Иоанну был нужен послушный митрополит, который не перечил бы его воле и не вмешивался в государевы дела, не обличал опричных порядков. Но парадоксальным образом царь все же хотел при этом, чтобы Русскую Церковь возглавлял святой подвижник, молитвенник за него и его начинания. Разочаровавшись в обличившем его Германе, царь вспомнил о том, кого он знал еще в детстве, кто некогда был близок ко двору, но выгодно отличался от большинства буйствовавших в годы его малолетства бояр, – о Филиппе (Колычеве), игумене Соловецкого монастыря. Именно он по воле царя стал следующим митрополитом Московским и всея Руси в 1566 году. Это был выдающийся подвижник. Св. Филипп (в миру Феодор Колычев) родился в 1507 г. в семье боярина Василия Ивановича Колычева. Феодор получил очень хорошее по тем временам образование. Знатное происхождение позволило будущему святителю получить доступ ко двору. Однако бесчинства и распри бояр в годы малолетства Иоанна IV вынудили 30-летнего Феодора в 1537 г. порвать с придворной карьерой и тайно бежать из Москвы на Север. Он приходит в Соловецкий монастырь, где, скрыв свое происхождение, принимает постриг. Через 10 лет Филипп, зарекомендовавший себя не только настоящим подвижником монашеской жизни, но и блестящим хозяйственником, был избран игуменом обители. Его 18-летнее управление монастырем привело монастырь в состояние расцвета. Он воздвиг на Соловках каменные храмы удивительной красоты и необычного инженерного решения – церковь Успения Божией Матери с трапезной палатой и собор Преображения Господня. Филипп завел колокольный звон, построил келии, больницу, мельницу и множество других нужных в монастырском хозяйстве построек. При Филиппе монахи осушили болота на Большом Соловецком острове, соединили каналами озера, проложили дороги. Игумен отличался большим человеколюбием: он завел на Соловках коров и кур, чтобы молоком и яйцами улучшить скудную северную трапезу своих монахов. Талантливый инженер, Филипп устроил в монастырском хозяйстве множество хитроумных технических приспособлений, которые поражали современников. При всем этом Филипп был строгим подвижником, периодически уединялся в пустыньку и предавался умной молитве. Узнав о намерении царя возвести его на митрополию, Филипп долго отказывался. Затем, согласившись, ставил условием своего поставления уничтожение Опричнины. Иоанн впал в гнев, но вскоре после челобитья архиереев, уговоривших Филиппа принять митрополию, успокоился. Однако, повелев соловецкому игумену принять бразды правления Русской Церковью, Иоанн взял с Филиппа слово, что он не будет вступаться в «опричнину и в царский домовый обиход». За митрополитом, правда, было оставлено довольно неопределенное право «советовать» государю. Став в 1566 году митрополитом, св. Филипп в течение года пользовался уважением и расположением царя. Между государем и Первосвятителем, казалось, установились долгожданный мир и взаимопонимание. Казней в течение этого года почти не было. Воцарившийся мир, однако, был неустойчив. Через год, когда Иоанн заявил, что он обнаружил свидетельства сношения ряда бояр с польским королем, начались новые расправы над заподозренными в измене. В такой ситуации св. Филипп не мог остаться в стороне. Не имея возможности печаловаться за казнимых, он, однако, решил воспользоваться своим правом «советования» царю. Первоначально Филипп решил побеседовал с ним наедине. Однако результатов это не принесло. Вероятно, святитель писал царю, увещевая его, но ответа также не последовало. Общеизвестно, ставшее поговоркой, выражение Иоанна по поводу посланий Филиппа – «Филькина грамота». Видя, что царь не внял увещеваниям с глазу на глаз, св. Филипп, согласно апостольскому совету, решился публично обличить Иоанна. Митрополит не мог не понимать, чем это чревато для него лично, но долг и совесть архипастыря побуждали его действовать именно так. В одно из воскресений Великого Поста (22 марта 1568 г.) митрополит обратился к царю, пришедшему на богослужение в Успенский собор Кремля. Филипп выступил с речью. Реакция Иоанна на речь митрополита, как и следовало ожидать, была гневной. Однако царь пока еще не смел тронуть Первосвятителя. В то же время недоброжелатели: архиепископ Новгородский Пимен, мечтавший занять место Филиппа, епископ Суздальский Пафнутий, епископ Рязанский Филофей. К ним примкнул и духовник царя – Благовещенский протопоп Евстафий, обиженный на митрополита, который запретил его в служении за недостойное поведение. Через некоторое время Иоанн в сопровождении опричников вновь пришел на митрополичье богослужение в Успенский собор – царь и его присные были в традиционном черном одеянии опричников, пародировавшем монашеские одежды. Царь трижды просил у митрополита благословения, но Филипп не отвечал. Когда же сопровождавшие Иоанна лица обратили внимание Первосвятителя на то, что государь требует благословения, св. Филипп вновь произнес обличительную речь. Филипп, продолжая обличать Иоанна, сказал, что готов принять мучительную смерть, после чего царь пришел в крайний гнев. Недруги Филиппа мгновенно сориентировались в ситуации: здесь же в соборе они подговорили некоего отрока – чтеца домового митрополичьего храма – выступить с обличениями Первосвятителя в содомии. Пимен Новгородский при этом лицемерно заметил: «Царя укоряет, а сам творит такие неистовства». На это Филипп ответствовал архиепископу: «Ты домогаешься восхитить чужой престол, но скоро лишишься и своего». Филипп простил оклеветавшего его отрока, и тот отказался от своих слов. Тогда по приказу царя были арестованы наиболее приближенные к митрополиту лица, от которых под пыткой стали домогаться сведений, порочащих Филиппа. Однако никто из митрополичьих служителей не оклеветал Первосвятителя. Затем последовала еще одна публичная стычка царя с митрополитом. Она произошла 28 июля 1568 г. во время праздничного богослужения в Новодевичьем монастыре, куда царь прибыл вместе с своими опричниками. Филипп совершал после литургии крестный ход. Перед чтением Евангелия, преподавая «Мир всем!», он увидел, что один из опричников стоит в тафье. Филипп сказал на это царю, что Писание подобает слушать с непокрытой головой. Однако, когда Грозный обернулся, чтобы увидеть, о ком идет речь, опричник успел снять головной убор. Тут же царю стали нашептывать о том, что Филипп умышленно лжет, дабы досадить государю. Взбешенный Иоанн поносил Филиппа как мятежника и злодея. После этого эпизода Первосвятитель покинул митрополичий двор в Кремле и перебрался в монастырь Николы Старого в Китай-городе. Полный разрыв между царем и митрополитом стал очевидным. Иоанн окончательно укрепился в намерении низложить Филиппа с митрополичьего престола. Однако он не стал сводить его с митрополии сразу. Иоанн, верный своей болезненной привычке к лицедейству, вновь хотел обставить расправу, как очередной глумливый спектакль. Чтобы найти повод к расправе, царь (вероятно, уже в конце зимы 1568 г.) направил специальную комиссию на Соловки, чтобы расследовать на месте обстоятельства жизни бывшего игумена – в Москве все бытие митрополита протекало настолько на виду у всех, что нельзя было найти ничего предосудительного, тем более после неуклюжей первой попытки оклеветать Филиппа. Комиссия состояла из послушных наперсников царя – в нее входили князь Василий Темкин, архимандрит Спасо-Андроникова монастыря Феодосий и др. Во главе ее царь поставил ярого врага святителя Филиппа – Суздальского епископа Пафнутия. Увы, среди соловецкой братии нашлось несколько клеветников, которых разными посулами и угрозами удалось вовлечь в интригу против митрополита. Преемник Филиппа – игумен Паисий, которому обещали епископский сан, также дал показания против Первосвятителя, бывшего его духовным наставником. После возвращения комиссии в Москву, куда с Соловков были привезены Паисий и 10 других монахов-клеветников, состоялся собор, на котором над митрополитом был учинен суд. В нем помимо архиереев принимали участие и члены Боярской думы. Приговор собора явился позором для русского епископата той поры – все без исключения архиереи, присутствовавшие на соборе, безропотно согласились с заранее вынесенным по указке царя приговором о низложении праведного митрополита. Несмотря на очевиднуюнелепость обвинений в безнравственности и волховании, которые инкриминировались Филиппу, ни одни иерарх не дерзнул вступиться за оклеветанного святителя. Страх перед жестоким царем