Розробка режиму охорони об’єктів та територій ПЗФ є невід'ємною складовою природоохоронних заходів. Режим охорони, який запроваджується на об’єктах і територіях ПЗФ, визначається природоохоронними та іншими завданнями території, що має охоронятися. Ці завдання, в свою чергу, визначаються поняттям, яке має назву пріоритет охорони (або cозологічний пріоритет). Пріоритетом охорони називається та ознака природних комплексів (певні територіальні об’єкти, компоненти ландшафту, природні процеси тощо), заради збереження, відновлення або створення якої вводиться конкретний режим.
Різні потенційні об'єкти охорони можуть вимагати різного режиму, а режим, сприятливий для одної складової природних комплексів, може бути несприятливим для іншої складової. Наприклад, лучна рослинність здебільшого є нестабільною в умовах абсолютної заповідності. Якщо приймається рішення про збереження лучної рослинності на певній ділянці, то треба чітко усвідомлювати, що тут потрібними будуть певні регуляційні заходи, наприклад, щорічне викошування. Однак, такі регуляційні заходи можуть бути шкідливими для деяких інших складових природного комплексу, наприклад для дерев та чагарників, які при режимі щорічного викошування не зможуть відновлюватись. Для розв’язання такого конфлікту, а відтак запровадження певного режиму використання природно-заповідних об’єктів, і необхідне визначення пріоритету охорони. Так, якщо за пріоритет охорони приймається збереження лучної рослинності, то викошування (або інший регуляційний захід, спрямований на збереження лучних екосистем) має проводитись, незважаючи на те, що інші елементи природного комплексу (наприклад, його деревна рослинність) на цей режим можуть реагувати негативно.
Розрізняють дві основні групи пріоритетів охорони: пріоритети захисту території та пріоритети збереження. Площі, на яких пріоритетом є захист природних об’єктів, називаються територіями (ділянками) протекційної охорони, а площі, де пріоритетом є їх збереження, - територіями (ділянками) консерваційної охорони *.
На територіях з пріоритетом захисту (території протекційної охорони) охороняються всі природні процеси та об'єкти. Тут не надається перевага охороні певної складової природних комплексів чи певного їх стану. Заходи охорони таких територій полягають у мінімізації антропогенних впливів на територію, навмисні регуляційні заходи не здійснюються. На територіях з пріоритетом збереження (території консерваційної охорони) як пріоритетні можуть виділятися дуже різні об'єкти, природні процеси або їх сукупність. Такими пріоритетами можуть бути, наприклад, окремі біологічні види або певні рослинні угруповання, які ми хочемо зберегти. Окрему групу пріоритетів консерваційного типу становлять пам'ятки культури (архітектури, історії, археології тощо).
На значних площах природно-заповідних територій (наприклад, у більшості заказників), крім природоохоронних завдань, які можуть мати як протекційний, так і консерваційний характер, ставляться ще й господарські завдання, які також враховуються при розробці режиму охорони.
У деяких випадках, зокрема, для активного відновлення природних комплексів, корисним є формулювання тимчасових завдань (пріоритетів). Прикладами можуть бути підвищення рівня ґрунтових вод, що необхідно для ренатуралізації болотних масивів, зниження участі інтродуцентів у деревостані, формування деревостану певної будови з лісових культур. Тимчасові пріоритет і режим відрізняються від постійних тим, що при виконанні певної умови їх дія припиняється. В наведених вище прикладах умовою припинення дії тимчасового пріоритету можуть бути досягнення необхідної глибини залягання рівня ґрунтових вод, зниження участі інтродуцентів до певного рівня, а у випадку відновлення деревостану через лісові культури – досягнення культурами певного віку, наприклад 40 років.
Ділянки з певним пріоритетом можуть займати будь-яку площу, часто зовсім невелику. Ця площа в значній мірі залежить від самого пріоритетного об'єкту. Особливі пріоритети, відмінні від оточуючих територій, можуть мати окремі дерева, відслонення певних порід, джерела тощо. Разом із тим, часто для охорони природних об'єктів важливою є велика площа і компактна форма виділу з певним режимом. Це зменшує зовнішні впливи з боку територій, які мають інший охоронний режим.
Для деяких ділянок основним природоохоронним завданням може бути не охорона об’єктів, які знаходиться в її межах, а охорона об'єктів, які розташовані поза цією ділянкою. Найчастіше це завдання полягає у виконанні ділянкою буферної функції – зменшення небажаних впливів, які "проходячи" крізь цю ділянку, зменшують свою інтенсивність.
В українській системі категорій ПЗФ територіями з переважанням протекційної охорони без господарських завдань є природні заповідники, заповідні зони біосферних заповідників і національних природних парків, заповідні урочища. Як території в основному консерваційного пріоритету слід розглядати пам'ятки природи, оскільки вони здебільшого включають об'єкти значного ступеня унікальності і мають на меті зберегти ці унікальні риси. В заказниках можуть існувати як площі з протекційним пріоритетом, так і площі з консерваційним пріоритетом. Майже завжди території заказників виконують певні господарські завдання. Тобто на територіях заказників охорона поєднується з обмеженою експлуатацією природних ресурсів.
Серед категорій ПЗФ України найбільш територіально неоднорідними за завданнями та режимами є біосферні заповідники, національні природні парки та регіональні ландшафтні парки. Для територій цих категорій Законом "Про природно-заповідний фонд України" передбачене функціональне зонування. Так, три основні функціональні зони біосферних заповідників відрізняються за ступенем охорони. Найвищий ступінь охорони у заповідній зоні, проміжний – у буферній, а найнижчий – у зоні антропогенних ландшафтів. Законом передбачено також виділення у біосферних заповідниках зони регульованої заповідності. Така зона виділена у Карпатському та Дунайському біосферних заповідниках. Виділення цієї зони дає змогу відділити від територій з пріоритетом збереження (зона регульованої заповідності) території з пріоритетом захисту (заповідна зона). Разом з тим ці дві функціональні зони не повністю відповідають територіям збереження та територіям захисту. Зона регульованої заповідності подекуди виділяється не тому, що в її межах знаходяться цінні об'єкти, які можуть вимагати активної підтримки, а тому, що на цій території в більшій мірі допускається відвідування або деяка експлуатація природних ресурсів.
В національних природних парках функціональні зони (заповідна, регульованої рекреації, стаціонарної рекреації, господарська) також відображають ступінь охорони та інтенсивність відвідування без розділення територій з пріоритетом захисту і територій з пріоритетом збереження.
Бокс 5.1. Пріоритети охорони та класифікація природоохоронних територій МСОП Співвідношення різних завдань, а точніше – площ із різними завданнями, є основою класифікації природно-заповідних територій, особливо класифікації МСОП. За цією класифікацією протекційні пріоритети охорони властиві об'єктам категорій Ia ("природний резерват суворої охорони"), Ib ("територія для збереження дикої природи"), II ("національний парк"). Охорона природних процесів (природних сукцесій) і відсутність регуляційних заходів на більшій частині території цих об'єктів є обов'язковою умовою віднесення природно-заповідної території до цих категорій. Категорія ІІІ (пам'ятка природи) відповідає консерваційному типу пріоритету, режим цих територій часто є режимом пасивної охорони. Об'єкти категорії IV ("території для збереження природних середовищ і видів") також є територіями консерваційної охорони, але здебільшого з частими регуляційними або господарськими заходами.
