Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Официальной позиции нет.
Есть судебные решения, в том числе Постановление Президиума ВАС РФ, в которых содержится вывод о том, что пени в данном случае не начисляются. Этот вывод содержится в авторских материалах.
В то же время есть примеры судебных решений, в которых суды признавали законным начисление пеней. Есть работы авторов, в которых выражена аналогичная точка зрения.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Пени не начисляются, даже если лицо, не являющееся плательщиком НДС, выделило налог в счете-фактуре и не перечислило его в бюджет
Постановление Президиума ВАС РФ от 14.02.2006 N 11670/05 по делу N А16-1432/2004-1
Содержит вывод суда о том, что пеня как мера обеспечения исполнения обязанности по уплате налогов применяется к налогоплательщикам и налоговым агентам и не подлежит применению к лицам, которые не признаются плательщиками НДС, в случае нарушения ими требований п. 5 ст. 173 НК РФ.
Аналогичные выводы содержит...
Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 23.05.2007 по делу N А28-9827/2005-258/29
Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 15.08.2006 по делу N А17-6893/5-2005
Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 07.08.2006 по делу N А17-6892/5-2005
Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 01.08.2006 по делу N А82-15414/2005-28
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 27.10.2009 по делу N А78-1910/2009
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 28.08.2008 N А58-9971/07-Ф02-4000/08 по делу N А58-9971/07
Постановление ФАС Дальневосточного округа от 20.02.2009 N Ф03-6382/2008 по делу N А59-1709/2008
Постановление ФАС Дальневосточного округа от 18.07.2008 N Ф03-А04/08-2/1996 по делу N А04-8253/07-16/84
Постановление ФАС Дальневосточного округа от 20.07.2005 N Ф03-А80/05-2/1881
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 25.09.2007 N Ф04-6506/2007(38385-А45-31) по делу N А45-2530/07-23/55
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 31.05.2007 N Ф04-3463/2007(34772-А81-31) по делу N А81-1153/2006 (Определением ВАС РФ от 04.10.2007 N 12019/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 31.05.2007 N Ф04-3462/2007(34769-А81-31) по делу N А81-1152/2006 (Определением ВАС РФ от 04.10.2007 N 12013/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 02.04.2007 N Ф04-1820/2007(32939-А75-41) по делу N А75-6402/2006 (Определением ВАС РФ от 10.08.2007 N 9620/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 21.03.2007 N Ф04-1692/2007(32587-А03-34) по делу N А03-9142/2006-34 (Определением ВАС РФ от 18.05.2007 N 5849/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 08.08.2006 N Ф04-4961/2006(25073-А81-29) по делу N А81-2371/05
Постановление ФАС Московского округа от 30.11.2009 N КА-А40/12713-09 по делу N А40-29589/09-142-106
Постановление ФАС Московского округа от 27.10.2008 N КА-А41/9849-08 по делу N А41-2160/08
Постановление ФАС Поволжского округа от 13.08.2009 по делу N А65-23682/2008
Постановление ФАС Поволжского округа от 02.02.2009 по делу N А57-11858/06
Постановление ФАС Поволжского округа от 27.11.2008 по делу N А12-3139/08
Постановление ФАС Поволжского округа от 26.02.2008 по делу N А65-11957/2007-СА1-42
Постановление ФАС Поволжского округа от 07.09.2006 по делу N А12-4687/2006 (Определением ВАС РФ от 15.01.2007 N 15112/06 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 17.04.2012 по делу N А66-9074/2011
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 18.12.2006 по делу N А26-2012/2006-211
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 26.09.2006 по делу N А13-7764/2005-14
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 26.09.2006 по делу N А13-7766/2005-14
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 26.09.2006 по делу N А13-7765/2005-19
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 26.09.2006 по делу N А13-7767/2005-19
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 21.06.2006 по делу N А42-12674/2004-23
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 24.04.2006 по делу N А56-4801/2005
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 17.03.2006 по делу N А13-5207/2005-28
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 07.12.2009 по делу N А32-7757/2007-51/120
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 06.11.2009 по делу N А32-12142/2008-3/143
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 23.10.2009 по делу N А32-769/2009-29/6
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 18.05.2009 по делу N А32-18366/2007-46/329
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 24.09.2008 N Ф08-5332/2008 по делу N А53-7531/2008-С5-44
