В организации управления транспортно-дорожным комплексом имеется ряд особенностей. Для большинства видов транспорта характерна высокая степень централизации управления, что обусловлено значением и особенностями деятельности управляемых объектов. Кроме того, очевидна необходимость создания в этой сфере объединений, подотраслей для лучшего управления большим количеством обслуживающих предприятий, приближенных к населению.
Транспорт — источник повышенной опасности. Поэтому для обеспечения безопасности движения организуется специализированный контроль.
Специфика организации и деятельности предприятий транспортно-дорожного комплекса требует наличия особых нормативных правовых актов (уставов, кодексов, правил). В настоящее время действует, например, Устав железнодорожного транспорта, Воздушный кодекс РФ, Кодекс торгового мореплавания, Кодекс внутреннего водного транспорта РФ. Определенные группы работников транспорта, главным образом связанные с обслуживанием движения и пассажиров, несут повышенную дисциплинарную ответственность на основании этих и других нормативных правовых актов, действующих на соответствующих видах транспорта.
Особенностью транспортно-дорожного комплекса является и то, что масштаб приватизации в транспортно-дорожной сфере ограничен; это объясняется необходимостью сохранить государственное управление стратегически важными объектами. Речь, в частности, идет об атомном флоте, средствах управления воздушным движением и взлетно-посадочных полосах аэродромов, о водных путях, автомобильных и железных дорогах, пассажирском городском транспорте.
Органы исполнительной власти субъектов Федерации организуют транспортное обслуживание населения, контролируют его состояние, обеспечивают развитие на своей территории сети автомобильных дорог общего пользования.
В соответствии с Указами Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 г. N 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" и от 20 мая 2004 г. N 649 "Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти" Правительство Российской Федерации Постановлением от 11.06.2004 N 274 "Вопросы Министерства транспорта Российской Федерации" установило следующее.
Министерство транспорта Российской Федерации является федеральным органом исполнительной власти в области транспорта, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере гражданской авиации, использования воздушного пространства и аэронавигационного обслуживания пользователей воздушного пространства Российской Федерации, авиационно-космического поиска и спасания, морского (включая морские порты, кроме портов рыбопромысловых колхозов), внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного, городского электрического (включая метрополитен) и промышленного транспорта, дорожного хозяйства, а также обеспечения транспортной безопасности.
Министерство транспорта Российской Федерации осуществляет координацию и контроль деятельности подведомственных ему Федеральной аэронавигационной службы, Федеральной службы по надзору в сфере транспорта, Федерального агентства воздушного транспорта, Федерального дорожного агентства, Федерального агентства железнодорожного транспорта и Федерального агентства морского и речного транспорта.
Министерство транспорта Российской Федерации является компетентным органом по реализации на территории Российской Федерации международных договоров Российской Федерации по вопросам, отнесенным к компетенции упраздненных Министерства транспорта Российской Федерации и Министерства путей сообщения Российской Федерации.