничения. Однако просьбы эти не имели успеха.
Система наемного труда, складывающаяся в постреформенное время, стала основой промышленного развития России, обусловила действие объективных законов капиталистического производства - получение прибавочной стоимости и накопление капитала. Но промышленная революция развивалась очень неравномерно как по отраслям, так и по районам. В сельской местности широкое распространение получила домашняя система промышленности как "придаток" фабрики, что было связано с баснословной дешевизной труда закабаленных сельских рабочих, тормозившей технический прогресс. Старые отрасли, опиравшиеся на привилегии владельческого права (горная промышленность Урала), соседствовали с новыми, расширяющими свое производство. Старые промышленные районы - Московский, Центральный - соседствовали с новыми на Юге России. В апреле 1871 г. была проведена первая в России плавка чугуна на предприятии Джона Юза, а к 1897 г. Юг России давал 40 % чугунного производства, опережая Урал. Это была чисто капиталистическая промышленность, которая не знала ни традиций, ни сословности, на национальности. В Южную Россию перемешались иностранные капиталы, инженеры, рабочие.