1594 року козацько-селянські виступи набули нової сили. Повстанців очолив Северин Наливайко.
Коли каральні польські загони залили кров'ю Україну, С. Наливайко полишив службу й створив озброєний загін. На допомогу Наливайкові прийшли запорожці разом з гетьманом Григорієм Лободою.
У жовтні 1594 року визвольний рух охопив усю Брацлавщину, Київщину й Волинь. Козацько-селянське військо, яке налічувало 12 тис. осіб, здобуло Гусятин, Бар, Канів, Луцьк та інші міста. Повстанський рух перекинувся на Білорусь. Боротьба під проводом С. Наливайка істотно відрізнялася від попередніх повстань не тільки масштабами, а й соціальною базою.
Щоб розширити територію повстання, козацькі ватажки поділили сили й рушили в різні частини Польсько-Литовської держави. Навесні 1595 року повстанці на чолі із С. Наливайком повели наступ на Луцьк, а потім повернули на Могилів, щоб підняти білоруське й польське селянство.
Другий загін під проводом Григорія Лободи та Матвія Шаули пішов на південь Наддніпрянщини, щоб очистити його від панів, а потім і далі на північ по Дніпру — на з'єднання із С. Наливайком. Такий широкий розмах повстання загрожував самому існуванню Речі Посполитої.
Польський король знову оголосив посполите рушення. На допомогу був закликаний литовський гетьман Радзивілл. Стати на чолі каральної експедиції проти повстанців доручено відомому польському полководцю Станіславу Жолкевському. Польський стратег намагався розбити козацькі сили поодинці. Водночас він підтримував таємне листування з різними козацькими керівниками про припинення воєнних дій та ізоляцію С. Наливайка.
Козацьким загонам все ж таки вдалося з'єднатися, але перед потужнішою силою шляхетського війська вони були змушені відступати.
Щоб урятувати жінок, дітей і старих, які перебували в козацькому таборі, С. Наливайко вирішив вийти на Лівобережжя й шукати захисту на території Московської держави. Але під Лубнами польська кіннота відрізала повстанцям шлях до відступу. Оточені в урочищі Солониця, козаки й селяни приготувалися до оборони. Повстанці оточили свій табір возами в чотири ряди, побудували вал, викопали рів, на висотах поставили гармати.
Кілька разів поляки безуспішно штурмували козацькі укріплення. Уночі повстанці робили сміливі вилазки, унаслідок яких польські вояки зазнавали великих утрат. Облога табору тривала два тижні (травень - червень 1596 року). Становище і козаків, і шляхти було надзвичайно тяжким. Не стало їжі, фуражу, повстанці були відрізані від води.
Тоді С. Жолкевськии удався до хитрощів. Два дні важкі польські гармати обстрілювали табір повстанців, спричиняючи великі жертви серед них, а потім поляки розпочали переговори, обіцяючи повсталим амністію.
У таборі козаків почався розкол. Козаки схопили й стратили гетьмана Г. Лободу, який хотів знайти порозуміння з ворогом, але й прибічники Г. Лободи не залишилися в боргу — вони підступно захопили поранених С. Наливайка та М. Шаулу й видали їх шляхті.
Станіслав Жолкевський не дотримав свого лицарського слова, за його наказом більшість учасників повстання, що були в таборі, перебито. С. Наливайка та ще шістьох керівників повстання відправили до Варшави, де 1597 року після жорстоких тортур їх стратили. За одними даними, Северинові Наливайку зітнули голову, після чого він був четвертований, а шматки його тіла порозвішували по всьому місту, за іншими — він був спалений живцем.
