Система моніторингу ґрунтується на використанні існуючих організаційних структур суб'єктів моніторингу і функціонує на основі єдиного нормативного, організаційного, методологічного і метрологічного забезпечення, об’єднання складових частин та уніфікованих компонентів цієї системи.
Організаційна інтеграція с уб’єктів системи моніторингу на всіх рівнях здійснюється органами Мінприроди на основі: загальнодержавної і регіональних (місцевих) програм моніторингу довкілля, що складаються з програм відповідних рівнів, поданих суб'єктами системи моніторингу; укладених між усіма суб'єктами системи моніторингу угод про спільну діяльність під час здійснення моніторингу довкілля на відповідному рівні. Розпорядженням КМУ від 31 грудня 2004 р. № 992-р схвалено Концепцію Державної програми проведення моніторингу навколишнього природного середовища, яка передбачає формування міжвідомчої комісії для координації діяльності всіх суб’єктів системи моніторингу. Цією Концепцією передбачається 9 суб'єктів моніторингу (замість 10 в постанові № 391).
До складу виконавців зазначених програм суб'єкти системи моніторингу можуть залучати підприємства, установи і організації незалежно від їх підпорядкування і форм власності.
Координацію діяльності суб’єктів державної системи моніторингу довкілля здійснює Міжвідомча комісія з питань моніторингу довкілля, утворена відповідно до Постанови Кабінету Міністрів України від 17.11.2001р., № 1551 «Про утворення Міжвідомчої комісії з питань моніторингу довкілля».
Методологічне забезпечення об’єднання складових частин і компонентів державної системи моніторингу покладається на Мінприроди із залученням суб'єктів цієї системи, а також установи Національної академії наук, Української аграрної академії наук, Національного космічного агентства України (НКАУ) та Національного агентства з питань інформатизації при Президентові України і здійснюється на основі:
– єдиної науково-методичної бази щодо вимірювання параметрів і визначення показників стану довкілля, біоти і джерел антропогенного впливу на них;
– впровадження уніфікованих методів аналізу і прогнозування властивостей довкілля, комп'ютеризації процесів діяльності та інформаційної комунікації;
– загальних правил створення і ведення розподілених баз та банків даних і знань, картування і картографування екологічної інформації, стандартних технологій з використанням географічних інформаційних систем.
Метрологічне забезпечення державної системи моніторингу також покладається на Мінприроди із залученням суб'єктів цієї системи та органів Держстандарту і здійснюється на основі:
– єдиної науково-технічної політики щодо стандартизації, метрології та сертифікації вимірювального, комп'ютерного і комунікаційного обладнання;
– єдиної нормативно-методичної бази, що забезпечує достовірність і порівнянність вимірювань і результатів оброблення екологічної інформації в усіх складових частинах цієї системи.
Суб'єкти системи моніторингу, а також місцеві державні адміністрації та органи місцевого самоврядування, підприємства, установи і організації, незалежно від їх підпорядкування і форм власності, повинні здійснювати розроблення і узгодження з органами Мінприроди та МНС планів здійснення заходів з метою:
– організації системи спостережень за станом екологічно небезпечних об'єктів;
– запобігання екологічно небезпечній виробничій, господарській та іншій діяльності;
– захисту зареєстрованих у системі моніторингу постів (пунктів, станцій) спостережень за об'єктами довкілля від пошкодження та несанкціонованого перенесення;
– виділення в установленому порядку земельних ділянок під влаштування нових постів спостережень на підставі затверджених програм удосконалення і розвитку складових частин системи моніторингу.
Інфраструктура системи моніторингу, її складові частини, системоутворювальні та уніфіковані компоненти створюються на підставі відповідних технічних завдань і проектів, затверджених у встановленому порядку. Такі технічні завдання і проекти підлягають реєстрації в Міністерстві охорони НПС. Прийняті проектні рішення реалізуються в межах щорічних заходів загальнодержавної і регіональних (місцевих) програм екологічного моніторингу довкілля.
