ЄС має певні відмінності як від міжнародних організацій, так і від держав при здійсненні зовнішніх зносин. Ці відмінності обумовлені його специфічним міжнародно-правовим статусом як суб'єкта міжнародного і європейського права. При такій особливій ситуації органи, які беруть участь у зовнішніх зносинах Союзу, можуть бути розділені на кілька груп, а саме: внутрішні органи Союзу - Європейська Рада, Голова Європейської ради, Верховний представник Союзу із закордонних справ і політики безпеки, Рада, Комісія, Європейський парламент, зовнішні органи Союзу - делегації Союзу в третіх країнах і місії ad hoc.
Одним з важливих вкладів Лісабонського договору стало скасування запровадженої Маастрихтським договором структури так званих «опор». Але, незважаючи на ці зміни, в області зовнішніх зносин ЄС ми все ще можемо говорити про існування двох блоків, що мають кілька різний механізм регулювання. Це блок відносин, який залишився у спадок від коммунитарного права Співтовариства (колишній 1 опора Союзу), в яких Союз зараз виняткову і одноосібну компетенцію, і СЗППБ (колишня 2 опори Союзу), яка, незважаючи на її певне зближення з комунітарне право, все ще залишається в значній мірі сферою міжурядового співробітництва, яке координується органами Союзу.
Досліджуючи питання внутрішніх органів зовнішніх зносин Європейського Союзу, насамперед слід звернути увагу на Європейську раду. Як визначено в Лісабонському договорі, цей інститут Союзу поряд з Радою визначає і здійснює СЗППБ, не беручи при цьому законодавчі акти (п. 1 ст. 24 ДЕС). Це підтверджує нашу тезу про те, що СЗППБ все ще залишається більш сферою міжурядової діяльності, тим більше, що до складу як Ради, так і Європейської ради входять не чиновники Союзу, а представники держав-членів. Тому рішення Європейської ради мають як політичний (загальні орієнтири і стратегічні напрями зовнішньої політики), так і правовий характер, хоча і тільки в формі рішень (п. 1-2 ст. 26 ДЕС). Відповідно в силу своєї природи вони не можуть бути оскаржені в суді.
У процедурі приєднання нових членів до Спілки Європейська рада також виконує певні функції, зокрема встановлює критерії відповідності цієї держави (ст. 49 ДЕС). При виході держави-члена з Союзу роль Європейської ради більш істотна. Передбачається, що «держава-член приймає рішення про вихід, повідомляє про свій намір Європейська рада» (п. 2 ст. 50 ДЕС), яка в подальшому встановлює відповідні орієнтири для переговорів з цією державою.
Розглядаючи це питання, не можна обійти увагою знову посаду Голови. За своєю посадою Голова / Президент не очолює весь Європейський Союз, а лише Європейська рада, яка, в свою чергу, «дає Союзу необхідні для його розвитку імпульси і визначає його загальні політичні орієнтири і пріоритети» (п. 1 ст. 15 ДЕС). Він «на своєму рівні і в своїй якості забезпечує представництво Союзу на міжнародній арені з питань, віднесених до спільної зовнішньої політики і політики безпеки (СЗППБ), без шкоди повноваженням Верховного представника Союзу у закордонних справах і політиці безпеки» (п. 6 ст. 15). У зв'язку зі специфікою і новизною мандата Голови Європейської ради виконувані ним обов'язки можуть бути або чисто адміністративними і зводитися до головування на зустрічах європейських лідерів, або він дійсно буде повноважним представником ЄС на вищому рівні.
