Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
Согласно п. 1 ст. 138 НК РФ акты налоговых органов, действия или бездействие их должностных лиц могут быть обжалованы в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу) или суд.
По данному вопросу существует две точки зрения.
Официальной позиции нет.
Есть судебное решение и работы авторов, согласно которым применение вычета правомерно, если налогоплательщик при подаче жалобы на решение налогового органа представил документы, его подтверждающие.
В то же время есть судебный акт с противоположной точкой зрения: представление документов вместе с жалобой в вышестоящий налоговый орган не подтверждает право на применение вычета по НДС.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Документы, представленные с жалобой в вышестоящий налоговый орган, подтверждают право на применение вычета
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 17.09.2009 по делу N А05-437/2009
Суд отклонил довод налогового органа об отсутствии у налогоплательщика переоформленных счетов-фактур в период камеральной проверки. Данные документы были представлены обществом при направлении жалобы на решение инспекции, в связи с чем вычет правомерен.
Аналогичные выводы содержит...
Обзор: Новые документы для бухгалтера. Выпуск от 21.10.2009
Статья: Новости от 05.11.2009 ("Промышленность: бухгалтерский учет и налогообложение", 2009, N 11)
Позиция 2. Документы, представленные с жалобой в вышестоящий налоговый орган, не подтверждают право на применение вычета
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 28.05.2012 по делу N А56-18280/2011
Суд установил, что налогоплательщик вместе с жалобой в вышестоящий налоговый орган представил документы, подтверждающие правомерность применения вычета (договоры купли-продажи, хранения, акты выполненных работ, книги покупок и продаж, счета-фактуры, товарные накладные по форме N ТОРГ-12, выписки банка).
Суд пришел к выводу о том, что вычеты в этом случае не могут быть подтверждены. Это объясняется тем, что вышестоящий налоговый орган в рамках рассмотрения апелляционной жалобы проверяет законность и обоснованность этого решения с учетом обстоятельств, существовавших на момент вынесения решения и наличия документов, представленных для проведения налоговой проверки. В данном случае в инспекцию такие документы не представлялись, поэтому у нее не было возможности провести соответствующие виды контрольных налоговых мероприятий. Вышестоящий налоговый орган не осуществляет налоговую проверку, поскольку в рамках рассмотрения апелляционной жалобы у него отсутствуют полномочия по проведению проверки и соответствующих мероприятий налогового контроля.
