Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
Официальная позиция заключается в том, что для подтверждения льготы по пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ нужен перечень соисполнителей, договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, письменное уведомление заказчика о выделенных бюджетных средствах и другие документы. Кроме того, в некоторых Письмах УМНС России по г. Москве перечислены такие документы, как акт выполненных работ и уведомление заказчика, подтверждающее источник финансирования. Аналогичного мнения придерживаются и авторы.
Суды также требуют подтвердить источник финансирования НИОКР, но считают, что это можно сделать любым документом.
Подробнее см. документы
Письмо Минфина России от 04.04.2012 N 03-07-07/42
Финансовое ведомство разъясняет, что в соответствии со ст. 149 НК РФ право на освобождение НИОКР, финансируемых из федерального бюджета, от налогообложения НДС подтверждается следующими документами: договором с указанием источника финансирования, письменным уведомлением заказчика в адрес исполнителей о выделенных ему целевых бюджетных средствах для оплаты работ и т.п.
Аналогичные выводы содержит...
Письмо Минфина России от 29.07.2011 N 03-07-07/41
Письмо Минфина России от 12.08.2009 N 03-07-11/203
Письмо Минфина России от 11.03.2009 N 03-07-07/16
Письмо Минфина России от 10.10.2008 N 03-07-07/103
Письмо Минфина России от 23.05.2007 N 03-07-07/15
Письмо УФНС России по г. Москве от 16.02.2009 N 16-15/013746
Письмо ФНС России по г. Москве от 23.12.2008 N 19-11/119609
Налоговое ведомство разъясняет, что для обоснования льготы по НДС при проведении НИОКР, кроме договора на выполнение работ и письменного уведомления заказчика, инспекция вправе истребовать у налогоплательщика дополнительные сведения (техническое задание, дополнительные соглашения к договору, календарный план, ведение раздельного учета и т.д.).
Аналогичные выводы содержит...
Письмо УФНС России по г. Москве от 21.11.2008 N 19-11/108743
Постановление ФАС Московского округа от 15.09.2010 N КА-А40/10486-10 по делу N А40-175276/09-129-1403
Суд признал незаконным отказ инспекции в применении обществом льготы при выполнении НИОКР (пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ). Для подтверждения права на освобождение были представлены государственные контракты, акты выполненных работ, справки и уведомления о выполнении работ, оформленные в установленном порядке.
Постановление ФАС Московского округа от 31.03.2006, 27.03.2006 N КА-А40/2147-06 по делу N А40-43876/05-115-298
Суд пришел к выводу, что ст. 149 НК РФ не устанавливает форму подтверждения источника финансирования НИОКР, поэтому подтвердить финансирование можно как справкой об открытии бюджетного финансирования, так и уведомлением.
Постановление ФАС Московского округа от 10.02.2006 N КА-А40/312-06 по делу N А40-25946/05-115-145
Суд признал достаточным для подтверждения бюджетного финансирования работ справки-уведомления.
Постановление ФАС Московского округа от 13.11.2006 N КА-А40/10978-06 по делу N А40-25551/06-140-196
Суд признал право на применение льготы на основании договора на выполнение работ с указанием источника финансирования, а также письменного уведомления заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета в адрес исполнителей и соискателей.
Постановление ФАС Поволжского округа от 18.05.2006 по делу N А55-25488/2005-44
Суд признал право на применение льготы на основании представленных налогоплательщиком договоров, платежных поручений, выписки банка, протоколов взаимозачета, служебной записки, уведомления заказчика, которому выделены средства, книги покупок, книги продаж, учетной политики, а также счетов-фактур и актов выполненных работ. Суд указал, что требование налогового органа о представлении справки финансового органа о финансировании, уведомления заказчика, которому выделены средства в адрес исполнителей и соисполнителей, не основано на нормах Налогового кодекса РФ.
Постановление ФАС Уральского округа от 26.11.2007 N Ф09-9801/07-С2 по делу N А76-30304/06
Суд указал, что основанием для освобождения НИОКР от обложения НДС является договор на выполнение работ с указанием источника финансирования.
Консультация эксперта, 2011
Автор указывает, что при выполнении НИОКР по разработке авиационной техники для использования льготы, установленной пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ, необходимо иметь лицензию на разработку данной техники, договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, письменное уведомление заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителя о выделенных целевых бюджетных средствах.
Консультация эксперта, 2007
Автор утверждает, что при отсутствии письменного уведомления от заказчика о финансировании НИОКР организация не вправе применить освобождение по пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ.
Аналогичные выводы содержит...
Консультация эксперта, 2007
Статья: Знакомьтесь, налоговые инновации 2008 года ("Актуальные вопросы бухгалтерского учета и налогообложения", 2008, N 3)
Автор указывает, что перечень документов, подтверждающих право на освобождение от НДС проведенных НИОКР, Налоговым кодексом РФ не предусмотрен. Поэтому организация может подтвердить данное право теми документами, которые у нее есть. К таким документам относятся, например, договор на выполнение НИОКР и прилагаемые к нему спецификации выполняемых работ.