Лісабонський договір продовжив еволюцію ще однієї важливої посади в рамках Європейської ради, займається зовнішньополітичними питаннями. Ми маємо на увазі введену за Амстердамським договором посаду Верховного представника з питань спільної зовнішньої політики і політики безпеки. З моменту заснування (1999) і до вступу в силу Лісабонського договору ця посада суміщалася з посадою Генерального секретаря Ради (ст. 18. П. 3 ДЕС, Ніцца). Його повноваження: «допомагає Раді в питаннях СЗППБ, зокрема бере участь у формулюванні, підготовці і виконанні політичних рішень і, в разі необхідності, здійснює політичний діалог з третіми країнами від імені Ради на запит держави-члена, що головує в Союзі» (ст. 26 ДЕС, Ніцца). За Лісабонським договором відбулася корекція назви і повноважень особи, що обіймає цю посаду. Зокрема, змінилася вже сама назва на «Верховного представника Союзу у закордонних справах і політиці безпеки» (ст. 18 ДЕС). Верховного представника Союзу у закордонних справах і політиці безпеки призначає на посаду Європейська рада за погодженням з Головою Комісії (ст. 18 п. 1 ДЕС). Особа, що займає цю посаду, як ми бачили вище, поряд з Головою Європейської ради «на своєму рівні і в своїй якості забезпечує представництво Союзу на міжнародній арені з питань, віднесених до спільної зовнішньої політики і політики безпеки» (п. 6 ст. 15 ДЕС). На питання, де провести межу між зовнішньополітичними повноваженнями Голови Європейської ради і Верховного представника Союзу у закордонних справах і політиці безпеки, певним чином дає відповідь Лісабонський договір. Зокрема, п. 3 ст. 26 ДЕС недвозначно вказує, що «спільну зовнішню та безпекову політику здійснюють Верховний представник і держави-члени з використанням національних засобів і засобів Союзу». У свою чергу, ст. 18 ДЕС доповнює цю норму: «Верховний представник проводить спільну зовнішню та безпекову політику Союзу. Своїми пропозиціями вносить вклад в розробку цієї політики і виконує її як уповноважений представник Ради. Аналогічні дії вона виконує по спільної політики безпеки і оборони»(п. 2 ст. 18 ДЕС). Крім того, Верховний представник «головує в Раді з іноземних справ» (п. 3) і як один з віце-голів Комісії піклується про послідовний характер зовнішньополітичної діяльності Союзу. В рамках Комісії він відповідає за виконання обов'язків, які покладені на останню в сфері зовнішніх відносин, і за координацію інших аспектів зовнішньополітичної діяльності Союзу. При здійсненні своїх обов'язків в рамках Комісії - і тільки за цими обов'язків - Верховний представник підпорядковується процедурам, які регулюють функціонування Комісії, без шкоди пунктам 2 і 3 (п. 4 ст. 18 ДЕС). Тобто, як ми бачимо, прийнявши на себе і повноваження Комісара ЄС із зовнішніх зв'язків і політики добросусідства, Верховний представник посів трансінстітуційне місце в системі ЄС, виступаючи одночасно посадовою особою і Ради, і Комісії ЄС. Завдяки цьому буде усунуто дублювання повноважень, яке спостерігалося раніше.
Важливим стало виконання Верховним представником ще одного зовнішньополітичного повноваження, яке раніше належало Комісії: безпосереднє керівництво зовнішніми зносинами Союзу, яке випливає з норм п. 6 ст. 15, п. 2 ст. 18, п. 3 ст. 26 ДЕС: «Делегації Союзу в третіх країнах і при міжнародних організаціях... діють під керівництвом Верховного представника Союзу у закордонних справах і політики безпеки» (ст. 221 п. 2 ДФЕС).
Дуже важливим органом при Верховному представнику повинна стати Європейська служба (агентство) зовнішньополітичної діяльності. Зокрема, вона складатиметься з посадових осіб компетентних служб Генерального секретаріату Ради та Комісії, а також персоналу, відрядженого національними дипломатичними службами. Організація і функціонування Європейської служби зовнішньополітичної діяльності буде встановлюватися рішенням Ради. У свою чергу, ці рішення Рада ухвалюватиме за пропозицією представника після консультацій з Європейським Парламентом та схвалення Комісії (п. 3 ст. 27 ДЕС). У Декларації № 15 міжурядової конференції «Щодо статті 13bis Договору про Європейський Союз» визначено, що діяльність по створенню Європейської служби зовнішньополітичної діяльності повинні проводити генеральний секретар Ради, Верховний представник, Комісія і держави-члени, і почали вони її відразу після підписання Лісабонської угоди.
Що стосується Ради, то вона розробляє загальну зовнішню політику і політику безпеки і приймає рішення, необхідні для визначення і здійснення цієї політики, на підставі загальних орієнтирів і стратегічних напрямків, встановлених Європейською Радою (п. 1 ст. 26 ДЕС). Однак тут вона діє через представника.
Характерною особливістю Союзу після вступу в силу Лісабонського договору стало колективне головування держав-членів у Раді. Воно буде здійснюватися трьома державами-членами на основі рівноправного ротації протягом 18 місяців, у всіх формаціях Ради, крім формації у закордонних справах (ст. 16. П. 9 ДЕС). До цього така «трійка» голів по 6 місяців в Раді держав вже вводилася згідно Маастрихтським редакцією ДЕС (ст. J.5 п. 3, Маастрихт). Також вперше в Лісабонському договорі прописана і процедура виходу держави з Союзу, по якій однією з форм її юридичного оформлення є відповідна угода, яку з такою державою підписує Рада від імені Союзу (ст. 50 ДЕС).
