Идея создания в Омске второго в Западной Сибири медицинского факультета возникла зимой 1919-20 гг. и обусловливалась чрезвычайно неблагополучной санитарно-эпидемиологической обстановкой и антисанитарным состоянием населенных мест.
На обширной территории Омской губернии, в состав которой вводили в то время современные Тюменская, Кокчетавская, Ceвepo-Казахстанская и Акмолинская области, нарастала заболеваемость сыпным, возвратным, брюшным тифом, оспой, дифтерией, малярией, дизентерией, туберкулезом, сифилисом, чесоткой, паршой и другими заразными болезнями.
Только в Омске в ноябре 1919 года было 15000 тифозных больных, более сотни из которых ежедневно умирало. Младенческая смертность составляла 319,0 на 1000 родившихся живыми, а общая—достигала 29,3 на 1000 населения. Для госпитализации больных имелась одна койка на 2185 жителей. На одного врача в среднем приходилось по 1930 жителей (в городе—4300, в уездах— 41300, к примеру, в европейской части России этот показатель составлял 6500 населения), а территория одного врачебного участка составляла в среднем более 20000 кв. верст, с радиусом до 85 верст.
За годы революции, гражданской войны и голода была практически разрушена и без того малая сеть лечебных учреждений. В конце 1920 года общий недостаток врачебных кадров в губернии составлял 76%.
К 1919 году подготовка врачей в Сибири осуществлялась лишь на медицинском факультете Томского государственного университета, выпускавшем в среднем по 40 специалистов в год.
Инициатором открытия факультета в Омске был заведующий Сибирским отделом здравоохранения Павел Николаевич Обросов, поставивший этот вопрос на первом заседании инициативной группы в ноябре 1919 г.
В июне 1920 года по инициативе Сибревкома, Сиботдела здравоохранения и отдела народного образования состоялось специальное совещание с участием представителей института сельского хозяйства и промышленности, ветеринарного института и местной врачебной общественности, на котором было вынесено заключение «о полной возможности открыть в Омске медицинский факультет».
Эта возможность обосновывалась наличием кадров преподавателей из местных врачей, реальностью привлечения профессорско-преподавательского состава из других вузов, наличием научно-учебных и лечебных учреждений — баз для клиники медицинского факультета.
Однако первоначально было решено открыть медицинский факультет в рамках Сибирского ветеринарно-зоотехнического института и 8 ноября 1920 года состоялось постановление Сибревкома «об открытии медицинского отделения на правах факультета в составе ветеринарно-зоотехнического института». В декабре 1920 года такое отделение было открыто.
Занятия для 186 студентов начались 20 декабря в здании, расположенном на улице Тарской. Возглавлял работу отделения доктор К. В. Ромодановский.
При участии Сибздрава, губздрава, студентов и общественности города быстро шла работа по оборудованию факультета, и уже в апреле 1921 года был поставлен вопрос о самостоятельном существовании вуза.
Приказом по Сибнаробразу N 63 § 3 от 12 августа 1921 медицинский факультет был преобразован в самостоятельный Омский медицинский институт. На заседании Совета по делам высших учебных заведений Главпрофобра 15 октября 1921 года (протокол N 11) создание института было санкционировано, а 27 октября он был утвержден коллегией Наркомпроcа (протокол N55) с переименованием в Западносибирский медицинский институт и начал функционировать как однофакультетный вуз с пятигодичным сроком обучения.
С августа 1921 года институт приступил к созданию собственных кафедр, кабинетов и лабораторий в отведенном губисполкомом трехэтажном здании бывшего торгового дома Ганшиной. Основной клинической базой стала городская больница, размещенная в бывшем здании общества «Саламандра» (ныне улица Музейная, 4); организовались самостоятельные клиники, тогда же полностью переведенные на бюджет института. В 1926 году оба эти здания были национализированы и переданы в постоянное пользование институту.
К 1931 году в клиническом корпусе были размещены почти все клиники, а также кафедра экспериментальной и социальной гигиены. Госпитальные клиники располагались в военном госпитале; акушерско-гинекологическая, инфекционная и клиника душевных болезней находились в соответствующих больницах здравотдела.
Активно участвовали в создании института Омский губисполком и горсовет, выделившие средства и помещения, Красный Крест, организовавший факультетскую клинику, Омское медицинское общество, предоставившее институту свою библиотеку (около 15 тысяч томов).
Прием на первый курс осуществлялся по разнорядке Главпрофобра без конкурса. В 1921 году институт пополнился 207 студентами и занятия начались сразу на трех курсах. Третий курс сформировался преимущественно из лекпомов (помощников лекарей) и из студентов, переведенных из других городов. Проектной мощности (500 студентов) институт достиг на третьем году своей работы. Основную массу (60—70%) обучающихся составляли рабочие и крестьяне, остальную часть—дети специалистов и служащие.