Хотинська війна
Тим часом міжнародне становище Речі Посполитої різко ускладнилося після нищівної поразки її війська від турків влітку 1620 р. під Цецорою, що в Молдавії. Навесні наступного року 160-тисячна турецька армія під проводом самого султана при 260 гарматах та 4 бойових слонах для залякування «невірних» (тобто християн), а також 60 тис. татар вирушили, щоб довершити розпочатий розгром. Через нечисленність польського війська, яке становило трохи більше ЗО тис. чол. при 38 гарматах, уряд Речі Посполитої звернувся за допомогою до козаків, обіцяючи розширення їхніх прав і привілеїв. Оскільки турецько-татарська навала загрожувала поневоленням і українському народові, Козацька рада ухвалила надати поміч у боротьбі проти «бусурманів» і одночасно, аби домогтися в цій ситуації своїх вимог щодо розширення козацьких прав та затвердження нововисвяченої вищої православної ієрархії в Україні, відрядила до короля посольство на чолі з П. Сагайдачним. 40-тисячне ж козацьке військо під керівництвом гетьмана Я. Бородавки вирушило в Молдавію назустріч ворогові. Крім того, щоб розпорошити сили турків, було вирішено активізувати воєнні дії на Чорному морі, куди відправили бл. 10 тис. запорожців. Вони діяли завзято і, за словами козацького літописця С. Величка, «самому Цариграду превелике сум'яття і жах учинили...»
Центральним пунктом бойових дій стала фортеця м. Хотина, де поляки зайняли оборону. Сюди поквапився П. Сагайдачний, якому король на словах пообіцяв задовольнити вимоги українців. Не заставши козаків під Хотином, він вирушив їм назустріч, по дорозі був поранений і мало не потрапив у турецький полон, та все ж зумів прорватися до козацького табору, що знаходився в той час під Могилевом. Тут козацтво, незадоволене невдалим керівництвом Я. Бородавки у молдавському поході, скликало Раду, яка скинула його з гетьманства та засудила до смерті. Новим гетьманом знову обрали П. Сагайдачного.
1 вересня 1621 р. козацьке військо прибуло під Хотин. Наступного дня сюди підійшли турки й татари, які зразу ж ударили на позиції козаків, сподіваючись, що ті ще не встигли як слід укріпитися. Проте, зазнали великих втрат і змушені були відступити. Надалі турецька армія практично безперервно здійснювала атаки на козацький табір, небезпідставно вважаючи, що розбивши його, легко впорається з поляками. Козаки ж, у свою чергу, робили сміливі вилазки у ворожий стан і навіть мали можливість під час однієї з них цілковито розгромити турків, але у вирішальний момент коронний гетьман Ходкевич, який очолював польське військо, наказав припинити бій, посилаючись на наближення ночі. Про значення козаків у воєнних діях свідчить той факт, що султан оголосив, що не буде ні їсти, ні пити, поки не покінчить з ними, та пообіцяв за кожну козацьку голову нагороду в 50 злотих (для порівняння: у 1572 р. реєстровим козакам було призначено річну плату в 10 злотих).
Майже цілий вересень велися кровопролитні бої поблизу Хотина, але турки, втративши близько 80 тис. чол., так і не змогли взяти фортеці. 29 вересня почалися переговори про укладення миру, котрий був підписаний 9 жовтня. Загалом умови Хотинського миру були вигідні для поляків: 1) кордон Польщі з Туреччиною встановлювався по Дністру; 2) турки й татари зобов'язувалися не чинити грабіжницьких походів на територію Речі Посполитої; 3) польський уряд погодився заборо-нити козацькі експедиції проти Криму і Туреччини.
Парадоксально, але факт: козацтво, яке своїм безприкладним героїзмом, великою мужністю і самопожертвою не тільки врятувало від розгрому Річ Посполиту, а й розвіяло міф про непереможність Туреччини та, значно послабивши останню, примусило її відмовитися від планів завоювання Європи, не отримало від своєї перемоги жодних здобутків. Польща не виконала навіть скромних козацьких вимог щодо виплати сталої платні, забезпечення воєнних інвалідів, виведення коронного війська з Київського воєводства тощо, не кажучи вже про заборону виходити в Чорне море. Підступність польського уряду, а також отримане на початку війни поранення прискорили смерть П. Сагайдачного, який помер 10 квітня 1622 p., заповівши перед тим усе своє майно українським братствам Києва і Львова.
Після смерті гетьмана Сагайдачного зміцнене ним військо продовжило його справу. Походи на Туреччину та Крим здійснювалися майже кожного року, а то і і по кілька разів на рік. Однак, починаючи ще з кін. XVI ст., українське козацтво, яке поступово перебирало на себе роль провідної сили суспільства, вже не обмежувалося лише захистом від турецько-татарської агресії, а й цілеспрямовано боролося за соціальні та національні права свого народу. Ігнорування польським урядом козацьких прав лише загострювало цю боротьбу.
