За умовами "Вічного миру", укладеного між Польщею та Росією у 1686 р., Москва зберегла за собою Лівобережжя, Київ з округою. Правобережжя відійшло до Речі Посполитої, яка пообіцяла не заселяти середньої Київщини польськими колоністами.
Російська влада ще до виборів гетьманом І. Мазепи (липень 1687 р.) ревізувала автономні устрої Гетьманату. До Глухівських статей 1672 р. долучилися нові обмеження: тепер не тільки гетьмана, а й старшину не можна було зняти з посад без дозволу царського уряду. Водночас, реалізуючі намагання старшини стати спадково-привілейованим станом, Москва підтвердила права на маєтки, одержані старшиною, звільнила їх від податків на утримання війська, відмежувала козацький стан від міщан та селян. Коломацькi статті (міждержавний договір, укладений 1687 р. на р. Коломацi (тепер — Харківська область) між новообраним гетьманом І. Мазепою і козацькою старшиною, з одного боку, та Москвою — з іншого вперше заперечували державність України, але завдяки І. Мазепі цей пункт повністю не був реалізований.
Період правління І. Мазепи був не простим для українського суспільства. Бюрократ i дипломат за характером, він намагався підтримувати добрі стосунки з Петром І. У внутрішній політиці придушував будь-які вияви козацького "вільнодумства" й водночас зміцнював кріпосницькі домагання старшини, їх станові права. При Мазепі процес знищення автономії України i форм виборного козацького правління набирав темпів. Соціальна політика Мазепи, що насамперед враховувала інтереси старшини, не давала йому змоги розраховувати на масову підтримку українського населення в 1708 р., коли він змінив політичну орієнтацію.
Наприкінці 1689 р. серед запорозьких козаків зміцніла група з пропольською орієнтацією. Гетьману вдалося з допомогою агентурної розвідки перехопити делегацію січовиків, яка прямувала до польського короля. На прохання І. Мазепи Петро І припинив постачання до Січі хліба й зброї, сукна та свинцю. Однак уже в травні 1690 р. запорожці били татар, допомагаючи Польщі, а протягом 1691 – 1693 рр. на службу до короля перейшло до 2 тис. козаків.
Не сприяв підвищенню авторитету гетьмана його конфлікт з організатором визвольного руху на Правобережжі Семеном Палієм. Якщо Палій уособлював демократичну ідею суспільно-політичного ладу в Україні, то Мазепа — аристократично-панську. Не підтримували гетьмана й міщани, які постійно скаржилися на сваволю козацької старшини саме Петру І. Проти Мазепи працював i релігійний чинник, бо, знаючи про його службу при дворі польського короля, українська людність вірила чуткам про те, що гетьман — таємний католик.
Саме за Мазепи Росія почала максимально використовувати продуктивні сили, військовий потенціал України для задоволення власне російських, імперських апетитів. Посилилися спроби русифікації населення, особливо верхівки, гетьман i старшина повинні були всіляко пропагувати змішані шлюби українок з росіянами, в офіційних установах російська мова почала витісняти українську, у важкому становищі перебувало національне книгодрукування.
Наприкінці XVII ст. Російська держава залишалася відрізаною від морів: на півдні від Чорного моря — володіннями Туреччини й Кримського ханства, на півночі — від берегів Балтійського моря — Швецією. Для здобуття виходу до Балтійського моря Петро І в серпні 1700 р. почав проти Швеції війну, що дістала назву Північної. Швеція була далекою від України, і у війні Україна не мала прямих інтересів. Незважаючи на це, цар Петро І враховував лише інтереси Росії і вимагав від України для війни все більше матеріальних і людських ресурсів. З самого початку війни за розпорядженням царя українські козаки воювали проти шведів далеко поза межами України. При цьому козаків ставили під команду російських офіцерів і генералів, які поводилися з ними жорстоко і грубо, знущалися з них. Ось як описували своє життя на війні козаки: "від самого початку вірної служби нашої престолу пресвітлійших монархів ніколи не були ми в такім безчестю й нарузі, як тут, … нам кажуть, що цар нас прислав сюди тільки по те, щоб тут ім’я наше пропало". З початком росiйсько-шведської війни у 1700 р. козацькі полки регулярно посилали на поля боїв у Балтії та Польщі, де не звертали уваги на значні втрати козаків в боях з вишколеними й краще озброєними шведськими військами та від незвичного клімату, хвороб, незадовільного матеріального забезпечення. Війна вимагала величезних коштів, тому гетьманська адміністрація постійно запроваджувала нові податки, а це збільшувало соціальну напруженість в суспільстві.
Водночас Петро І виношував плани ліквідації козацьких полків, призначив князя О. Меншикова головнокомандувачем російськими та українськими загонами в Гетьманщині на випадок наближення до неї шведської армії. Російські чиновники почали контролювати витрати на утримання козацьких полків, було реквізовано значну кількість гетьманської артилерії. Цілком ймовірно, що на посаду гетьмана готували О. Меншикова, а клопоти царя щодо надання І. Мазепі титулу князя Священної Римської імперії були зумовлені бажанням "компенсувати" втрату ним булави.