заставил епископов забыть о своей архиерейской совести и запятнать себя грехом соучастия в расправе над невинным. Еще до вынесения окончательного приговора св. Филипп, полагая, что главная цель суда – его низложение, хотел прервать недостойный спектакль, объявив, что слагает с себя сан. Однако царю этого было недостаточно – он уже придумал сценарий, который должен был надолго запомниться всем и отбить у запуганных преемников митрополита охоту выступать против Опричнины и вообще перечить государю. Иоанн велел святителю совершить богослужение в Успенском соборе 8 ноября – в день св. архистратига Михаила. Едва лишь собрался народ, и митрополит начал богослужение, как в храм ворвались опричники во главе с А. Басмановым и Малютой Скуратовым. Басманов зачитал приговор суда, которым Филипп признавался виновным в «скаредных делах» и объявлялся низложенным. После этого Малюта сорвал с Первоиерарха святительские облачения. С оскорблениями и поруганием опричники бросили митрополита в простые сани и отвезли в «злосмрадную хлевину» – темницу в Богоявленском монастыре. Имеются свидетельства о том, что опричники предлагали казнить Филиппа через сожжение, но принявшие участие в неправедном суде архиереи все же убоялись дойти до такой крайности и упросили царя заменить казнь вечным заточением. Св. Филипп был отправлен отбывать его в тверском Отроче монастыре. Уже через неделю после низложения св. Филиппа преемником ему был избран по указанию царя игумен Троице-Сергиева монастыря Кирилл. Митрополит Кирилл уже не решался вслух обличать царя и исправно молчал, несмотря на то, что в период его пребывания на митрополичьем престоле опричный террор в стране достиг невиданного прежде масштаба.
Брестская церковная уния
С 6 по 9 октября 1596 г. на Соборе в Бресте Церковная уния была полностью оформлена. Председателем Униатского Собора, который состоялся в храме святителя Николая, был митрополит Михаил (Рогоза). Помимо Киевского митрополита Михаила (Рогозы) обнародованный акт об унии подписали: епископ Владимирский и Брестский Ипатий (Потей) (1541-1613 гг.); епископ Луцкий и Острожский Кирилл (Терлецкий); архиепископ Полоцкий, Витебский и Мстиславский Григорий Герман (Загорский); епископ Холмский и Бельзский Дионисий (Збируйский); епископ Пинский и Туровский Иона (Гоголь) (умер 1603 г.) и всего лишь трое архимандритов. А на православном соборе в городе Бресте, который одновременно проходил в доме протестантского шляхтича, заседание возглавлял экзарх Никифор (1540-1599 гг.), присланный от патриарха Константинопольского. Среди участников православного собора видными деятелями также были: экзарх Александрийского Патриархата протосинкелл Кирилл Лукарис (1572-1638 гг.); епископ Львовский Гедеон (Балабан); Перемышльский Михаил (Копыстенский); 9 архимандритов; 16 протопопов и более 200 лиц из рядового духовенства. Присутствовал и уважаемый князь К.К. Острожский (1524-1608 гг.). Православные и униаты обменялись обоюдным отлучением друг друга после состоявшихся соборов. Король Сигизмунд III с радостью утвердил все постановления Униатского Собора и издал универсал от 15 октября 1596 г., объявлявший, что уния находится под покровительством короля и правительства. Король своим поступком признавал лишенными сана и преданными анафеме всех православных епископов и священнослужителей (епископы Львовский Гедеон (Балабан), Перемышльский Михаил (Копыстенский), архимандрит Киево-Печерской лавры Никифор (Тур) (1593-1599 гг. правления)), оставшихся верными истинной вере. Митрополит Михаил (Рогоза) так и не смог подчинить своей власти Киево-Печерский монастырь, в чем и была заслуга архимандрита Никифора (Тура).
Король Сигизмунд III Ваза являлся фанатичным сторонником иезуитов. «Наделенный от природы настойчивым характером… упорством в своих предрассудках, скрытостью и подозрительностью, он, под влиянием своих вдохновителей – иезуитов, еще более развил в себе эти качества, и своими действиями, очень хитро скрываемыми, причинил страшный вред православию». Православные послы от короля требовали низложения принявших унию иерархов, на что Сигизмунд на обоих сеймах 1596 г. и 1597 г. ответил решительным отказом, отрицая факт насильственного введения унии.