Найгіршим, як виявилося згодом, було те, що цей псевдодоговір російська історіографія почала подавати як основний офіційний текст Переяславської угоди ще з 1654 р., він навіть був включений до «Полного собрания законов Российской империи». На нього почала покликатися російська влада, дедалі більше обмежуючи автономію України.
В цих нових «Переяславських статтях» містилася низка положень, які суттєво обмежували правовий статус України. Так, обирати і знімати гетьмана можна було тільки з дозволу царя. Він з усім населенням України мав перебувати у вічному підданстві московського царя та його наступників. Гетьман не мав права мати з іншими країнами дипломатичних стосунків, звільняти і призначати полковників; козаки мали покинути Білорусію, вирушати в походи тільки з дозволу царя. Російські воєводи і гарнізони мали стояти у Києві, Ніжині, Переяславі, Брацлаві та Умані. Київський митрополит мав визнати зверхність Московського Патріарха.
Після цього царський уряд послав російське і українське війська на Правобережну Україну, але вони були розбиті поляками й татарами на Волині і відкинуті назад на Лівобережжя. Поляки теж запропонували Ю. Хмельницькому підписати угоду. Було укладено Слободищенський трактат (1660 р.), в основу якого покладено Гадяцьку угоду. Україна фактично розпалася на дві частини: Лівобережжя орієнтувалося на Москву, Правобережжя — на Польщу. Справа дійшла і до виборів двох гетьманів. У 1663 р., коли Ю. Хмельницький знову зрікся гетьманства і постригся у ченці, гетьманом Лівобережної України обрано І. Брюховецького — вірного прислужника Москви, а Правобережжя — П. Тетерю, який став прислужником Польщі. В історії України почався період так званої руїни.
У січні 1666 р. гетьманом Правобережжя було обрано П. Дорошенка, який намагався об'єднати обидві частини України, відновити самостійну Українську державу, звільнившись від залежності щодо Москви і Польщі. Він на цьому шляху обрав іншого союзника — Туреччину.
Тривала війна між Польщею та Росією за Україну закінчилася укладенням між ними 13 січня 1667 р. в місті Андрусові біля Смоленська так званого Андрусівського миру строком на 13 років. За цим миром Лівобережна Україна залишалася за Москвою, Правобережна — за Польщею. Київ на 2 роки передано Росії, Запорізька Січ залишалася під спільним російсько-польським контролем.
Безчинства, грабунки турків і їхніх союзників — татар відвернули від П. Дорошенка народ. Його скинули з гетьманства і відправили у Москву, щоб вислужитися перед царем. Гетьманом обрали І. Самойловича (1776 р.), який на той час вже був гетьманом Лівобережної
України, а тепер став гетьманом всієї України. Саме під час його гетьманування Українська православна церква в 1685 р. була підпорядкована Московському Патріархату.
Польща і Росія 1686 р. підписали так званий «Вічний мир». Окремий мир підписано між Росією і Туреччиною. 25 липня над річкою Коломак була скликана козацька рада. Вона обрала новим гетьманом Лівобережної України Івана Мазепу-Калединського, гетьманство якого тривало понад 20 років. Вступаючи на гетьманство, І. Мазепа підписав так звані Коломацькі статті, які налічували 22 пункти. Гетьману, якого на посаді затверджував цар, заборонялося порушувати «Вічний мир» з Польщею, торгувати з Кримом, «самовільно», тобто без дозволу московської влади, призначати і звільняти генеральну старшину, полковників, підтримувати стосунки із зарубіжними країнами. У гетьманській столиці — Батурині мав стояти російський стрілецький полк. Пункт 19 без усяких застережень проголошував Україну невід'ємною частиною Московської держави. Водночас за козаками закріплено певні привілеї: їх і надалі звільнено від усіх податків і натуральних повинностей, закріплено за ними право володіння своїми грунтами, сіножатями, лісами, млинами тощо; підтверджувалися права київських і ніжинських міщан, записані у попередніх договорах.
У 1706 р. за указом царя козацьке військо перейшло під командування Москви. Цар зобов'язав козаків брати участь в усіх війнах, які він вів. У 1696 р. після довгої облоги Петро І здобув місто-фортецю Азов над Доном. Росія, крім того, розпочала Північну війну зі Швецією, намагаючись пробитись до Балтійського моря, і гетьман був змушений щорічно направляти туди козацькі загони.
