После воссоединения с Россией Грузинская Православная Церковь вошла в состав Русской на началах Экзархата. Западногрузинский Католикос-Патриарх Максим II (1776 – 1795) еще в 1795 г. удалился в Киев, где и умер в этом же году. С этого момента духовная власть над обоими Католикосатами перешла к Восточногрузинскому Католикосу-Патриарху Антонию II (1788 – 1810). В 1810 г. по решению Святейшего Синода Русской Церкви он был смещен, а вместо него был назначен Экзарх Иверии – митрополит Варлаам (Эристави) (1811 – 1817). Таким образом, Грузинская Церковь вошла в прямую зависимость от Русской Православной Церкви и была незаконно лишена своей автокефалии.
С другой стороны, нахождение православных грузин под крылом Русской Церкви оживило и стабилизировало духовную жизнь в Грузии, чего нельзя было добиться в прежних условиях постоянных завоеваний.
За время существования Грузинского Экзархата произошли важные положительные изменения: в 1817 г. открылась духовная семинария в Тифлисе, в 1894 – семинария в Кутаиси. Открывались епархиальные женские училища и церковно-приходские школы.
С 1860-х гг. стал издаваться журнал «Грузинский духовный вестник» (на грузинском языке). С 1886 г. на грузинском и русском языках стал выходить двухнедельный церковно-религиозный журнал «Мцкемси» («Пастырь»), издававшийся до 1902 г. С 1891 г. по 1906 и с 1909 по 1917 гг. стал выпускаться еженедельный официальный журнал «Духовный Вестник Грузинского Экзарахта» на русском и грузинском языках с обязательной подпиской для духовенства.
При экзархе архиепископе Павле (Лебедеве) (1882 - 1887) было учреждено «Братство Пресвятой Богородицы», издававшее на русском и грузинском языках духовно-нравственную литературу, организовывало религиозно-нравственные чтения, духовные концерты и т.д. В 1897 г. оно было реорганизовано в «Миссионерское духовно-просветительское братство».
С 70-х гг.XIX в. в Абхазии развивается строительство небольших каменных и деревянных церквей и монастырей. В это же время именно здесь благодаря русским монахам, прибывшим сюда со Святой Горы Афон, происходит возрождение очага православного монашества. Дело в том, что, согласно церковной традиции, на этой земле был погребен апостол Симон Кананит, также еще в эпоху средневековья Абхазия была одним из известных очагов православия в Западной Грузии.
Получив здесь значительный участок земли (1327 десятин) русские монахи Свято-Пантелеимоновского Афонского монастыря с 1875 – 1876 гг. стали застраивать этот участок, в результате чего был заложен монастырь. К 1896 г. монастырский комплекс был полностью сооружен, а к 1900 г. воздвигнут Новоафонский собор. Роспись монастыря и собора выполняли волжские иконописцы братья Оловянниковы и группа московских художников под руководством Н. В. Малова и А. В. Серебрякова. Новый монастырь был назван Новоафонским Симоно-Кананитским (Новый Афон), который существует и поныне.
Особым направлением в деятельности грузинских экзархов является миссионерская работа среди горцев. Проповедь христианства среди чеченов, дагестанцев и других кавказских народов началась еще в XVIII в. В 1724 г. св. Иоанн Манглисский распространял Православие в Дагестане, основав Крестовоздвиженский монастырь в Кизляре. По его инициативе была создана специальная миссия во главе с архимандритом Пахомием, в ходе деятельности которой немало осетин, ингушей и других горцев было обращено в святое Православие.
В 1771 г. была создана постоянно действующая Осетинская духовная комиссия (с центром в Моздоке). В 90-е гг. XVIII в. ее деятельность временно прекратилась и возобновлена была в 1815 г. при первом экзархе Варлааме. На базе Осетинской духовной комиссии в 1860 г. возникло «Общество восстановления христианства на Кавказе», главными задачами которого были, во-первых, проповедь Православия, и, во-вторых, духовное просвещение кавказского населения.
К началу ХХ в. В Грузинском Экзархате имелось 4 епархии, 1,2 млн. православных верующих, свыше 2 тыс. храмов, ок. 30 монастырей.
С началом революционных событий 1917 г. и острейшим политическим кризисом Российского государства в Грузии началось движение за политическую и церковную независимость.
Вхождение Грузинской Церкви в состав Русской в 1810 г. предусматривалось на началах церковной автономии, но вскоре от автономных прав Грузинского Экзарахта ничего не осталось. С 1811 г. экзархами в Грузию назначались архиереи русской национальности; церковное имущество Грузии было передано в полное распоряжение русских властей и проч. Против такого положения грузины протестовали. Особенно усилились автокефалистские настроения православных грузин в конце XIX - начале ХХ в. в ходе работы Предсоборного Присутствия (1906 – 1907), созванного с целью подготовки и изучения проекта предстоящих реформ в Русской Православной Церкви.
12 марта 1917 г., вскоре после свержения в России власти императора, православные грузины самостоятельно приняли решение о восстановлении автокефалии своей Церкви. Грузинские церковные иерархи известили Экзарха Грузии архиепископа Платона (Рождественского) (1915 – 1917) о том, что отныне он перестает быть Экзархом.
Свое решение церковное управление Грузии передало в Петроград Временному Правительству, которое признало восстановление автокефалии Грузинской Православной Церкви, но только как Церкви национальной – без географических границ, - оставив, таким образом, русские приходы в Грузии в ведении Русской Православной Церкви.
Будучи недовольными таким решением, грузины составили протест Временному Правительству, где говорили, что признание за Грузинской Церковью характера национальной, а не территориальной автокефалии, решительно противоречит церковным канонам. Автокефалия Грузинской Церкви должна быть признана на территориальной основе в пределах древнегрузинского Католикосата.
В сентябре 1917 г. в Грузии был избран Католикос-Патриарх всей Грузии Кирион (Садзаглишвили) (1917 – 1918), после чего грузины приступили к национализации духовно-учебных заведений.
Священноначалие Русской Православной Церкви во главе с Патриархом Тихоном выступило против акта грузинских иерархов, заявив о его неканоничности.
Грузины, в лице нового Католикос-Патриарха Леонида (Окропиридзе) (1918 – 1921), заявляли, что Грузия, соединившись более 100 лет назад с Россией под единой политической властью, никогда не проявляла желания соединиться с ней в церковном отношении. Упразднение автокефалии Грузинской Церкви было насильственным делом светских властей вопреки церковным канонам. Католикос Леонид и грузинское духовенство были полностью уверены в своей правоте и непреложности соблюдения церковных правил.
В результате в 1918 г. произошел разрыв молитвенного общения между Грузинской и Русской Церквами, продолжавшийся 25 лет. Лишь избрание Патриарха Московского и всея Руси Сергия послужило для Католикос-Патриарха всей Грузии Каллистрата (Цинцадзе) (1932 – 1952) добрым предлогом к восстановлению отношений с Русской Православной Церковью по вопросу об автокефалии.
31 октября 1943 г. состоялось примирение двух Церквей. В древнем кафедральном соборе Тбилиси была совершена Божественная литургия, объединившая в молитвенном общении Католикоса Каллистрата и представителя Московской Патриархии – архиепископа Ставропольского Антония. После этого Священный Синод Русской Церкви под председательством Патриарха Сергия вынес определение, по которому, во-первых, признавалось восстановленным молитвенное и евхаристическое общение между Русской и Грузинской Православными Церквами, и, во-вторых, было решено просить Католикоса Грузии предоставить русским приходам в Грузинской ССР сохранять в своей богослужебной практике те порядки и обычаи, которые они наследовали от Русской Церкви.
