Скориставшись скрутним становищем України, московський уряд і його уповноважений князь О. Трубецький примусили Юрія Хмельницького укласти 17 жовтня 1659 Переяславські статті, які обмежували суверенні права України, давали право Москві призначати своїх воєвод і мати свої залоги, крім Києва, ще у п'яти містах України.
Цей договір викликав загальне обурення, і коли в 1660 московське військо, на боці якого вимушені воювати й козаки, у війні з Польщею зазнало поразки, Хмельницький після поразки під Слободищем перейшов на польський бік, московське військо було змушене до капітуляції під Чудновом.
Юрій уклав 27 жовтня 1660 року з Польщею так званий Слободищенський трактат, який розривав союз з Москвою, скасовував Переяславські статті, відновлював союз з Польщею й ґарантував автономію України, яка зобов'язувалася воювати спільно з польським військом проти Москви. Проти цього трактату (апробованого Козацькою радою в Корсуні) за намовою Москви виступили деякі лівобережні полки. Хмельницький ходив на лівобережну Україну з військом з метою об'єднання України. Але був розбитий переважаючими кількістю військами Григорія Ромадановського і після цього він не міг згуртувати достатньо війська. За підтримкою Москви гетьманом обрано Івана Брюховецького. Московити видали полковника Якима Сомка Брюховецькому, який його стратив. Хмельницький на початку 1663 склав булаву й постригся в ченці під ім'ям Гедеона. Після того як зложив булаву перебував в Корсунському монастирі, під імям Гедеона. 1663 він зложив гетьманство і прийняв монаший чин в Трахтемирівському (Зарубинецькому) монастирі.
1664 Стефан Чарнецький сплюндрував Суботів, наказав викинути тіла Богдана Хмельницького та його сина Тимофія з родиної гробниці. Також під його супроводом київський митрополит та Юрій Хмельницький були відісланi в Мальборський замок. Там вони знаходилися до 1667. Після звільнення (1667) він жив в Уманському монастирі.
У січні 1668 р. брав участь у Генеральній раді Війська Запорозького, де підтримав орієнтацію Петра Дорошенка на турецький протекторат. У своєму виступі на раді заявив: «Батьківські всі скарби відкопаю і татарам плату дам, тільки б під рукою великого государя і королівської величності не бути». Однак через кілька місяців Хмельницький підтримав його суперника Михайла Ханенка.
1669 взятий в битві в полон білогородськими татарами, був відправлений в Білгород,а потім за рішенням Дорошенка в Константинополь, де перебував в замку Сім Веж. Одного разу він намагався втекти на волю, але був знятий з високого муру, покараний киями і прикутий до стіни в'язниці. Перебував там до 1678. В інтересах султана звільнений з увязнення, проголошений гетьманом і посланий з пашою Ібрагімом під Чигирин проти московского князя Ромадановського. Після того як турки повернулись назад, Юрій Хмельницький з військом завоював декілька українських міст.
1670 (за іншими джерелами 1673) Юрія захопили кримські татари і відправили до Константинополя. За посередництвом французького посла (маркіза де Ноантель), турецький уряд намагався використати Хмельницього для закріплення свого володіння на Правобережній Україні.
1677 він був звільнений султаном з в'язниці i прибув в Україну й у зверненні до народу титулував себе «Князем сарматським і вождем Війська Запорозького»; його столицею був Немирів.
1678—1679 він хотів за допомогою турецького і татарського війська приєднати Лівобережжя. Однак йому не вдалося створити міцної влади. Південне Правобережжя щораз більше знелюднювалося, і люди втікали за Дніпро.
