Таким чином, юридично український народ і його територія залишалися під управлінням польського уряду і короля. Це викликало обурення широких народних мас, криючи в собі неминучість нових повстань і воєн. До того ж татари по дорозі в Крим, маючи дозвіл короля, захопили у неволю десятки тисяч українців, палили села й міста.
І все ж Богдан Хмельницький, козацька старшина і козацтво, хоча й отримали замість повноправної держави своєрідну національно-територіальну автономію, вважали її фактично суверенною. На Зборівський договір вони дивилися як на тимчасову угоду і намагалися будувати нову державну організацію, а також розгорнули широку дипломатичну діяльність, спрямовану на зміцнення свого становища. У цій дипломатичній боротьбі Україна виступала як суб´єкт міжнародного права.
Будівництво нової козацької держави вимагало перш за все проведення адміністративного поділу території і формування центральної та місцевої адміністрації. Було визначено окремі округи — полки, на чолі яких стояли полковники, що одночасно були військовими керівниками і головами адміністрації полку (округу). Полки ділилися на сотні, в яких сотник виконував такі самі функції, як і полковник у своєму полку. Всю козацьку територію (три воєводства) було поділено на 16 полків: Чигиринський, Черкаський, Канівський та інші на правому березі Дніпра та Переяславський, Кропив´янський, Полтавський та інші на лівому березі. Згодом територія була переділена, і кількість полків збільшено. Всі урядовці як центральної управи (генеральні старшини) — писар, обозний, хорунжий і осавул, так і полкової та сотенної поряд з суто військовими обов´язками виконували функції цивільних чиновників та адміністраторів у фінансовій, судовій та інших сферах, Козацька держава мала військову організацію і структуру. Навіть назва — Військо Запорозьке — на довгий час стало офіційною назвою української козацької держави. Такий військовий адміністративно-політичний лад диктувався умовами війни і традиціями запорозького козацтва.
За зразком Запорозької Січі була створена національна армія, яка складалася із реєстровців і загонів повстанців. «Реєстр» козаків нараховував 40 тис. чоловік. Це була її основна ударна сила. Командний склад обирався із найталановитіших організаторів. Іноді їх призначав гетьман.
Формувалась і нова соціальна структура. У 1648 р. вона значно оновилася. По-перше, більшість селян покозачилися, стали вільними і вже не виконували феодальних повинностей; по-друге, на чільне місце в житті суспільства виступило козацтво, чисельність якого різко зросла; по-третє, феодали втратили панівне становище, покинули свої маєтки або були знищені. До того ж землі польської та української шляхти, католицької церкви та державні (королівські) шляхом займанщини почали переходити до рук повсталих. Однак значна їх частина перейшла до Скарбу Війська Запорозького й ними розпоряджався гетьман. Було ліквідовано кріпосництво; історики підкреслюють, що розпочалося становлення державно-феодальної власності на землю, і селяни ставали не власниками, а володільцями (користувачами) землі.
Українська держава будувалася під керівництвом Богдана Хмельницького. Гетьман на початку 1649 р. сформував національну державну ідею і розробив принципи будівництва Української держави. При цьому він неодноразово підкреслював, що йому, як володарю України, належить право на політичну спадщину Київської Русі, на формування в її межах території України. На початку 1649 р. ця національно-державна ідея була значною мірою здійснена. На кінець 1652 р. процес формування етнічної української державності, її політичної та судової систем, території в основному завершився.
Досвід Запорозької Січі у справі політично-адміністративного керівництва державою розвивався і змінювався. Все рідше збиралася Генеральна (Чорна) рада. Все більше влада зосереджується в руках старшинської ради, до якої входили генеральні старшини, полковники та соратники гетьмана. Поряд з цим помітною була і тенденція до зміцнення особистої влади Богдана Хмельницького. Цьому сприяли складні умови, а також сприймання українським народом особи гетьмана як носія верховної ідеї національної державності та її керівника. Недарма в істориків виник термін, що стосується необмеженої влади Хмельницького — «гетьманське самодержавство».
