В 1798 г. в Египет вторглась французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом, который занял Александрию и Каир. Местные христиане стали надежной опорой новой власти. Это обострило их отношения с мусульманами. В 1801 г. французы покинули Египет. После гражданской смуты 1801 – 1805 гг. в Египте установилась власть османского военачальника Мухаммеда Али (1805 – 1849), стремившегося к независимости от Порты. Он покровительствовал христианам. При нем некоторые христиане занимали высокое положение в финансовых структурах и бюрократическом аппарате. Такая политика продолжалась около 15 лет. После греческого восстания 1821 г. усилились враждебные отношения к христианам, и в частности, к грекам в Египте.
В первой половине XIX в. Александрийский Патриархат возобновляет контакты с Россией. При Николае I вновь начинаются выплаты по «палестинскому штату». На полученные со стороны России деньги Патриарх Иерофей I (1825 - 1845) построил в Каире новую резиденцию с храмом великомученика Георгия (1839), восстановил монастыри св. Георгия и св. Саввы (которые были так малочисленны, что больше походили на обычные приходские храмы), открыл греко-арабское училище в Каире.
К 1843 г. относится официальная организация греческой общины в Александрии. Многочисленная, активная, процветающая греческая православная община выработала четкую структуру самоуправления, состоящую из так называемых эпитропий – комиссий выборных депутатов.
В 1851 г. Патриарх Иерофей II (1847 – 1857) при посредничестве архимандрита Порфирия (Успенского), начальника Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, получил разрешение на отправку в Россию епископа Фиваидского Никанора для сбора пожертвований. Прибыв в Россию, епископ Никанор собрал значительную сумму денег (ок. 50 тыс. руб.) в пользу Александрийской Церкви.
В 1855 г. по ходатайству митрополита Московского Филарета (Дроздова) Святейший Синод передал Александрийской Патриархии храм святителя Николая в Москве, при котором было устроено Александрийское подворье. Патриарх Иерофей II прислал для этого храма части Креста Господня. Доходы с этого храма стали одним из главных источников Александрийской Церкви.
При Патриархе Каллинике (1858 – 1861) стал обсуждаться вопрос о союзе православной и коптской Александрийских Церквей. Архимандрит Порфирий (Успенский), участвовавший в дискуссии, убеждал Каллиника уступить престол коптскому Патриарху Кириллу IV при условии принятия коптским духовенством всех чинопоследований и канонических постановлений Греко-православной Церкви. Но этому проекту не суждено было сбыться: в 1861 г. Патриарх Кирилл IV скончался, а Патриарх Каллиник отрекся от престола.
При Патриархе Иакове II (1861–1865) окончательно разрешился «синайский вопрос»: подворье Синайского монастыря в Каире было освобождено от всех ограничений, и там беспрепятственно стали совершать богослужение с поминанием имени Александрийского Патриарха.
В 1866 г. из России вернулся епископ Фиваидский Никанор и был избран на Патриарший престол (1866 – 1869). Он издал особое Положение, согласно которому Патриархат должен был управляться не только Патриархом, но и Синодом, состоящим из четырех епископов. Никанор отстранил от дел эпитропии, пытаясь опереться на Синод.
Последнее тридцатилетие XIX в. Александрийскую Православную Церковь возглавлял бывший Константинопольский Патриарх Софроний IV (1870 – 1899), пользовавшийся влиянием и авторитетом на Православном Востоке. Он составил новое Положение о церковном управлении, по которому предусматривалось участие в избрании Патриарха представителей всех православных общин Египта, а также легальных профсоюзов Каира и Александрии, врачей, ученых, адвокатов. Но принято оно не было.
В конце XIX в. Египет полностью теряет самостоятельность и попадает в зависимость от Франции и Англии. Иностранное засилье, финансовое закабаление страны вызвали рост национально-освободительных настроений (кульминацией стало восстание Ораби-паши в 1882 г.). В результате Патриарх Софроний и православное духовенство вынуждены были покинуть Египет. Восстание было подавлено после артиллерийского обстрела Александрии английским флотом. Египет был оккупирован англичанами и, формально оставаясь до 1914 г. в составе Османской империи, фактически стал британским протекторатом.
На рубеже XIX - XX вв. в Египте возрастает численность православной общины. К началу ХХ в. она составила ок. 100 тыс. человек. Численность духовенства увеличивалась медленнее – в начале ХХ в. под властью Патриарха находились 3 митрополии (Фиваидская, Иерапольская и Трипольская), ок. 50 клириков, храмов – 8, монастырей – 2 (св. Саввы Освященного в Александрии и св. вмч. Георгия в Каире). Роль Синода фактически снова сходит на нет из-за небольшого числа священнослужителей.
