Онтологiя є вченням про буття, стосовно науки – її можна розумiти по-рiзному. Це, по-перше, онтологiя самої науки як виду дiяльностi, системи знання й суспiльних iнститутiв. Тобто тут наука сама є об'єктом одного з роздiлiв знання. По-друге, це онтологiї на основi тих чи iнших наук. Щодо онтологiї в першому розумiннi, то її предметом буде буття наукового знання й дiяльностi (науковi суспiльнi iнститути тут розглядати не будемо).
Знання є надбанням свiдомостi, складає її змiст. Дiяльнiсть до створення знання є також надбанням свiдомостi й повнiстю визначається нею. Тобто буття науки є частиною буття свiдомостi, одним з її феноменiв. Через це дану онтологiю слiд розглядати в рамках феноменологiї, напрямку сучасної фiлософiї, присвяченого феноменам свiдомостi. Однiєю з методологiчних засад феноменологiї є те, що ми нiколи й нiяк не можемо вийти за межi нашої свiдомостi. Що б ми не робили, ми завжди залишаємося в цих межах. Тобто проблема зовнiшнього, проблема об'єктивностi вiдпадає, оскiльки об'єктивне, також знаходячись у межах свiдомостi, є тiльки рiзновидом суб'єктивного. Засновник феноменологiї, Е. Гуссерль, визначав феноменологiю як абсолютно рацiональну фiлософiю, покликану вiдновити пiдупалу рацiональнiсть захiдного мислення. Якщо в такiй справi неможливо опертися на емпiричний досвiд, то залишається тiльки шукати те, що вiд такого досвiду не залежить. Це так зване ейдоси, чи перводаностi, тобто елементи, що є самi по собi, самоочевиднi, не зводяться нi до чого iншого, не залежать нi вiд чого, є одночасно матерiальними й iдеальними, об'єктивними й суб'єктивними тощо. Прикладами ейдосiв можуть служити категорiї числа, форми, кольоровостi, частини й цiлого, причинностi, трансцендентного Я тощо. Тобто, ейдоси є тим, що робить можливими феномени свiдомостi, якi уособлюють собою внутрiшнiй (й одночасно зовнiшнiй) унiверсум. Тобто в даному значеннi онтологiя буде вченням про буття категорiй та їх систем у науцi. Так, якщо ми вiзьмемо категорiю буття, то буття можна визначити як те, що є саме по собi, незалежно нi вiд чого iншого. Єдине у неоплатоникiв, яке дещо вульгаризовано можна визначити як весь унiверсум у просторi й часi в цiлому. Все, що вiдбувається, всi феномени свiдомостi мають мiсце лише вiдносно цього єдиного, а не самi по собi. Розглядати їх окремо вiд цiлого є помилковим.
Уперше в iсторiї європейської думки ця iдея була висловлена Парменiдом, який казав про свiт вiчного, доконаного, незмiнного, iстинного буття та про свiт гадки, що є мiнливим i неiстинним. Звiдси один крок до принципiв збереження. Тобто, якщо вiдбуваються якi-небудь видимi змiни, то це значить, що десь у iншому мiсцi вiдбуваються протилежнi змiни, покликанi скомпенсувати першi, оскiльки насправдi у свiтi iстинного, вiчного, доконаного буття нiчого не змiнюється. Ейдос буття породжує ейдос iнварiантностi, що є доповнювальним до мiнливостi. Якщо щось змiнюється, то одночасно щось має в ньому залишатися незмiнним, iнварiантним. Залишається тiльки знайти конкретну форму цього iнварiанта (форму принципу збереження енергiї, iмпульсу тощо). В європейську науку принципи збереження прийшли з середньовiчної схоластичної фiлософiї, згiдно з якою Бог створив свiт, i свiт є в цiлому незмiнним, усi змiни компенсуються протилежними змiнами.
Онтологiю науки в цьому, першому значеннi можна також розумiти як питання про те, чим є наука насправдi (зображенням i дiяльнiстю зі зображення зовнiшньої вiдносно дослiдника (психофiзичного Я) дiйсностi, моделлю й моделюванням такої дiйсностi, чимось sui generis тощо), про її онтологiчний статус. У другому значеннi онтологiя – це доповнення, наслiдок науки. Тобто є, наприклад, формальна наукова теорiя. Вона щось каже про зовнiшню дiйснiсть. Але що саме, ще не ясно, тобто його ще потрiбно вiднайти.
