К концу 30-х годов стало очевидно, что, встав на путь умиротворения, ведущие страны Запада распространили этот принцип на те страны, которые уже являлись потенциальными агрессорами. Высшим воплощением этого недальновидного политического курса явились решения Мюнхенской конференции, созванной в Мюнхене 29 сентября 1938 года и подписанное 30 сентября того же года премьер-министром Великобритании Невиллом Чемберленом, премьер-министром Франции Эдуаром Даладье, рейхсканцлером Германии Адольфом Гитлером и премьер-министром Италии Бенито Муссолини. Соглашение касалось передачи Чехословакией Германии Судетской области. Примечательно, что мнения самой Чехословакии никто не спрашивал. Более того, ее представитель даже не был приглашен на конференцию.
Это соглашение, с помощью которого Франция и Англия пытались разрешить противоречия созданной ими же международной системы за счет других стран, по сути дела представляло собой акт предательства национальных интересов Чехословакии, нарушение обязанностей, принятых в свое время этими странами по отношению к ним. Хотя Чемберлен и Даладье были наречены «миротворцами», последующие события показали преступную недальновидность творцов Мюнхенского соглашения.
К лету 1939 г. противоречия между западными демократическими странами и странами фашистского блока достигли наивысшей точки. Невзирая на полученные Францией и Германией гарантии безопасности малых стран, уже в марте этого года Германия бесцеремонно захватила и расчленила Чехословакию. Вскоре она предъявила Польше ультимативные требования о передаче Германии Данцига и путей через так называемый «польский коридор». Возник «польский кризис». Мир вплотную придвинулся к военной катастрофе.В такой обстановке начались переговоры Англии, Франции и СССР о путях преодоления кризиса и предотвращения надвигающейся войны. Но в тот период в силу сложного переплетения противоречий и недальновидной позиции руководителей стран, противостоящих экспансионистской политике нацистов, переговоры не привели к положительным результатам. В итоге советское руководство пошло на переговоры с нацистской Германией, результатом которых стало заключение советско-германского договора о ненападении, а также секретного протокола о разграничении сфер влияния в Восточной Европе.
Оккупация Чехословакиистала логическим завершением процесса ликвидации независимости страны. Первым этапомэтого процесса сталааннексия Судетской области,осуществлённая с1 по 10 октября 1938 годав соответствии с Мюнхенским соглашением междуВеликобританией, Францией, Германией и Италией.
Воспользовавшисьчисленным и военным преимуществом, Германия аннексировала Судеты, на 90 % населённые немцами, которые, по выражению Эрнста Нольте, «укоренились во мнении, что они претерпели несправедливость со стороны чехов, а не стороны всеобщих исторических процессов» и старались отстоять «своё привилегированное положение», являясь по сути «остатками средневековой восточной германской колонизации». Словакия, в свою очередь, передала в состав Венгрии южные и восточные регионы страны, на 87 % населённые этническими венграми. Территория Чехословакии сократилась на 38 %, страна превратилась в узкое и длинное, легко уязвимое государство-обрубок, ставшее протекторатом Германии. Германские войска оказались в 30 км от Праги. Кроме того, 3 декабря 1938 года был заключён секретный договор с Чехословакией, согласно которому она не могла «держать укрепления и заграждения на границе с Германией». Участь оставшейся территории страны, таким образом, была предрешена.
14 марта 1939 года Гитлер вызвал чехословацкого президента Эмиля Гаху в Берлин и предложил ему принять германский протекторат. Гаха согласился на это, и германская армия вошла в страну практически без какого-либо сопротивления. Единственную попытку организованного вооруженного отпора предприняла рота капитана Карела Павлика в городе Мистек (так называемый бой за Чаянковы казармы).
15 марта 1939 года личным указом Гитлера Чехия и Моравия были объявлены протекторатом Германии. Главой исполнительной власти протектората был назначаемый фюреро м рейхспротектор. Первым рейхспротектором 21 марта 1939 года был назначен Константин фон Нейрат. Существовал также формальный пост президента протектората, который всё его существование занимал Эмиль Гаха. Личный состав отделов, аналогичных министерствам, был укомплектован должностными лицами из Германии. Евреи были изгнаны с государственной службы. Политические партии были запрещены, многие лидеры Коммунистической партии Чехословакии перебрались в Советский Союз.
Словакия во главе с авторитарным союзником Гитлера Йозефом Тисо стала независимым государством, Подкарпатская Русь была оккупирована Венгрией.
В эмиграции в Лондоне с началом Второй мировой войны Э.Бенеш создал правительство Чехословакии в изгнании, которое пользовалось поддержкой антигитлеровской коалиции (с 1941 г. к ней присоединились США и СССР). Существует теория продолжения существования чехословацкого государства, согласно которой все решения, принятые на территории страны после Мюнхена до 1945 г., были недействительными, а Бенеш, подавший вынужденно в отставку, всё это время сохранял президентские полномочия.