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 18.12.2007 N Ф08-8510/2007-3194А по делу N А32-27999/2005-60/973 (Определением ВАС РФ от 07.03.2008 N 2802/08 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Уральского округа от 18.08.2011 N Ф09-4612/11 по делу N А34-5414/2010
Постановление ФАС Уральского округа от 28.10.2010 N Ф09-8642/10-С2 по делу N А76-631/2010-46-128/33-289
Постановление ФАС Уральского округа от 01.09.2010 N Ф09-6147/10-С2 по делу N А76-44241/2009-39-19
Постановление ФАС Уральского округа от 13.01.2010 N Ф09-10740/09-С2 по делу N А76-12342/2009-39-180
Постановление ФАС Уральского округа от 08.12.2008 N Ф09-9189/08-С3 по делу N А76-5971/08
Постановление ФАС Уральского округа от 26.05.2008 N Ф09-3670/08-С2 по делу N А60-25665/07 (Определением ВАС РФ от 24.09.2008 N 12053/08 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Уральского округа от 28.04.2007 N Ф09-2990/07-С2 по делу N А07-24000/06
Постановление ФАС Уральского округа от 21.03.2007 N Ф09-1803/07-С2 по делу N А07-22699/06
Постановление ФАС Уральского округа от 26.02.2007 N Ф09-1055/07-С2 по делу N А71-707/05
Постановление ФАС Уральского округа от 26.12.2006 N Ф09-9999/06-С2 по делу N А07-46694/05
Постановление ФАС Уральского округа от 19.12.2006 N Ф09-10191/06-С2 по делу N А07-9518/06
Постановление ФАС Уральского округа от 30.11.2006 N Ф09-10629/06-С2 по делу N А07-20860/06 (Определением ВАС РФ от 29.03.2007 N 2923/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Уральского округа от 26.09.2006 N Ф09-8563/06-С2 по делу N А07-9437/06
Постановление ФАС Уральского округа от 29.08.2006 N Ф09-7593/06-С2 по делу N А60-3345/06
Постановление ФАС Уральского округа от 24.08.2006 N Ф09-7238/06-С2 по делу N А60-5778/06
Постановление ФАС Уральского округа от 19.07.2006 N Ф09-6149/06-С2 по делу N А50-35973/05
Постановление ФАС Уральского округа от 28.06.2006 N Ф09-5520/06-С2 по делу N А60-42636/05
Постановление ФАС Уральского округа от 13.04.2006 N Ф09-1907/06-С2 по делу N А76-25059/05
Постановление ФАС Уральского округа от 05.04.2006 N Ф09-2597/06-С2 по делу N А76-28816/05
Постановление ФАС Уральского округа от 16.02.2006 N Ф09-563/06-С2
Постановление ФАС Центрального округа от 17.05.2006 по делу N А68-АП-362/11-03
Постановление ФАС Уральского округа от 14.12.2011 N Ф09-8259/11 по делу N А34-1747/2011
Суд указал, что исполнение обязанности, установленной п. 5 ст. 173 НК РФ, не обеспечивается начислением пеней.
Статья: Налоговые риски при применении УСН ("Налоговые споры: теория и практика", 2008, N 1)
Автор указывает, что взыскание пеней за неуплату НДС с лиц, применяющих УСН, невозможно в силу того, что п. 5 ст. 173 и п. 4 ст. 174 НК РФ, устанавливая бесспорную обязанность уплатить НДС, не позволяют определить конкретный срок уплаты и не дают ссылок на порядок его исчисления. В таких случаях надлежит руководствоваться основным принципом налогового права, согласно которому все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах должны толковаться в пользу налогоплательщика (п. 7 ст. 3 НК РФ).
Обзор: Новые документы для бухгалтера. Выпуск от 08.09.2006
Содержит обзор судебной практики по вопросу начисления пеней при неуплате налога лицами, перечисленными в п. 5 ст. 173 НК РФ.
Позиция 2. Если лицо, не являющееся плательщиком НДС, выделило налог в счете-фактуре и не перечислило его в бюджет, пени начисляются
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 20.05.2008 N Ф08-2636/2008 по делу N А32-13750/2006-60/282
Содержит вывод суда о том, что при выставлении счета-фактуры с выделением суммы НДС лицо в силу п. 5 ст. 173 НК РФ обязано перечислить указанную сумму налога в бюджет в срок, указанный в п. 4 ст. 174 НК РФ. Поэтому за несвоевременное перечисление налога такому лицу могут быть начислены пени.
Аналогичные выводы содержит...
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 21.02.2006 N А58-3303/05-Ф02-384/06-С1
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 24.02.2005 N А33-16514/04-С3-Ф02-369/05-С1
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 24.02.2005 N А33-16513/04-С3-Ф02-370/05-С1
Постановление ФАС Поволжского округа от 01.06.2006 по делу N А06-4643У/4-21/05
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 16.11.2006 N Ф08-5887/2006-2451А по делу N А32-52738/2005-5/719
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 25.04.2005 N Ф08-1538/2005-637А
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 23.03.2005 N Ф08-873/2005-352А
Консультация эксперта, 2011
Автор, ссылаясь на судебную практику, указывает, что при выставлении неплательщиком счета-фактуры с выделенным НДС за его несвоевременную уплату высока вероятность начисления пеней.
Статья: Счет-фактура как регистр налогового учета ("Все о налогах", 2005, N 12)
Автор высказывает мнение о том, что если поставщик, который не является плательщиком НДС, выставит счет-фактуру с выделенной суммой налога, то в бюджет придется заплатить всю сумму НДС и соответствующие пени.