До 1935 года активно действовала комиссия по очистке вуза от «чуждых» элементов, по решению которой из числа студентов без права поступления в вузы СССР исключались лица, скрывшие свое социальное происхождение (дети бывших торговцев, кулаков, офицеров, жандармов, лишенных избирательных прав). В первые годы существования института большинство дисциплин преподавали практические врачи. К чтению лекций и приему курсовых экзаменов привлекались профессора и преподаватели медицинского факультета Томского университета, Сибирской сельскохозяйственной академии и Зооветеринарного института.
В 1922 году преподавание велось на 38 кафедрах и курсах, в том числе научной диагностики, ботаники, зоологии, электрификации, элементов высшей математики. В 1923 году к числу обязательных для изучения был отнесен курс Советской Конституции.
Первым ректором Государственного Западно-Сибирского медицинского института был преподаватель Н. К. Иванов-Эмин, умерший в 1922 году от сыпного тифа.
По распоряжению Главпрофобра от 15.01.23 ректором временно был назначен доктор К. В. Ромодановский (в дальнейшем с 1931 г.— профессор Ленинградского института охраны материнства и младенчества).
Комплектование института научными и преподавательскими кадрами проводилось не только в Омске, но и в Томске, Казани, Самаре, Симферополе, Москве, Ленинграде, Красноярске, Бийске и других городах, куда выезжали представители института. В 1923 году личный состав института насчитывал уже 17 профессоров, 29 преподавателей и 37 научных сотрудников. Около 25% студентов получали стипендии.
С начала 1924-25 учебного года в соответствии с предписанием Главпрофобра от 12.12.24 N 27530/пф и постановлением правления от 19 декабря 1924 года институт был взят на государственный бюджет, а с 1 января 1925 года стал именоваться Омским государственным медицинским институтом.
В июне 1924 года состоялся первый выпуск врачей—41 человек: 25 мужчин и 16 женщин.
В связи со слабой общеобразовательной подготовкой и недостаточной грамотностью значительной части студентов 22 декабря 1929 года было принято решение об организации рабфака, который открылся в 1930-31 учебном году. Успешно окончившие его зачислялись на первый курс без вступительных экзаменов.
За 10 лет существования институт дал стране 851 врача-лечебника широкого профиля.
В 1930 году директором института был назначен профессор А. И. Мискинов.
С 1930-31 учебного года в институте началась подготовка собственных профессорско-преподавательских кадров через аспирантуру.
Осенью 1931 года открылся факультет обучения без отрыва от производства с вечерним и заочным отделениями.
С 1931 года обязанности ректора института выполнял доцент кафедры социальной гигиены и организации здравоохранения П. Н. Владимирский. В 1931 году Наркомздрав принял решение о создании в Омском государственном медицинском институте факультета охраны материнства и младенчества (ОХММ) с двумя профилями: акушерско-гинекологическим и педиатрическим.
В 1932 году (ректор—доцент кафедры социальной гигиены и организации здравоохранения И. И. Сысоев) институт был реорганизован в двухфакультетный: лечебно-профилактический факультет и факультет охраны материнства и младенчества.
Осенью 1934 года в соответствии с постановлением ЦИК СССР от 3 ноября на лечфаке были установлены три цикла: хирургия, терапия, акушерство и гинекология, а факультет ОХММ реорганизован в педиатрический, а факультет без отрыва от производства сохранен только в виде вечернего отделения.
Решением ЦИК СССР от 4 сентября 1934 года были установлены обязательные государственные экзамены в медицинских вузах.
В 1934-35 учебном году в ОГМИ обучалось 1458 студентов, среди которых было 1117 женщин (76,6%) и 341 мужчина; 1331 студент содержался на госбюджете, 127—на внебюджетные средства. Размер стипендии на дневных факультетах колебался от 81—91 рубля на первом курсе до 130—150 рублей на пятом. Стоимость обеда из двух блюд в студенческой столовой составляла 50—60 копеек, дневного рациона—1 рубль 10 копеек при суточной калорийности 1630 калорий.
Несмотря на значительные трудности, институт ежегодно участвовал в посевной, уборочной, очистке железнодорожных путей от снега и прочих кампаниях
В 1934 году были восстановлены ученые степени доктора и введены ученые степени кандидата наук, что способствовало повышению уровня научно-исследовательской работы, повышению престижа теоретических знаний ученых и улучшению качества подготовки научной смены. В 1935 году из Наркомздрава было получено «Положение о порядке прохождения дел по утверждению в ученых степенях и званиях». В довоенный период защита докторских диссертаций в Сибири разрешалась только в Томском медицинском институте. В 1935 году Омский медицинский институт получил право принимать к защите диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук.
Как известно, 1935 год ознаменовался ожесточением идеологической борьбы, начались поиски идейных врагов, проводников «контрреволюционной троцкистской идеологии», искоренение инакомыслия. Не миновало это и ОГМИ. Многотиражная газета «За кадры советской медицины» 11 и 25 марта 1935 года писала об «уроках троцкистской вылазки» бывших преподавателей кафедр диалектического и исторического материализма Соустина и Любимова, обвинявшихся в извращении марксистско-ленинского учения. Оба они, а также не возразивший им преподаватель Веселов, были исключены из списка сотрудников. Та же участь постигла многих сотрудников института.