І. Мазепа вирішив розпочати переговори зі шведським королем Карлом XII, оскільки шведи вже зайняли значну частину Польщі і готувалися до походу на Москву. Мазепа за підтримки генеральної старшини і більшості полковників уклав із Карлом XII угоду, що Україна «зобох сторін Дніпра з Військом Запорізьким і народом має бути вічними часами вільна від усякого чужого володіння». Угода також гарантувала невтручання будь-якої держави у внутрішні справи України і недоторканність її кордонів. Восени 1708 р. Карл XII з військом вступив на Лівобережну Україну. Мазепа з генеральною старшиною та кількома тисячами козаків (3-5 тис.) приєднався до нього. До Мазепи пристав кошовий Кость Гордієнко із запорожцями. Дізнавшись про це, цар наказав О. Меншикову знищити гетьманську столицю м. Батурин і Запорізьку Січ. Вирішальна битва між російськими і шведськими військами відбулась 27 червня 1709 р. під Полтавою. Шведи зазнали поразки. Не маючи змоги пробитися на північ, рештки шведського війська з Карлом XII та козацького з Мазепою втекли у Молдову під протекторат турецького султана. 21 вересня у м. Бендери І. Мазепа помер (у віці 70 років).
Після смерті І. Мазепи на козацькій раді у Бендерах 5 квітня 1710 р. гетьманом України у вигнанні було обрано Пилипа Орлика, який до цього був генеральним писарем. Він підготував проект конституції Української держави, яка була затверджена на тій же раді під назвою «Пакти і Конституції законів та вольностей Війська Запорозького». Це була перша писана конституція у світі, але, на жаль, у дію вона не вступила, бо не стало Української держави.
Ще у 1708 р., після переходу І. Мазепи на бік шведів, гетьманом Лівобережної України було обрано Івана Скоропадського. Повноваження гетьмана були ще більше обмежені, в Україні для нагляду за гетьманом і генеральною старшиною утворено посаду царського резидента. Ним був призначений стольник Ізмайлов. Після смерті І. Скоропадського, у 1722 р. російський цар взагалі заборонив вибори нового гетьмана. Гетьманство було поновлене після смерті Петра І (1725 р.). Гетьманом було обрано Данила Апостола, який звернувся до царського уряду з проханням затвердити «гетьманські статті». У відповідь на це він отримав з Москви «Решительные статьи». Вони мали форму наказу і містили низку подальших обмежень української автономії. Після смерті Д. Апостола гетьманство знову ліквідовується. В 1747 р. цариця Єлизавета Петрівна відновила його для свого фаворита Кирила Розумовського, але 1763 р. наступна цариця — Катерина II — остаточно ліквідувала гетьманство, позбавивши Україну решток автономії і перетворивши її на адміністративну одиницю «єдиної і неподільної» Російської імперії.
Російсько-турецька війна, розпочата Туреччиною 1768 р., закінчилася Кючук-Кайнарджийським мирним договором 1774 р., за яким землі між Дніпром і Бугом, а також м. Керч і фортеці у Криму були звільнені з-під влади Туреччини. Крим проголошувався незалежним, а 1783 р. його приєднали до Росії. Внаслідок нової війни з Туреччиною за Ясським
мирним договором 1791 р. до складу Росії відійшли землі між Південним Бугом і Дністром. Так більша частина ще й степової України ввійшла до складу Російської держави.
Важливу роль у визвольній боротьбі відіграли козацькі полки, що створювалися на Правобережній Україні. Але у 1699 р. польський сейм прийняв ухвалу про ліквідацію на Правобережжі козацького війська — як реєстрового, так й іншого. Це, а також колонізаторська політика Польщі на Правобережжі викликали у 1702 р. повстання під проводом козацького полковника Семена Палія, який домагався прилучення Правобережжя до Росії.
Магнатсько-шляхетська анархія, антифеодальні виступи народних мас значно послабили колишню могутність шляхетської Польщі. Скориставшись цим, Австрія, Пруссія та Росія здійснили три поділи Польщі (1772, 1793, 1795 рр.). Після другого поділу, у зв'язку з підписанням конвенції між Росією і Пруссією 12 січня 1793 р., до Росії відійшли Правобережна Україна і частина Західної Білорусі. Генерал-аншеф М. Кречетников за дорученням імператриці Катерини II оприлюднив маніфест «Про приєднання польських областей до Росії». У ньому зазначалося, що населення Правобережної України повинне впродовж місяця урочисто присягнути на вірність царській владі. Якщо ж хтось не хотів дати присягу, йому дозволяли продати нерухомість і протягом 3 місяців виїхати за кордон. Після закінчення цього терміну маєток конфісковували. Польський сейм 11 липня 1793 р. за присутності у Польщі російських військ був змушений затвердити договір про входження цих земель до складу Росії.