Характерно поступове звуження ролі Комісії в здійсненні зовнішніх зносин ЄС, причому мова йде не про СЗППБ, до якої Комісія спершу не притягувалася. Лише в Ніццького договорі було передбачено, що Комісія повинна бути «повністю асоційована з виконанням завдань» СЗППБ (п. 4 ст. 18 ДЕС, Ніцца) і має право ініціативи. Зараз ці положення зі статті виключені.
Якщо по Ніццькою редакцією ДЕС прямо прописувалась норма про «представників Комісії в третіх країнах і на міжнародних конференціях і їх представництв в міжнародних організаціях» (ст. 20), то в Лісабонському редакції цієї статті ДЕС відзначена «дипломатичні і консульські місії держав-членів і делегації Союзу в третіх країнах і на міжнародних конференціях, а також їх представництва при міжнародних організаціях»(ст. 35 ДЕС), тобто немає ніяких згадок про Комісію.
Еволюцію зовнішньополітичних повноважень Європарламенту під час укладання угод з третіми країнами або організаціями можна простежити наступним чином: Амстердамської договір своїми змінами до Договору про заснування Європейського співтовариства передбачав тільки консультування голови Ради з Парламентом (ст. 238), в свою чергу, зміни, внесені Ніццьким договором, вже передбачали надання згоди парламентом на висновок частини з таких угод (п. 3 ст. 300). За Лісабонським договором (в ДФЕС) повноваження Парламенту дещо розширилися. У сфері СЗППБ він отримав можливість регулярно консультуватися з Верховним представником із головним її аспектів і основних пріоритетів. Причому погляди Парламенту повинні бути належним чином враховані. Парламент зможе також звертатися з питаннями або рекомендаціями на адресу Ради і Верховного представника. Дебати про прогрес, досягнутий у здійсненні СЗППБ, включаючи загальну політику безпеки і оборони, в парламенті будуть проводити вже двічі в рік (ст. 36 ДЕС, Лісабон). Однак прямо передбачено, що парламент не буде приймати участі в процедурі укладення угод, віднесених до сфери СЗППБ (п. 6. ст. 218 ДФЕС, п. 1 ст. 24 ДЕС, Лісабон).
На окрему увагу заслуговує Суд ЄС. З набуттям чинності Лісабонського договору практика Суду з питань зовнішньої політики повинен зазнати певної еволюції, тому що змінюється співвідношення між правопорядком Союзу в області СЗППБ і правопорядком в інших питаннях, віднесених до компетенції Союзу, а значить, має формулюватися інакше. Наприклад, в Ніцці редакції ДЕС ст. 47 передбачала, що ніщо в ДЕС не повинно зачіпати Дзеса, і це інтерпретується Судом як заборона актам, прийнятим в здійснення компетенції Союзу за ДЕС, завдавати шкоди компетенції, переданої співтовариство згідно Дзеса. Лісабонський договір позбавив ДЕС і ДФЕС нагадувань, правопорядок в рамках СЗППБ не повинен зачіпати комунітарне право. І теоретично два різних і автономні правопорядки зрівнюються в правах. Одночасно раніше закріплені специфічні цілі СЗППБ розчиняються в загальному списку цілей, до втілення яких прагне Союз.
Крім основних внутрішніх органів ЄС, які безпосередньо задіяні в сфері зовнішніх зносин, є допоміжні органи: Комітет постійних представників (КПП), Комітет з питань політики і безпеки Союзу (КПБ), мережі європейських кореспондентів, групи радників по зовнішніх впливів (Релекс), Військовий комітет, Військовий штаб, Політико-військові групи, комітет з цивільних аспектів врегулювання кризових ситуацій та багато регіональних і функціональних робочих груп. Отже, Європейський Союз зробив значний крок в бік більш чіткого розподілу повноважень серед внутрішніх органів зовнішніх зносин, про що свідчить суттєве еволюція, результати якої закріплені в останньому - Лісабонському договорі про Європейський Союз. На даному етапі ще виникають деякі суперечності і неврегульовані питання в здійсненні інституційного механізму ЄС, проте зазначені нововведення є досить значними і прогресивними з точки зору подальшого розвитку Європейського Союзу на шляху до отримання повноцінної державності.