Одиночные гласные (или одногласные) в фонетике имеют название монофтонги. Латинские монофтонги a, e, i, o, u произносятся так, как и называются: arenosus [арэнзус] — песчаный, Rana [рна] — лягушка, Triticum [тртикум] — пшеница.
Буква y (ипсилон), заимствованная из греческого языка, произносится всегда как гласный i, в связи с чем во французском языке она получила название «игрек» (букв. «греческое и»): pterygoideus [птэригодэус] — крыловидный, symbiosis [симбизис] — симбиоз, zygota [зигта] — зигота.
Если гласный i находится перед гласными a, e, o, u и составляет с ними один слог, то он произносится как полугласный [й] с последующим гласным, сливаясь с ним в звуки, аналогичные русским [я], [е], [ё], [ю]: iaponicus [япникус] — японский, maialis [малис] — майский, Iuniperus [юнпэрус] — можжевельник.
В некоторых словах греческого происхождения буква i перед гласными – самостоятельный слог и сохраняет свое обычное произношение: Iodum [идум] — йод, geriater [геритэр] — врач-специалист по заболеваниям старческого возраста.
Поскольку гласный [и], сливаясь с последующим гласным, приобретает качественно иное звучание, в XVI в. в латинский алфавит была введена буква Jj — йот (йота) для замены буквы i перед гласным. Таким образом, слова iaponicus, maialis, Iuniperus можно также записать с буквой j ( japonicus, majalis, Juniperus). Замена буквы i на букву j не является строго обязательной. В медико-биологической латыни такая замена осуществляется, как правило, последовательно; в исторической и филологической латыни в этих случаях остается буква i.
Произношение сочетаний гласных
Сочетания двух гласных могут произноситься как один звук или слог. Обычно употребляется четыре таких сочетания: ae, oe, au, eu. Их условно называют дифтонгами.
Сочетание ae передается как [э]: Algae [льгэ] — водоросли, arteriae [артриэ] — артерии.
Сочетание oe передается звуком [э]: amoeba [амба] — амеба, Foeniculum [фэнкулюм] — фенхель, укроп аптечный.
Сочетание au передается одним слогом как [ав] или белорусское [аў]: auris [врис/ўрис] — ухо, caudalis [кавдлис/каўдлис] — хвостовой.
Сочетание eu передается как русское [эв] или белорусское [эў]: Eucalyptus [эвкалптус/эўкалптус] — эвкалипт, pleura [плвра/плўра] — плевра. Следует иметь в виду, что сочетание eu в конце слова перед согласными m и s не составляет дифтонга и делится на две части: calcaneus [калькнэус] — пяточный, peritoneum [пэритонум] — брюшина.
Иногда в биологических названиях встречается греческий дифтонг ei, который произносится как [эй]: Teichodectidae [тэйходэктдэ] — власоеды, seirosporae [сэйрспорэ] — сейроспоры.
В некоторых случаях сочетания ae или oe не составляют дифтонга, а каждый гласный следует произнести отдельно. Для этого над вторым гласным ставят двоеточие, знак долготы или краткости: aёr [эр] — воздух, uropoёticus [уропотикус] — мочеобразующий, Aloё [лёэ] – алоэ, erythropoēsis [эритропозис] — процесс образования эритроцитов, Aquila chrisaĕtos [квиля хризэтос] — беркут.
Произношение согласных
Буква c произносится как [ц] перед гласными e, i, y и дифтонгами ae, oe, eu, ei: cervix [црвикс] — шея, шейка, Picidae [пицдэ] — дятловые, zoocoenosis [зооцэнзис] — зооценоз. В остальных случаях [т. е. перед гласными a, e, u, дифтонгом au и согласными (кроме h ], буква c произносится как [к]: caulocarpus [кавлёкрпус)] — стеблеплодный, cranium [крниум] — череп, coracoclavicularis [коракоклявикулрис] — клювовидно-ключичный.
Буква g произносится всегда как [г]: genotypus [гэнтипус] — генотип, marginalis [маргинлис] — краевой, расположенный на краю.
Буква h произносится как белорусское или украинское [г] в словах гай, гурт и т. п.: homo [гмо] — человек, Hydrargyrum [гидрргирум] — ртуть. Не следует произносить эту букву как русское [г], хотя буква «г» и употребляется при транслитерации латинских слов, содержащих букву h.
Буква k употребляется в словах нелатинского происхождения, особенно в тех случаях, когда нужно передать звук [к] перед гласными e, i, y: Kalium [клиум] —калий, kurilensis [курилнзис] —курильский, oligokinesia [олигокинэза] — малоподвижность.
Буква l произносится мягко [ль] перед гласными и перед согласными: lambliosis [лямблизис] —лямблиоз, pulmo [пльмо] —легкое, tridactylus [тридктилюс] — трехпалый.
Буква q употребляется только в сочетаниях с гласным u и следующим после u гласным (a, e, i, o, u). Такие сочетания передаются как [кв] с последующим гласным: aqua [ква] — вода, liquidus [лквидус] — жидкий, Quercus [квркус] — дуб.
Буква s между гласными или рядом с согласными m или n произносится как [з], в остальных случаях как [с]: plasma [плзма] — плазма, Rosa [роза] — рза, Succisa pratensis [сукцза пратнзис] — сивец луговой.
Буква z встречается обычно в словах греческого происхождения и передаётся звуком [з]: Oryza [орза] — рис, trapezius [трапзиус] — трапециевидный. Исключение — слово Zincum [цнкум] — цинк.