Ядро інституціональної системи ЄС склалося із заснуванням перших співтовариств. Основою апарату управління є так званий інституціональний трикутник: Рада Міністрів (або Рада Європейського Союзу, скорочено — Рада), Європейська комісія (Комісія) та Європейський парламент. Комісія виступає ініціатором європейського законодавства, Рада разом із Європейським парламентом схвалюють або відхиляють ініціативи Комісії.
Рада Європейського Союзу є головним органом, що ухвалює рішення. На кожному засіданні Ради присутні по одному міністру від кожної країни-учасниці відповідно до теми обговорення (якщо обговорюються питання сільськогосподарської політики, то зустрічаються міністри з сільського господарства, якщо зовнішня політика — міністри закордонних справ і т. д.). У Раді існує дев'ять галузевих «конфігурацій», що охоплюють усі галузі спільної політики. Роботу Ради в цілому планує і координує Рада із загальних питань та зовнішніх відносин. Адміністративну роботу Ради організовує її Генеральний секретаріат, розміщений у Брюсселі. Кожна з країн ЄС почергово очолює Раду впродовж шестимісячного періоду.
Європейська комісія є основним виконавчим органом «трикутника». Починаючи із 2004 р. Комісія складається з 27 членів (по одному від кожної держави). Головною особливістю Комісії є її повна політична незалежність. Її члени не представляють інтересів своїх держав. Натомість орган діє від імені інтересів ЄС у цілому. Комісія є гарантом основоположних угод і гарантує виконання постанов, директив та рішень Ради та Європейського парламенту. Якщо відповідні документи не виконуються, Комісія може притягнути сторону-порушника до відповідальності в Європейському суді. Комісія є єдиним органом, що має право законодавчої ініціативи. Крім того, Комісія може сприяти досягненню згоди як у межах Ради, так і між Радою і Парламентом. Роботі Комісії допомагає цивільна служба, що складається з 36 генеральних правлінь та служб, що розташовані переважно у Брюсселі та Люксембурзі. На відміну від традиційних міжнародних організацій, Комісія має власні джерела фінансування і може діяти цілком незалежно.
Європейський парламент є виборним органом, що представляє громадян ЄС і бере участь у законодавчому процесі. З 1979 р. члени Парламенту обираються прямим голосуванням строком на п'ять років. Нинішній склад Парламенту представлений 732 членами. Пленарні засідання проходять у Страсбурзі, додаткові сесії — у Брюсселі. Парламент поділяє із Радою законодавчі повноваження: оцінює проекти директив та постанов Комісії, дає згоду на підписання Комісією міжнародних угод, має право на відхилення пропонованого Комісією законодавства з широкого спектра питань. Повноваження Парламенту поступово розширюються.
Європейський суд покликаний розв'язувати суперечки між органами управління ЄС, гарантувати виконання базових угод і вторинного законодавства, а також давати інтерпретацію в разі його розбіжності з національними правовими нормами. Суд розміщений у Люксембурзі. Він складається з 27 суддів (по одному від кожної країни-члена), яким асистують вісім генеральних адвокатів, що призначаються за спільною згодою урядів держав. З 1989 р. було запроваджено суди першої інстанції, куди входять по одному судді з кожної країни. Вони розглядають справи фірм та приватних осіб, а також справи у сфері конкуренції.
Європейський інвестиційний банк (ЄІБ), розташований у Люксембурзі, фінансує допомогу менш розвинутим регіонам ЄС, а також сприяє підвищенню конкурентоспроможності дрібного бізнесу.
Європейський центральний банк (ЄЦБ), розташований у Франкфурті, забезпечує належний обіг євро та здійснює монетарну політику ЄС. Створення та реалізацію вторинного законодавства у спеціалізованих технічних, наукових та управлінських сферах покладено на систему децентралізованих органів, що складається з 18 агенцій.
