Грузинская церковь всегда играла важную роль в жизни грузинского народа. Особое значение придавалось церкви в период тяжелых испытаний. Она служила не только моральным и духовным стимулом грузинского народа, но и была единственной силой, объединяющей разрозненную Грузию в единое государство.
Против женитьбы царя Георгия-Лаши на «женщине из Велисцихе» выступили вместе с дидебулами и духовные лица. Они добились того, что отняли у царя любимую женщину и вернули ее прежнему мужу. Этот факт свидетельствует о роли церкви в жизни общества.
После завоевания Грузии монголами католикос Николоз III добился от монгольского хана освобождения грузинской церкви от налогов. Именно поэтому начал аграрную реформу Басили Чкондидели-Уджармели, и стал ее жертвой. Церковное собрание, созванное по этому поводу в 1263 году, потребовало от царя незамедлительной отмены конфискации пожалованных церкви земель.
Исходя из тяжелого положения, сложившегося в стране, царь Деметре II старался установить мирные отношения с различными враждебными силами. Такая политика привела к тому, что он имел трех жен: дочь Трапезундского императора, дочь монгольского ноина и дочь Беки Джакели. Летописец сообщает, что этот факт настолько возмутил католикоса Николоза, что он отказался от своего сана и сам же рукоположил нового католикоса Абрахама. В этот же период в Грузию прибыл из Афонского Иверского монастыря монах Басили, который также резко осудил царя и дидебулов за их «непристойное» поведение. Большая заслуга в обращении (христианизации) лезгин-язычников принадлежит Гареджскому монаху Пимену Салосу.
Католикос-патриарх Абрахам I активно участвовал в переговорах между восставшим Давидом VIII и монгольским чиновником, присланным Газан-ханом.
Тенденцию к отделению от единой Грузии больше всех проявляли самцхийские атабаги. Они стремились и к церковному отделению. На рубеже XIV-XV веков по наущению и поощрению атабага Иване, епископы Ацкури, которые пользовались большим почетом и уважением, перестали упоминать в своих молитвах имя католикоса-патриарха Грузии. Энергичные меры, принятые царем Александром I (пленение Иване атабага, смещение непокорных эриставов Самцхе) пресекли это опасное начинание. Ацкурские епископы дали клятвенное обещание католикосу-патриарху, что впредь в своих молитвах будут упоминать и католикоса и царя Грузии, а также во всем будут повиноваться мцхетскому престолу. Как мы уже указывали, на Ферара-Флорентийском церковном собрании в 1438-1439 годах присутствовали и грузины (в то время католикосом-патриархом Грузии был Давид III). Среди них были митрополит Григол и манглел-тбилельский епископ Иоанн. Грузинское духовенство часто выполняло дипломатическую функцию, а зарубежные грузинские церкви и монастыри являлись «представительством» Грузии.
В 50-ых годах XV века Кваркваре атабаг вновь попытался отделить самцхийскую церковь. Он сам назначал епископов, захватил владения, принадлежащие католикосу и запретил упоминание царя и католикоса-патриарха в церквах Самцхе. В таких обстоятельствах медлить уже было нельзя и католикос-патриарх Давид IV принял радикальные меры. Он лично отправился в Самцхе и в Сапару, проклял отложившихся священнослужителей и отлучил их от церкви. Отлученные от церкви не могли исполнять богослужение и к тому же понесли тяжкое наказание – им отказано было в причащении. Отменить это наказание мог только католикос-патриарх. Виновные вынуждены были покаяться и поклясться в верности и послушании католикосу-патриарху.
Находившийся в Западной Грузии патриарх Антиохии и Иерусалима Микаэл рукоположил католикосом Абхазети (Западной Грузии) Цаиш-Бедийского епископа Иоакима. По существующему обычаю, католикоса Абхазии рукополагал мцхетский католикос-патриарх и католикос Абхазии подчинялся мцхетскому престолу. Но после этого эта иерархическая зависимость была отменена. Хотя, следует отметить, что католикосов Абхазии назначали имеретские цари, а не какие-либо другие патриархи. Резиденция абхазского католикоса находилась в Бичвинте.
Сепаратистские устремления отмечались и в Кахети. Это подтверждается тем, что книгу верности католикосу-патриарху Грузии давал Алавердский епископ.
