З включенням гетьманської України й ханського Криму до складу Російської імперії мусульмани Криму, а також окремі мусульмани, котрі оселялися на наших землях протягом XIX ст., були поставлені на межу етнічного виживання. Перед ними постала загроза національної асиміляції та примусової християнізації. Зазнаючи поразок у борні з Російською імперією, Туреччина за Кучук-Канарджийським договором від 10 червня 1774 р. визнала незалежність (від себе) Кримського ханату. Росія визнала ж тільки духовну владу султана над кримськими татарами як халіфа усіх мусульман. Однак і цей релігійний зв'язок обірвано 8 квітня 1783 р., коли з фіктивною самостійністю ханату було покінчено і приєднано його до Росії. Кримську державу, старішу від Московської, також ліквідували. З цього моменту почалися систематичні утиски ісламу і мусульман, що поступово послабило позиції "релігії Пророка" в Криму. З падінням ханату було знищено державну структуру з її теократичною владою. Мусульмани Криму почали вимушено покидати свою історичну Батьківщину і їхати до Туреччини та інших країн світу. Пік еміграції до Туреччини припав на 1860—1862 роки. З 1783 до 1917 р. з Криму емігрувало майже 4 млн. мусульманського населення.
З початку XIX ст. з Криму виселили вглиб Росії багатьох мулл та імамів, яких забирали саме за те, що вони мали авторитет серед віруючих. Тим, кого було вислано, назавжди заборонялося повертатися — вздовж кордону Криму розставили спеціальні вартові пости. За всіма хаджі у Криму встановили відкритий нагляд. Паспорт на виїзд у хадж можна було отримати лише з дозволу новоросійського генерал-губернатора або губернатора таврійського.
З 1836 р. посісти духовну посаду міг лише той мулла, котрий відзначався "надійністю, вірністю та доброю поведінкою". Тим, хто бував у Туреччині, взагалі заборонялось обіймати будь-яку духовну посаду. Татарин, який вчився за кордоном, не міг стати муллою. Та навіть навчання в прогресивних, європейськи орієнтованих медресе — Гелеєвському та Хусаїнівському так само перекривало шлях до духовної діяльності. Муфтія обирали всі татари, але лише з трьох кандидатів, затверджених губернатором. У 1876 р. міністр внутрішніх справ остаточно заборонив видавати паспорти для здійснення хаджу. У 1890 р. проведено остаточне відчуження вакуфних земель, які давали кошти на релігійні потреби мусульманських громад (вакф — майно, надане державою для матеріального забезпечення мусульманської громади).
До початку панування Російської імперії тут в кожному селі, де діяла мечеть, функціонували й приходські школи — мектебе. Практично їх налічувалося більше як півтори тисячі. В кожній школі навчалося 600 — 700 учнів. На 1890 р. залишилося лише 275 мектебе, при тому, що нових, світських шкіл відкрито не було, а гроші, зібрані серед віруючих на облаштування мусульманської гімназії, — вилучено. На кінець XIX ст. діючими лишилося 23 медресе — мусульманські школи середнього типу. Так втілювалася в життя лінія уряду Росії на те, що іслам є терпимою, але другорядною, небажаною релігією.
За часів панування Російської імперії провадилася послідовна політика знищення основ мусульманської цивілізації Криму. Зруйновано або перетворено на казарми більше як 900 мечетей. Невдовзі після подій в м.Карасу-Базар примусово скликали й вирізали чимало мусульманських вчених. У 1883 р. відбулося перше велике спалення старовинних кримсько-татарських книг (друге — у 1929 р.).
Незважаючи на систематичні утиски, мусульманська культура Криму жила далі й навіть оновлювалася. Зразком мусульманської культури XX ст. стала творчість Ісмаїл-бея Гаспрали (Ісмаїла Гаспринського). Його зусиллями в Криму творилася релігійно-культурна реформа, наслідком якої мало стати те, що тепер називають європейським ісламом. У 1881 р. Гагринський видає книгу "Російське мусульманство", а з 1883 р. — тижневик "Тарджіман" ("Перекладач"), в яких відстоює ідеї поєднання ісламу із світським життям на європейський кшталт.
Гаспринському належить утопія про створення десь в Європі високорозвиненої мусульманської країни, яка б поєднала духовні цінності ісламу з європейським гуманізмом. Його учнями та послідовниками зроблено спробу інтегрувати ідеї Ісмаїл-бея Гаспрали в цілісне культурологічне вчення — джидадизм. Послідовники його були розсіяні вимушеною еміграцією або переслідуваннями. Діяльність Ісмаїл-бея Гаспрали значною мірою сприяла збереженню національної гідності кримсько-татарського народу, послабляла історично зумовлену недовіру між цим народом та українцями.
Політика імперської влади в материковій частині України після ейфорії, викликаної перемогами над Кримом та Туреччиною, що відображалася в численних символах переможеного ісламу (згадаймо хоча б повалений мусульманський півмісяць під переможним хрестом на численних українських церквах або рельєфні зображення на чавунній підлозі Софійського собору в Києві), змінилася більш терпимим ставленням до "своїх" мусульман, традиційних громад Російської імперії.
Внаслідок економічної міграції протягом XIX ст. починається розселення в Україні представників народів, котрі традиційно сповідують іслам. На українських землях оселяються вихідці з волзьких ("казанських") татар. Чисельність переселенців вимірюється десятками тисяч. У промисловому поясі України — на сході та півдні формується своєрідна діаспора тюркомовних народів в Україні.
Після перемог "російського воїнства" на Кавказі з'являються на українських землях репатріанти з Кавказу. Найвідомішим серед них є, безумовно, славнозвісний імам Шаміль. Герой національного опору чеченського й дагестанського народів, він був суфійським учителем, належав до тарикату (братства) "Накшбандійя". В державі, яку він створив і яка короткий час існувала, Шаміль прагнув поєднати вимоги шаріату та місцевих традицій.
Ця багатонаціональна мусульманська держава — імамат, заснована на поєднанні духовної й світської влади в особі правителя — імама, проіснувала недовго, а Шаміля було вислано до Росії. З грудня 1896 р. він жив у Києві, зупинившись у будинку Масонової на Двірцевій площі на Печерську. Проживши тут до весни, імам Шаміль 12 травня 1870 р. відплив пароплавом з Одеси до Стамбула, маючи на меті здійснити хадж. Імам з глибокою симпатією ставився до українського народу, захоплювався громадянською позицією Тараса Шевченка.
Царський уряд дозволяв мусульманам мати свої мечеті (але в обмеженій кількості). Тому найчастіше мусульмани, крім мечетей, мали ще й молитовні будинки. Так, наприклад, на Донеччині на початок XX ст. функціонувало дві мечеті
— в М.Луганську та Макіївці, а в поселеннях — ще кілька молитовних будинків. У м. Києві татари жили на Подолі, Лук'янівці, у Святошині. На вул. Мирній стояв молитовний будинок. У 1910 р. заклали фундамент мечеті, якої так і не збудували. В Києві було дозволено мати 2 мусульманських кладовища. Мусульманські громади діяли в багатьох містах України — Катеринославі, Харкові, Запоріжжі, Миколаєві та в інших, за кордонами Російської імперії — у Львові та в ін.