Виникає тлумачення, що доповнює теорiю, роблячи її зрозумiлою. Це тлумачення i є онтологiєю даної теорiї. Онтологiя теорiї є також сукупнiстю всiх наслiдкiв i граничних випадкiв теорiї. Тобто онтологiя – це широка картина дiйсностi, що випливає з даної теорiї. Наприклад, говорять про ньютонiвський, ейнштейнiвський, фрiдманiвський Всесвiт, про Всесвiт християнства чи буддизму. Все це будуть вiдповiднi онтологiї, тобто широкi панорами, побудованi на основi вiдповiдних теорiй чи вчень.
+++Ключовою категорією онтології в цьому значенні виступає наукова картина світу. Згідно загальноприйнятим визначенням зміст цієї категорії становить система загальних науково-теоретичних принципів і постулатів про фундаментальні закони будови і розвитку об'єктивної реальності, що еволюціонує в міру розвитку науки В силу специфіки предмета і методології окремих областей наукового знання, про що вже говорилося вище, загально наукова картина світу являє собою сукупність приватно-наукових картин світу, що знаходяться в процесі самоузгодження.
Онтологiю в другому значеннi не слiд плутати з метафiзикою (вченням про те, що виходить за межi фiзики, тобто за межi пiзнання в звичайному розумiннi). Онтологiя науки завжди невiдривно прив'язана до самої науки, випливає з формальної теорiї. Метафiзика ж не спирається на жодну з наук, а є сама наукою всiх наук. Позитивiсти завжди намагалися елiмiнувати будь-яку метафiзику з науки. Однак зробити це повнiстю є неможливим, оскiльки будь-яка наука починається з явних чи неявних постулатiв та аксiом, що не пiдлягають звичайним процедурам перевiрки, прийнятим у науцi. Вони i є тiєю метафiзикою, що закладає основи самої науки, виступаючи по вiдношенню до неї свого роду «наукою наук». Метафiзика як окрема наука може бути наукою про такi засади або теорiєю пiзнання, як це обґрунтував у своїй «Критицi чистого розуму» I. Кант. Така метафiзика багато в чому пересiкається чи навiть спiвпадає з онтологiєю в першому значеннi цього слова. Рiзниця полягає в основному в методах.
+++Попри всю різноманітність метафізичних та онтологічних концепцій існують два комплементарні (взаємодоповнюючі) принципи, взаємодія між якими визначає загальнонаукову картину світу на будь-якому історичному етапі її розвитку.
Відповідно до першого - «принципа Коперника» - атрибути дійсності та закони природи, що їх відображають, універсальні і повсюди діють однаково, а значить, чисто статистично, є ненульова ймовірність, що, крім Сонця і Землі, у Всесвіті існують інші системи з ідентичними умовами, де біологічне життя не могла не зародитися. До останнього висновку вперше дійшов Джордано Бруно, творчо узагальнивши ідеї геліоцентричної системи Коперника і пантеїстичну філософську систему Миколи Кузанського. Цей принцип є базовим для методології наукового пізнання, його дотримання є невід'ємним атрибутом наукового знання.
Другий, антропний принцип, сформульований одночасно американськими астрофізиками Робертом Діком [Dicke R., 1961] і Брендоном Картером [Картер Б., 1978] і радянським астрономом Григорієм Ідліс [1958]. Заснований на наступному спостереженні.
Можливість появи людини у Всесвіті обумовлена низкою фундаментальних констант і параметрів, що характеризують її - c (швидкість світла), e (заряд електрона), h (постійна Планка), H (постійна Хаббла), γ (гравітаційна стала), та ін., аж до середньорічної температури на Землі, особливостей нервової системи приматів. Відхилення кожної постійної навіть на 0,01 своєї величини зробило б появу розуму і його носія - людини неможливим, принаймні, в його нинішній формі. Іншими словами, об'єктивна реальність влаштована саме так, як це необхідно для виникнення людини.
Антропний принцип формулюється нині в різних варіантах, число яких досягає декількох десятків. Все ж таки більшість з них можна звести до двох - сильному і слабкому антропному принципу.
Слабкий антропний принцип найбільш точно висловив Стівен Хокінг: «У Всесвіті, який великий або нескінченний, умови для розвитку розумного життя виникнуть тільки в певних районах, обмежених у часі та просторі. Тому розумні істоти в цих районах не повинні дивуватися, що в їх частини Всесвіту умови якраз ті, які необхідні для їх існування». Іншими словами, пристрій Всесвіту допускає зародження в ній біологічного життя і поява істоти, наділеної розумом, - людини.
Відповідно до так званого сильного антропного принципу реальність повинна мати властивості, що дозволяють розвинутися розумного життя; не тільки універсальні константи відомі наперед, але і розвиток усвідомлюючого себе розуму у Всесвіті неминуче.