В первой четверти ХХ в. Александрийский престол возглавлял Патриарх Фотий (1900–1925) – один из выдающихся архипастырей Востока. Он умело вел дела церкви: возобновлял строительство храмов и монастырей, учебных и благотворительных заведений, основал типографию, где начали выходить журналы, учредил Патриарший музей. Территория Патриархата была разделена на 7 епархий.
По вступлении на Александрийский престол бывшего Константинопольского Патриарха Мелетия II (Метаксакиса) (1926–1935) Александрийская Церковь в 1926 г. перешла на новоюлианский стиль. В 1930 г. Патриарх Мелетий подписал «Положение о священническом служении», по которому ни один клирик не мог быть рукоположен без семинарского или университетского образования. В 1931 г. было выработано «Положение о Синоде», который упорядочил выборы Патриарха и заседания Синода. В 1934 г. был выпущен «Органический закон Греко-православной Александрийской Патриархии», регламентировавшего административное устройство и управление Александрийской Церкви. В 1938 г. этот закон был доработан и дополнен: было включено положение, по которому Патриарх должен избираться духовенством и православной паствой независимо от национального признака. Кандидат в Патриархи должен иметь богословское образование, быть не моложе 40 лет и не менее 10 лет прослужить в священном сане.
К 1930 г. численность паствы Александрийской Церкви в Египте стала насчитывать до 120 тыс. верующих, большинство из которых составляли греки.
Несмотря на то, что в Африке всегда существовало, помимо греческого, многотысячная арабоязычная православная община, коренные народности континента до начала ХХ в. не были приобщены к Православию: географическим барьером была пустыня Сахара. Лишь с ХХ в. начинается миссионерская деятельность вглубь континента.
В 1928 г. учреждается православная кафедра в г. Йоханнесбурге, в 1931 г. – в Триполи, Тунисе, а затем на территории Судана и Эфиопии. В 1946 г. православные сообщества Уганды и Кении (так называемое «черное православие») были приняты в полное каноническое общение с Александрийским Патриаршим престолом. В 1958 г. появились 3 новые епархии: Восточноафриканская (Кения, Уганда, Танзания), Центральноафриканская (Заир и Конго) и Западноафриканская (Камерун). В 1968 г. образована Родезийская епархия (Зимбабве). В 1997 г. учреждены 4 епископии: Ганская, Букобская, на о. Мадагаскар и в Нигерии.
В 1982 г. в г. Найроби (Кения) была открыта Патриаршая Семинария, где обучаются студенты со всех частей Африканского континента.
Епископат Александрийской Православной Церкви насчитывает 22 архиерея (2000 г.).
Каноническая территория Александрийского Патриархата – страны Северной, Центральной и Южной Африки. Патриаршая резиденция и кафедральный собор во имя Благовещения Божией Матери находятся в Александрии. Главой Александрийской Православной Церкви является Патриарх, официальный титул которого – «Блаженнейший, Божественнейший и Святейший Отец и Пастыреначальник, Папа и Патриарх Великого града Александрии, Ливии, Пентаполя, Эфиопии, всего Египта и всей Африки, Отец Отцов, Пастырь Пастырей, Архиерей Архиереев, Тринадцатый Апостол и Судия Вселенной». Наряду с Патриархом Церковью управляет Священный Синод, в состав которого входят митрополиты.
Александрийская Православная Церковь является членом Всемирного Совета Церквей и членом Ближневосточного Совета Церквей, активно участвует в экуменическом движении.
В настоящее время на Африканском континенте Божественная литургия совершается на десятках языков в более, чем 400 приходах со штатом около 300 священников. Численность православных христиан более 1 млн. чел. Во всех епархиях Патриархата действуют катехизаторские и средние школы, молодежные организации. Официальным печатным органом Александрийского Патриархата является журнал «Пантенос».
С 1997 г. Александрийскую Православную Церковь возглавляет Патриарх Петр VII (Папапетру). Он родился в 1949 г. на Кипре, закончил семинарию в Никосии. В 1983 г. Священный Синод Александрийской Церкви избрал его епископом Вавилонским, в 1990 г. епископ Петр стал митрополитом Аккрским и всей Западной Африки, в 1994 г. – митрополитом Камерунским и Западноафриканским. 9 марта 1997 г. состоялась интронизация митрополита Петра в Предстоятеля Александрийской Церкви.
В апреле 1999 г. Патриарх Петр VII совершил официальный визит в Русскую Православную Церковь. В ходе визита Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и Александрийский Патриарх Петр открыли подворье Александрийской Церкви в Москве при храме Всех Святых на Кулишках (Славянская площадь). Тогда же Патриарх Петр VII передал Патриарху Алексию II грамоту о предоставлении в пользование Русской Православной Церкви храма во имя св. вмч. Димитрия Солунского в Каире, продолжая тем самым поддержку братских связей двух Церквей. В Александрии действует подворье Русской Православной Церкви – храм св. Александра Невского.
