Роздавання королем Польщі земель України польським і спольщеннм панам і шляхті, посилення панщини, безправ'я селян і бідних міщан, дрібних ремісників зумовили масову втечу знедолених людей. Найрішучіші, найвідчайдушніші з них утворили специфічну категорію поселенців-колоністів — козаків. Вперше ця назва згадується наприкінці XIV ст. У половецькій мові слово «козак» означало вартовий, воїн, утурецькій — незалежна людина, волоцюга. Хоч до козаків приєднувалися люди різних національностей, однак більшість становили українці. Проникаючи щоразу далі на південь, вони у степах засновували укріплені табори — січі — з військовими залогами. Це були їх оборонні пункти. У XVI ст. прославився серед населення і козаків неспольщений православний князь Дмитро Вишневецький. Він організував козаків, побудувавши за Дніпровими порогами на о. Мала Хортиця 1553-1554 рр. форт, названий Запорізькою Січчю. З приводу різних причин Січ іноді переносилася в інші місця. Протягом свого 200-річного існування запорозькі козаки створили 8 січей: Хортинську, Базавлуцьку, Томаківську, Микитинську, Кам'янську, Нову, Олешківську, Чортомлицьку. Відмовляючись визнавати авторитет будь-якого правителя, запорожці здійснювали самоврядування згідно з тими звичаями і традиціями, які формувалися впродовж поколінь. Усі запорожці мали рівні права, їх відносини грунтувалися на засадах щирого братерства, взаємодопомоги. На ХVІ-ХVІІ ст. припадає найбільший розквіт Запорізької Січі. У військовому аспекті Січ поділялась на курені (максимально їх було 38), територіально — на паланки (5-8). Органами самоуправління, влади були:
1) військова рада за участю всіх козаків, що вирішувала найважливіші питання. Ради скликалися за потреби, а обов'язково — 1 січня і 1 жовтня. Скликалися також ради у куренях і паланках;
2) військові начальники — кошовий отаман, військовий суддя, писар, обозний, курінні отамани;
3) військові службовці — булавничий, хорунжий, бунчужний, довбиш, шафар, канцеляристи;
4) похідні та паланкові начальники — полковники, писарі, осавули.
Вся військова старшина обиралася військовою радою на рік. Найвищу владу після військової ради мав кошовий отаман — військову, адміністративну, судову. Він був підзвітний військовій раді. Другою особою після отамана вважався військовий суддя, який окрім суддівських функцій, заступав кошового отамана, був начальником артилерії. Військовий осавул наглядав за дотриманням козаками порядку і дисципліни, стежив за виконанням судових рішень ради та отамана, проводив дізнання за вчинені правопорушення тощо. Курені були адміністративними і військовими одиницями. Очолювали їх виборні та підзвітні раді курінні отамани. Були на вічі й інші, менш значні посади — пушкар, товмач тощо. Пушкар відав січовим арсеналом зброї, а також в'язницею, розміщеною у пушкарні. Товмач, крім того, що знав мови й був перекладачем, займався «секретними» справами — розвідкою і контррозвідкою. Вони мали свій «штат» допоміжних працівників — козаків. Похідну старшину становили полковники, осавул, писар, які у воєнний час організовували охорону передових рубежів Січі. Похідний полковник був командиром певної передової частини війська. Паланкову старшину становили полковники, осавули, писарі, їх влада поширювалася на відповідні паланкн, тобто на козаків, які проживали за межами Січі, у паланках. Організація козацького самоврядування Запорізької Січі дає підстави стверджувати, що тут відроджувалася втрачена українська державність. Водночас з правовими нормами, які діяли в усій Україні, найважливіше значення мало звичаєве право козаків — сукупність правових звичаїв, що утверджувалися у сфері козацьких суспільних відносин. Система цього права закріплювала військово-адміністративну організацію козацтва, діяльність судових органів, порядок землекористування, договірних відносин, систему правопорушень і покарань за них. Писаних законів у Січі не було, але звичаї були суворі, хоч і справедливі. За зраду козацтва, покинення побратима в бою чи в біді, боягузтство на полі бою, крадіжку, вбивство тощо загрожувала смертна кара: стинали голову, розстрілювали. За менші провини карали киями або виганяли з Січі. В умовах постійної боротьби проти іноземних загарбників за визволення українського народу від соціального і національного гніту в Запорізькій Січі сформувалася військова сила українського народу і специфічний суспільно-політичний лад, що ґрунтувався на засадах військової демократії. Запорізька Січ відіграла виняткову роль у захисті України від татарських нападів. Зміцнившись, козаки почали, у свою чергу, здійснювати регулярні походи у Крим, Туреччину, навіть на Стамбул, сіючи серед татар і турків паніку, визволяючи тисячі невільників з татарсько-турецької неволі. Особливо активно боролися запорожці з «бісурманами» наприкінці XVI — у XVII ст., зокрема під проводом гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного. Походи козаків широко рознесли славу Січі по всій Європі. На Запоріжжя почали приїзджати різноманітні іноземні посольства. Європейські країни, які боролися з турками, прагнули союзу з козаками. Загони запорожців воювали у Молдавії, Польщі, Семигородді, навіть Франції, брали найактивнішу участь у численних повстаннях українського народу проти іноземного поневолення, зокрема під проводом К. Косинського, Т. Трясила, С. Наливайка, Г. Лободи та ін. Крім запорозьких козаків, були ще реєстрові. Вже 1572 р. король Сигізмунд Август санкціонував утворення загону оплачуваних козаків. Спочатку їх було 300, згодом їх кількість зросла до 6-8 тис. Існували так звані реєстри, в які влада записувала реєстрових козаків. Вони входили до складу польського прикордонного війська. Командували ними, як правило, польські офіцери, шляхтичі. Реєстрові козаки мали низку привілеїв — вони виходили з-під юрисдикції панів і шляхти чи старост на королівських землях; звільнялися від сплати податків; мали право купувати землю, вільно займатися промислом і торгівлею; судилися своїми судами. Але вони були українцями і в часи повстань проти пансько-шляхетського гніту часто переходили на бік повстанців. Так було і під час визвольної війни під проводом Б. Хмельницького.