Приказом ВК ВШ N 2057 от 15 июля 1938 года был утвержден санитарно-гигиенический факультет. Первым деканом факультета был назначен профессор В. Г. Елисеев. Профильные кафедры факультета размещались на базе областной санэпидстанции.
Великая Отечественная война внесла свои коррективы. В связи с объявлением мобилизации и необходимостью своевременного прибытия врачей-выпускников к месту работы был сокращен срок обучения и сдачи госэкзаменов. Таким образом, в течение 1941 года было выпущено 811 врачей. Уже 23 июня 1941 года в РККА были мобилизованы студенты и 153 сотрудника института.
Во время Великой Отечественной воины учебный процесс был сокращен до 3,5 лет. Студенты занимались по 8 часов в день и в воскресенье по 4 часа. Во время экзаменационных сессий библиотека (в том числе и читальные залы) работала с 8 часов утра до 12 часов ночи.
Первый военный учебный год начался 1 августа. Набор был произведен только на лечебный факультет, но в ходе войны остро выявился недостаток кадров санитарных врачей и эпидемиологов, а потому с начала 1942/43 учебного года был восстановлен санитарно-гигиенический факультет, а со следующего года — педиатрический.
В городе было развернуто 18 эвакогоспиталей на 10 тыс. коек. Под эвакогоспиталь было освобождено одно из общежитий института. В 1942 году число эвакогоспиталей увеличилось до 45, а затем постепенно уменьшалось. В эвакогоспиталях работали многие сотрудники института — одни из них являлись начальниками госпиталей, другие занимались лечением раненых.
В сентябре 1941 года ОГМИ принял на хранение имущество НК3 СССР, а в июне 1942 года в институте было размещено имущество Ленинградского акушерско-гинекологического и Ленинградского педиатрического институтов.
В трудные военные и послевоенные годы (1942—1953) институт возглавлял профессор Р.М. Ахрем-Ахремович.
В порядке эвакуации 4 ноября 1941 года в Омск прибыли студенты и преподаватели 2 Московского медицинского института, для которых в течение 3 дней были подготовлены помещения главного и патолого-анатомического корпусов. В главном корпусе начал работать военный факультет 2ММИ. С 5 ноября для всех научных работников—мужчин в возрасте от 16 до 50 лет - было введено всеобщее военное обучение.
За годы Великой Отечественной войны 2500 студентов участвовали в уборке хлеба и выработали более 87000 трудодней, более 300 выезжали в сельские районы для агитационной работы в бригадах. Студенты разгружали баржи с дровами, строили трамвайные пути и ТЭЦ-2, участвовали в сборе средств на танковую колонну, теплых вещей и подарков для воинов, собрали 100 тысяч рублей на самолет «Омский мединститут», помогали в работе эвакогоспиталей По окончании войны 400 студентов-комсомольцев были награждены медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.».
За героизм, проявленный на фронте и в тылу, более 70 научных работников награждено орденами и около 250 человек—боевыми и трудовыми медалями.
С 1948-49 учебного года установлена продолжительность обучения в медицинских вузах 6 лет.
С 1954 по 1957 год при институте функционировало медицинское училище с двухгодичным сроком обучения, готовившее фельдшеров-акушеров на заведование фельдшерско-акушерскими пунктами преимущественно в Омской области.
С 1956 по 1961 год директором ОГМИ был заслуженный деятель науки профессор К. С. Новицкий.
В 1957 году состоялся первый набор на четвертый факультет ОГМИ -стоматологический (100 человек). Первым деканом его был доцент И. Н. Смирнов.
Организация стоматологического факультета в ОГМИ обусловливалась необходимостью резкого увеличения выпуска врачей-стоматологов. Факультет должен был обеспечить ими Западную Сибирь и прилегающие области Казахстана. К этому времени Омск имел богатые стоматологические традиции, так как с 1938 года в городе работала зубоврачебная школа, а во время войны и в первые послевоенные—зубоврачебное отделение при военно-медицинском училище.
В 1957 году в соответствии с постановлением Совета Министров РСФСР при ОГМИ было повторно открыто подготовительное отделение с интернатом для коренных национальностей Севера, с ежегодным набором 25 учащихся. В течение трех лет они должны были получить общее среднее образование и зачислялись на I курс института.
В 1957 году была отменена плата за обучение, постепенно увеличивался стипендиальный фонд.
В 1961 г. ректором стал доцент Л. Г. Макаров.
Фундаментальная библиотека института стала одной из крупнейших среди медвузов страны. Ее книжный фонд в настоящее время насчитывает 600 тысяч томов.
С 1965 года по 1974 год ректором института был профессор В. П. Говоров.