Планування — визначення цілей і задач екологічного аудита, вибір стратегій; розробка планів, що забезпечують, (указівки по прийняттю рішень і виконанню дій); визначення тактики, політики правил і прийомів, формування бюджету.
Організація — формування організаційної структури служби (фірми), підбор і підготовка кадрів; створення інформаційно-нормативної і матеріально-технічної бази.
Операційна функція — охоплює процес проведення екологічного аудита, його техніку і технологію і складається з декількох етапів:
• ознайомлення з бізнес-планом підприємства;
• висновок договору на проведення аудиторської перевірки і визначення аудиторського ризику; оцінка системи обліку природокористування підприємства, оцінка природоохоронних заходів і внутрішнього контролю;
• перевірка внутрішнього контролю; дотримання принципів екологічного обліку;
• попередній аналітичний облік використання природних ресурсів і природоохоронної діяльності на підприємстві;
• залишення звіту і висновку про перевірку;
• надання консультаційних послуг.
Контроль — реалізація визначених правил, процедур стосовно матеріальних і природних ресурсів; визначення показників результативності; порівняння результатів зі стандартними дії.
Невід'ємним етапом будь-якої діяльності є контроль її ходу й оцінка отриманих результатів. У процесі контролю екологічної аудиторської діяльності використовуються стандарти, нормативи, виміри фактично досягнутих результатів, базові показники і коректування, якщо отримані результати істотно відрізняються від стандартів. Контроль є фундаментальним елементом управління. У керуванні екологічною аудиторською діяльністю доцільно використовувати три основні види контролю: попередній, поточний і заключний.
Процедура контролю включає зіставлення отриманих результатів зі стандартами, нормативами, критеріями і прийняття відповідних коригувальних дій. Потім здійснюється порівняльна оцінка результатів зі стандартами. Саме тут фіксуються можливі відхилення, виміряються результати, оцінюється інформація.
Ефективність контролю визначається не тільки поводженням аудитора, що може за результатами проробленої роботи вибрати одну з трьох ліній поводження: нічого не починати, усунути відхилення, переглянути стандарт. Однак для досягнення цілей організації необхідна орієнтація на результативність, стратегічну спрямованість, простоту й економічність.
Мотивація як елемент управління — це процес організації колективу на досягнення поставлених цілей. Спонукальними мотивами тут повинні виступати такі фактори мотивації як висока відповідальність, матеріальна винагорода, успіх, реалізація творчого потенціалу і ділового росту.
Ще один аспект удосконалювання організації екологічного аудита складається в документуванні аудиторських перевірок. Більшість дослідників одним з основних інформаційних документів про стан об'єкта, що перевіряється, називають анкету для опитування керівників по організації екологічної аудиторської діяльності. За допомогою анкети можна скласти загальне уявлення про екологічний стан досліджуваного підприємства, виявити особливості управління природокористуванням, проблеми в екологічному обліку й інформаційному забезпеченні. Аудиторам така анкета допоможе визначити попит на їхні послуги, буде сприяти формуванню наукового підходу до процесу управління і здійснення діяльності в області екологічного аудита.
В умовах формування ринкових відносин виявляється новий напрямок розвитку функцій внутрішнього і зовнішнього прогнозного екоаудита, як засобу оптимізації й активізації підприємницької діяльності на основі дотримання принципів екологічної безпеки. Одночасно з контрольними функціями екоаудит і господарський аудит повинні виконувати економічну й екологічну експертизу по залученню капіталу, розвитку інвестицій, упровадженню ноу-хау, ресурсозбереженню, зниженню екологічних витрат і т.д.
Експертна функція усіх видів аудита є важливим напрямком розвитку фінансово-господарського й екологічного контролю в ефективному використанні капіталу в умовах вільного підприємництва.
Ринкова економіка обумовила появу підприємця і підприємництва, що у сучасних умовах являють собою сукупність економічних, нормативно-правових, політичних і екологічних відносин.
У сучасних умовах одержання прибутку можливо тільки при найбільш ефективному використанні усіх видів ресурсів, у тому числі, природному, їхньому захисту від забруднення і деградації, а також економічному ризику і дотриманні умов екологічної безпеки. Це спонукує підприємців застосовувати усі види попереднього контролю на стадії прийняття управлінських рішень. Таким чином, незалежний екологічний аудиторський контроль в умовах ринкових перетворень здобуває функції каталізатора для активізації підприємницької діяльності на принципах екологічно безпечного і стійкого розвитку.