Не менш натягнутими, хоча ближчими думкам І. Канта і особливо І. Г. Фіхте, постають ідеї, висловлені Ф. В. Й. Шеллінгом у його системі трансцендентального ідеалізму – філософії другого періоду, де він показує, як із суб’єкта виникає об’єкт, демонструючи другу сторону тотожності. Тут для розуміння вчення Ф. В. Й. Шеллінга важливий термін «інтелігенція», що позначає не те, що ми звикли вкладати в це слово, а деякий носій інтелекту, субстанцію, яка може мислити. Інтелігенція є тим, що має властивість інтелекту. Зрозуміло, що саме вона досліджується Ф. В. Й. Шеллінгом в трансцендентальній філософії. Якщо філософія природи – натурфілософія виходила з того, що для неї аксіомою є існування об’єктивного зовнішнього світу, то трансцендентальна філософія виходить з іншої аксіоми, із упевненості в тому, що існує лише суб’єкт, «я». Тому основним принципом трансцендентальної філософії є принцип скептицизму. Саме цю лінію неусвідомлено розвивали всі філософи античності, коли намагалися сумніватися в існуванні зовнішнього світу. Особливо радикально цей поворот було видно у Р. Декарта. Як показує Ф. В. Й. Шеллінг, це лише одна частина дійсної філософської системи. Трансцендентальна філософія починає з сумніву і в результаті цього сумніву приходить до переконаності в існуванні тільки суб’єкта, тільки мислячого фіхтевського «я», або кантівського трансцендентального розуму. На перших порах Ф. В. Й. Шеллінг міркує подібно до того, як міркував свого часу І. Г. Фіхте. Якщо для людини єдиною достовірною реальністю є «я», то філософ у трансцендентальній філософії починає з положення, що «я» вважає «я». «Я» мислить і споглядає тільки себе. Але «я» споглядає себе обмеженим і в цьому обмеженні себе воно розуміє, що існує деяке «не-я». Якщо існує «не-я», то, означає, воно впливає на «я», а оскільки окрім «я» нічого не існує, то означає це «не-я» є деякий аффект «я» з боку самого себе. Тобто «не-я», об’єкт пізнання виникає із самого ж суб’єкта, із того, що само пізнає «я». Тому наступний факт, який спостерігає мислитель, трансцендентальний філософ, це факт вже не споглядання, а відчуття – відчуття об’єктивного світу. Тобто виникає уявлення про зовнішній світ.
На цьому ж етапі Ф. В. Й. Шеллінг досліджує і другий розділ трансцендентальної філософії – практичну філософію. Трансцендентальна філософія є філософія, що складається з двох частин: теоретичної філософії, що досліджує пізнання, і практичної філософії, що досліджує вільну, тобто етичну діяльність людини. У суб’єкті співпадає і пізнавальна діяльність, і етична. Але закони, які пізнають учені, і свобода суперечать одне одному. Це очевидна суперечність свободи і необхідності, тому вирішитися вона може у вищій філософії.
Ця філософія може бути заснована на принципах, що перевершують людський розум. Таким вченням для філософа є принцип передвстановленої гармонії. Він високо оцінював Г. В. Лейбніца і всю його філософію. Він писав: «Яку роботу Лейбніца я не візьму, яку фразу не прочитаю, скрізь видно величезну думку. І немає такої роботи, в якій би Лейбніц не виклав своє геніальне бачення». У подоланні суперечності свободи і необхідності виникає поняття цілепокладання – передвстановлена гармонія існує заради якоїсь мети.
Цілепокладання, про яке І. Кант говорив у «Критиці здатності думки», знову ж таки виявляється в суб’єкті, тобто філософ знов, йдучи від суб’єкта для дозволу суперечності між необхідністю і свободою, повертається до суб’єкта. Ф. В. Й. Шеллінг зазначав, що це коло у філософії не є порочним, а, навпаки, ознака дійсної системи філософії, бо істинність системи якраз і полягає в тому, що філософія в своєму останньому пункті повертається до своєї початкової точки, із якої вона виходила. Тобто дійсна система завжди повинна бути системою всеосяжною, циклічною, круговою.
