Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две позиции.
Официальная позиция заключается в том, что льготу пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ вправе применять и соисполнители НИОКР, не являющиеся учреждениями науки. Есть судебные решения и работы авторов, подтверждающие данный подход.
В то же время есть судебное решение и работа автора, в которых указывается на то, что льготу не могут применять соисполнители НИОКР, не являющиеся учреждениями науки.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Соисполнители имеют право на льготу
Письмо Минфина России от 29.07.2011 N 03-07-07/41
Разъяснено, что льготу по пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ могут получить как основные исполнители, занятые выполнением НИОКР, так и их соисполнители.
Аналогичные выводы содержит...
Письмо Минфина России от 12.08.2009 N 03-07-11/203
Письмо Минфина России от 26.07.2007 N 03-07-07/25
Письмо УФНС России по г. Москве от 23.12.2008 N 19-11/119609
Письмо УФНС России по г. Москве от 29.02.2008 N 19-11/19194
Письмо УФНС России по г. Москве от 01.07.2005 N 19-11/47236
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 11.09.2008 по делу N А56-3652/2007
Консультация эксперта, 2011
Консультация эксперта, 2007
Статья: Комментарий к Письму УФНС России по г. Москве от 29.02.2008 N 19-11/19194 "О порядке применения льготы по НДС" ("Московский бухгалтер", 2008, N 8)
Статья: Комментарий к Письму Минфина России от 26.07.2007 N 03-07-07/25 ("Консультант", 2007, N 20)
Постановление ФАС Поволжского округа от 31.05.2011 по делу N А55-13057/2010
Суд установил, что общество являлось соисполнителем государственного оборонного заказа (контрагента по опытно-конструкторским работам) и, следовательно, правомерно применило пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ.
Постановление ФАС Дальневосточного округа от 12.12.2005 N Ф03-А59/05-1/4002
Суд пришел к выводу, что из буквального толкования пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ следует, что, если научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы выполняются учреждениями образования и науки на основе хозяйственных договоров, они не облагаются НДС независимо от того, является выполняющая их организация научной или нет. Причем, по мнению суда, получить право на льготу может и коммерческая организация, если она выполняет различные фундаментальные, поисковые, прикладные, научно-исследовательские, опытно-конструкторские, технологические, проектные, конструкторские работы в судостроительной отрасли. Уставом организации предусмотрено действие научно-технического совета в качестве совещательного органа.
Постановление ФАС Московского округа от 15.12.2008 N КА-А40/11493-08 по делу N А40-17078/08-127-45
Суд указал, что льготу по пп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ могут применять в том числе и коммерческие организации, являющиеся соисполнителями опытно-конструкторских работ, финансируемых за счет бюджета.
Аналогичные выводы содержит...
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 15.08.2005 N А56-43736/04
Позиция 2. Соисполнители, не являющиеся учреждениями науки, не вправе пользоваться льготой
Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 07.12.2005 N А43-3667/2005-11-146
Суд пришел к следующему выводу: право на льготу имеет только учреждение образования и науки, выполняющее НИОКР.
Консультация эксперта, 2006
Автор указывает, что соисполнитель имеет право на применение льготы при выполнении следующих условий:
1) работы должны быть только научно-исследовательскими и опытно-конструкторскими;
2) финансирование данных работ должно быть за счет средств федерального бюджета;
3) указанные работы должны выполняться учреждениями образования и научными организациями;
4) работы должны быть выполнены согласно хозяйственным договорам.
