Межотраслевое управление во многом обусловлено существованием ведомственной разобщенности и необходимостью ее преодоления. Особенностью управления на уровне нескольких отраслей на современном этапе является его координационно-контрольное содержание по вопросам, отнесенным к компетенции субъектов управления. Это предопределено тем, что управление осуществляется органами исполнительной власти, наделенными полномочиями надведомственного характера по отношению к объектам управления.
В качестве общего объекта межведомственного управления в литературе предлагается рассматривать предприятия, организации, исполнительные органы государственной власти, иные объекты управления, которые организационно не подчинены субъектам межотраслевого управления, что является определяющим признаком.
Межотраслевое управление в широком смысле представляет собой составную часть государственного управления в целом, т.е. это управленческая деятельность всех органов исполнительной власти, состоящая в реализации возложенных на них функций и полномочий межотраслевого значения.
Межотраслевое управление в узком смысле понимается как разновидность государственного управления, имеющая уникальное организационно-правовое обеспечение, которое объединяет систему, структуру органов, их компетенцию, которые образуют организационно-правовой механизм межотраслевого управления.
Субъектами межотраслевого управления являются исполнительные органы государственной власти, обеспечивающие решения межведомственных вопросов в пределах своих полномочий. Ведущую роль в системе этих субъектов играют органы общей компетенции, в частности Президент РФ и Правительство РФ. При них могут создаваться совещательные координационные органы, решения которых обязательны для всех федеральных органов исполнительной власти. Кроме того к субъектам межотраслевого управления (специальные органы) относятся, например: федеральная служба государственной статистики, федеральная таможенная служба, федеральная налоговая служба, федеральная антимонопольная служба и т.д.
При федеральных органах исполнительной власти также могут создаваться органы межотраслевой компетенции, например, создающиеся в форме комиссии по контролю за эффективностью управления государственным имуществом. Целью ее создания являлось в 2000 году ускорение реализации «Концепции Управления Государственным Имуществом и Приватизации в РФ посредством обеспечения эффективного взаимодействия между федеральными органами исполнительной власти, в ведении которых находятся федеральные государственные унитарные предприятия и учреждения, расположенные на территории субъектов РФ».
По мнению Алехина, межотраслевое управление в большей степени становится условным (с точки зрения теории – это правильно, с точки зрения практики – обратная ситуация) и его понимание сводится к 3 взаимообусловленным аспектам:
1. Это аналог межведомственного управления, состоящего в осуществлении специальных функций. Субъекты управления в данном случае не имеют отраслевой принадлежности и осуществляют функции, касающиеся деятельности многих органов управления, учреждений, предприятий и т.д.
2. Это аналог межведомственного управления, содержанием которого является реализация отраслевых или специальных функций.
3. Как управление комплексами, например министерство промышленности и торговли РФ, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере промышленного и оборонного комплексов.