І. Мазепа та його прихильники добре розуміли, що будь-який результат шведсько-російського суперництва матиме для Гетьманщини тяжкі наслідки. Тому після довгих роздумів було вирішено звільнитися від московської опіки, перейшовши під протекторат Швеції. Раптовий поворот Карла ХII восени 1708 р. в Україну (замість очікуваного маршу в напрямку Москви) суттєво змінив плани І. Мазепи, який опинився перед важкою дилемою: залишитися вірним царю чи приєднатися до військ шведського монарха. Політичний вибір гетьмана став для Петра І неприємною несподіванкою, тому московська влада застосувала полярні методи поводження з українським народом. Основна маса козаків не підтримувала Мазепу, але Петро І надав приказ знищити Запорізьку Січ. 14 травня 1709 р. царські війська зруйнували Січ. "Головы обдирали, шеи рубили на плахе, вешали и иной тиранской смерти предавали. Много мертвых вырывали из могил не только товариства — но и монахов, — головы им рубили, сдирали кожу, вешали".
Назавжди перейнявшись недовірою до козацької старшини, Петро І влітку 1709 р., відкинувши після перемоги в Полтавській битві обіцянки про збереження "козацьких прав i вольностей", призначив резидентів (наглядачів) при гетьманському дворі. Вони повинні були стежити за переміщенням запорожців на кордонах Гетьманщини, боротися з "мазепінською" агітацією, контролювати зовнішньополітичну діяльність гетьмана І. Скоропадського тощо. Ясно, що це був перший крок на шляху до ліквідації гетьманської посади взагалі, що й сталося у липні 1722 р. Згодом настала черга втручання російських представників у кадрову політику Гетьманату, уніфікації українських державних порядків до російських зразків, примусової інтеграції господарства Лівобережної України до російського. 3 1712 р. утримання розквартированих в Гетьманщині російських полків було покладене на українських платників податків. Розпорошена й роз’єднана українська еліта виявилася не здатною опиратися імперській політиці царизму.
Тільки неймовірний збіг обставин міг забезпечити успіх намаганню Мазепи протистояти російському царю. Більшість зовнішніх i внутрішніх чинників зумовлювали неминучість його поразки. До них передусім належать: розчленованість українських земель між Росією i Польщею, що спричиняло відмінності в політичній орієнтації української еліти, соціальних верхів, духовенства, народних мас на Схід i Захід; відсутність чітких планів щодо майбутнього України в основних геополітичних суперників Росії; цілеспрямоване руйнування Москвою української державності, ослаблення ролі гетьмана у внутрідержавному житті, конфлікти серед козацької старшини, а також між старшиною і гетьманом; обмеженість соціально-політичної бази через недовіру до Мазепи значної частини козацтва у зв’язку з його "дружбою з царем"; невдоволення серед селянства, яке вважало його панським, старшинським гетьманом; духовно-моральний надлом українського народу, зневіра в результативність боротьби за свою державність; недостатність зусиль щодо консолідації української військово-політичної еліти, неефективна протидія політиці московського царя, спрямованої на розкол українського суспільства.
Найважливіші політичні наслідки поразки І. Мазепи полягають у тому, що український народ вкотре відчув, що таке бути "під царем", усвідомив ціну "союзу" з Московщиною, позбувся ілюзій щодо подальшого збереження своїх вольностей i прав; отримав ще один гіркий урок, який полягав у посиленні політичного, соціально-економічного, духовного гніту з боку Москви.
Після програшу в Полтавській битві (27 червня 1709 р.) Карла ХІІ з рештою шведів, І. Мазепа з козаками відірвалися від погоні і знайшов притулок на турецьких землях. І. Мазепа не пережив краху свого великого плану й 22 серпня 1709 р. помер у Бендерах. Його тіло з усіма почестями козаки поховали у православному монастирі в Галаці.
Особа і діяльність гетьмана І. Мазепи, який став широко відомим у Європі ще за життя, оцінювалися як сучасниками, так і нащадками надзвичайно неоднозначно, з найполярнішими характеристиками. Одні змальовували Мазепу тільки негативно, чорними фарбами, як "зрадника, кривоприсяжника і Юду". Інші характеризували його лише в рожевих тонах, без належного аналізу, як беззавітного борця за волю і незалежність України.
Негативну оцінку Мазепи започаткував цар Петро І. У листі до полтавського полковника в жовтні 1708 р. він писав: "Гетьман Мазепа, забыв страх божий, изменил нам… Изменник, богоотступник, вор… для собственной своей тщетной славы и властолюбия учинил, а шведа для того в Украину призвал, дабы поработить сей малороссийский народ…". За розпорядженням царя Мазепа був відлучений від православної церкви, і йому було проголошено анафему (прокляття). Після цього щороку на Великдень у всіх православних храмах Російської імперії виголошувалася Мазепі анафема.