Система органов прокуратуры — это возглавляемая Генеральным прокурором РФ единая совокупность федеральных органов и учреждений, выполняющая взаимосвязанные задачи и функции, построенная на единых принципах с учетом федеративно-государственного устройства и административно-территориального деления страны, а также с учетом приоритетных направлений надзорной деятельности или особенностей объекта надзора.
Создание и упразднение органов и учреждений прокуратуры, определение их статуса и компетенции осуществляются Генеральным прокурором РФ. Прокуроры субъектов Федерации и приравненные к ним прокуроры вносят соответствующие предложения Генеральному прокурору РФ, которые учитываются при принятии решений по организационным вопросам.
Закон содержит запрет на создание и деятельность на территории Российской Федерации органов прокуратуры, не входящих в единую систему прокуратуры РФ. Система прокуратуры Российской Федерации закреплена в статье 11 Закона о прокуратуре.
Прокуратура состоит из трех звеньев (уровней).
Высшим звеном является Генеральная прокуратура РФ.
К прокуратурам второго звена относятся прокуратуры субъектов Федерации, приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры (Волжская межрегиональная природоохранная прокуратура, прокуратура ЗАТО г. Межгорье и комплекса «Байконур», прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Федеральной пограничной службы ФСБ России, Московская городская военная прокуратура).
К прокуратурам третьего (низового) звена прокуратуры городов и районов, другие территориальные, военные и иные специализированные прокуратуры.
В некоторых из субъектов действуют межрайонные прокуратуры, осуществляющие свои полномочия на территории ряда районов. В г. Москве в соответствии с установленным административно-территориальным делением созданы муниципальные районы и административные округа.
С учетом специфики такого деления действуют межрайонные прокуратуры, выполняющие свои функции на территории ряда муниципальных районов, и прокуратуры административных округов. Приказом от 12 марта 2008 г. N 39 «Об организации деятельности прокуратур городов с районным делением им придан статус прокуратуры города с районным делением».
В структуру прокуратуры входят научные и образовательные учреждения, редакции печатных изданий, являющиеся юридическими лицами, Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации.