Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Согласно официальной позиции реализация продуктов переработки вышеназванной продукции должна облагаться по правилам п. 1 ст. 154 НК РФ, т.е. по полной стоимости реализуемых товаров. Пункт 4 ст. 154 НК РФ не применяется. Есть судебное решение, которое подтверждает подобный подход.
В то же время есть судебное решение и работа автора, согласно которым реализация продуктов переработки сельскохозяйственной продукции должна облагаться по правилам п. 4 ст. 154 НК РФ.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Реализация продуктов переработки сельскохозяйственной продукции должна облагаться по правилам п. 1 ст. 154 НК РФ, т.е. по полной стоимости реализуемых товаров
Письмо Минфина России от 26.01.2005 N 03-04-04/01
Финансовое ведомство разъясняет, что при реализации продуктов переработки папоротника (в том числе папоротника соленого), закупленных у физических лиц, налоговая база по НДС определяется в общеустановленном порядке, т.е. в соответствии с п. 1 ст. 154 НК РФ.
Постановление ФАС Центрального округа от 08.10.2008 по делу N А36-528/2008
Суд установил, что производимые налогоплательщиком товары из сельскохозяйственной продукции, которая закуплена у физических лиц, не упомянуты в Перечне, указанном в п. 4 ст. 154 НК РФ. Поэтому данные продукты переработки облагаются НДС исходя из полной стоимости.
Консультация эксперта, 2005
Автор ответа излагает две позиции, существующие по вопросу о том, в каком порядке определяется налоговая база при реализации товаров, изготовленных из закупленной у физических лиц сельскохозяйственной продукции, и предлагает налогоплательщику сделать самостоятельный выбор.
Позиция 2. Реализация продуктов переработки сельскохозяйственной продукции должна облагаться по правилам п. 4 ст. 154 НК РФ
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 16.01.2007 N Ф08-6441/06-2826А по делу N А32-24896/2005-60/971 (Определением ВАС РФ от 09.08.2007 N 8061/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Суд указал, что правило определения налоговой базы п. 4 ст. 154 НК РФ распространяется не только на ситуации, когда приобретенная у физических лиц продукция и продукты ее переработки перепродаются в неизменном (непереработанном) виде, но и в случае реализации готовой продукции, произведенной из указанных продуктов и продуктов их переработки.
Консультация эксперта, 2005
Автор ответа излагает две позиции, существующие по вопросу о том, в каком порядке определяется налоговая база при реализации товаров, изготовленных из закупленной у физических лиц сельскохозяйственной продукции, и предлагает налогоплательщику сделать самостоятельный выбор.






