Территориальные органы прокуратуры РФ организуются в соответствии с административно-территориальным устройством Российской Федерации. Прокуроры субъектов Федерации назначаются на должность Генеральным прокурором РФ по согласованию с органами власти субъектов Федерации, определенными их конституциями (уставами) и освобождаются им от занимаемой должности без согласования (статья 13 Закона).
Прокуроры районного звена назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором РФ, подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору РФ.
Прокуратуры субъектов РФ имеют первых заместителей и заместителей. Устанавливаются должности старших помощников и помощников прокурора, старших прокуроров и прокуроров управлений и отделов. Прокуроры субъектов РФ и приравненные к ним прокуроры могут иметь помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений. В составе прокуратуры может быть образована коллегия.
В прокуратурах субъектов образуются управления и отделы (на правах управлений, в составе управлений). Начальники управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений - помощниками прокуроров субъектов Российской Федерации.
В прокуратурах городов и районов устанавливаются должности первого заместителя и заместителей прокуроров, начальников отделов, старших помощников и помощников прокуроров. По решению Генерального прокурора РФ в прокуратурах городов и районов и приравненных к ним прокуратурах могут быть образованы отделы.
Прокуроры субъектов могут издавать приказы, указания, распоряжения, обязательные для исполнения всеми подчиненными работниками.
Административно-территориальный принцип построения федеральных органов власти не всегда является эффективным. Существуют такие специфические сферы деятельности, которые имеют особую важность для жизнеобеспечения общества и государства. Так, например, нарушения в сфере экологии могут распространяться без учета территориальных границ государства, в связи с чем, территориальные прокуроры по объективным причинам не способны выполнить поставленные задачи по надзору в сфере охраны окружающей среды. Этим и обусловлена необходимость функционирования специализированных прокуратур (природоохранной, транспортной, военной). Функциональный тип построения прокуратур в отличие от линейного строится с учетом приоритетных направлений надзорной деятельности или особенностей объекта надзора.
Полномочия прокуроров вышеназванных прокуратур определены в Приказе от 7 мая 2008 г. N 84 «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур».
Организация специализированных прокуратур должна отвечать требованиям системного подхода. Все они являются элементами единой системы органов прокуратуры. Соответственно на каждую из них распространяются общие принципы организации и деятельности прокуратуры. Военная и транспортные прокуратуры, представляют собой целостные подсистемы единой системы прокуратуры. Природоохранные прокуратуры и прокуратуры по надзору за исполнением законов в исправительных учреждениях относятся к смешанным подсистемам, включающим деятельность территориальных прокуратур в сфере экологии и законности в исправительных учреждениях.
