Непасрэдна пад час таго, як вермахт акупіраваў тэрыторыю Беларусі, уводзілася ваеннае праўленне. Праз некаторы час, пасля аддалення фронту, улада павінна была быць перададзена цывільным органам улады. Адміністрацыйныя задачы арміі – гэта падтрыманне парадку і бяспекі дзеля гаспадарчага выкарыстання рэгіёну франтавымі і акупацыйнымі атрадамі. Кіраваў ваеннай адміністрацыяй камандуючы тылам групы армій «Цэнтр» генерал Макс фон Шэнкендорф. Пры яго штабе дзейнічаў галоўны камандзір СС і паліцыі Эрых фон Бах, які падпарадкоўваўся Гімлеру. Яму падначальваліся айнзацгрупы, галоўнай мэтай якіх былі вынішчэнне яўрэйскага насельніцтва, савецкіх і партыйных функцыянераў, а так сама ваеннапалонных.
Камандуючаму тылам Шэнкендорфу падпарадкоўвалася сетка тэрытарыяльных палявых камендатур, а ім – шматлікія мясцовыя камендатуры, якія ствараліся амаль ва ўсіх гарадах і райцэнтрах. Пры камендатурах дзейнічалі гаспадарчыя службы. Яны займаліся хаатычнымі рэквізіцыямі харчовых тавараў для вермахту, займаліся рабаўніцтвам культурных каштоўнасцяў Беларусі.
Але гэты ваенна-паліцыйскі нямецкі апарат не мог сам справіцца з усімі задачамі – таму пачынае стварацца дапаможны адміністрацыйна-паліцэйскі апарат з мясцовага насельніцтва. Так распачалася на Беларусі калабарацыя. Але найбольшую актыўнасць у стварэнні гэтых устаноў, асабліва на заходніх землях, праявілі польскія дзеячы, якія такім чынам імкнуліся ўзяць рэванш за 1939 г. Пад аховай нямецкай жандармерыі ў вёскі вярталіся былыя польскія землеўладальнікі, і там пачалі адбывацца скандальныя сцэны гвалту. У ваколіцах Ліды нават былі забітыя сярод беларускіх сялян.
17 ліпеня шэфам цывільнай нямецкай акупацыйнай улады на Беларусі быў прызначаны вядомы дзеяч нацыскай партыі Вільгельм Кубэ. Але рэальна ўлада цывільнаму апарату В.Кубэ была перададзена толькі 1 верасня 1941 г. і толькі на частцы тэрыторыі Беларусі.
Нямецкія ўлады ўвялі свой адміністрацыйны падзел Беларусі. Яна была аб’яўлена Генеральнай акругай у складзе рэйхскамісарыята «Остланд», але па меркаванню А.Розенберга – гэта была часовая з’ява. Кіраўнік «Остланду» Лёзэ так сама ацаніў гэта аб’яднанне як «вельмі шкоднае». Але гэта было толькі пачаткам. Не вызначаным канчаткова летам-восенню 1941 г. было пытанне аб межах Беларусі.
Беластоцкую вобласць Гітлер далучыў 12-22 ліпеня 1941 г. да Усходняй Прусіі. На гэтай тэрыторыі дзейнічалі нормы нямецкага права. Паўднёвыя раёны Брэсцкай, Гомельскай, Палескай і Пінскай абласцей былі далучаны да рэйхскамісарыята «Украіна». Туды ж адышлі гарады Брэст, Пінск, Мазыр, а таксама ўсе раёны, што знаходзіліся на поўдзень ад чыгункі Брэст-Гомель. Усё справаводства на гэтых тэрыторыях вялося на ўкраінскай і нямецкай мовах. Частка Вілейскай вобласці далучалася да Генеральнай акругі «Літва». Гэтыя страты Міністэрства А.Розенберга планавала кампенсаваць за кошт далучэння ў будучым тэрыторый на ўсходзе – Смаленскай і інш. абласцей. Але нават і гэтыя памеры Генеральнай акругі былі абмежаваныя – на тэрыторыі Віцебскай, Гомельскай, Магілёўскай абласцей і ўсходніх раёнаў Мінскай акупанты ўтварылі так званую вобласць армейскага тылу групы армій «Цэнтр», якая падпарадкоўвалася нямецкай ваеннай адміністрацыі.
Такім чынам, пад уладай генеральнага камісара В.Кубэ апынулася толькі Баранавіцкая, значная частка Вілейскай, заходнія і паўночныя раёны Мінскай вобласці, а таксама паўночныя раёны Пінскай вобласці (усяго 68 раёнаў з 192, што былі ў складзе БССР перад пачаткам вайны) – гэта не больш трэці даваеннай тэрыторыі Беларусі. Паводле звестак акупацыйных уладаў на 4 снежня 1941 г. тут пражывала 3 млн. 138 тыс. чалавек.
На працягу верасня 1941 г. на гэтай тэрыторыі быў створаны апарат акупацыйнай цывільнай улады, які замяніў вайсковае кіраўніцтва. Цывільнае кіраўніцтва мела тры ступені – найвышэйшай інстанцыяй быў генеральны камісарыят у Мінску, сярэдняя ступень – гэта галоўныя камісарыяты ў Мінску і Баранавічах, але яны не мелі вялікай ролі і ў сакавіку 1943 г. былі ліквідаваныя. Ніжэйшую прыступку займалі акруговыя камісарыяты (гебітскамісарыяты), усяго іх было
10 – Баранавіцкі, Барысаўскі, Вілейскі, Ганцавіцкі («Прыпяць»), Глыбоцкі, Лідскі, Мінскі, Навагрудскі, Слонімскі і Слуцкі. Горад Мінск знаходзіўся ў час нямецкай акупацыі на палажэнні асобнага камісарыята і падпарадкоўваўся толькі генеральнаму камісарыяту Беларусі. Апарат генеральнага і акружных камісарыятаў камплектаваўся выключна нямецкімі служачымі.
Разам з органамі нямецкага кіравання ў акругах ствараліся ўправы, у якіх працавалі прадстаўнікі мясцовай калабарацыі. Звычайна аддзелы ўправы дубліравалі назвы і функцыі нямецкіх аддзелаў акруговых камісарыятаў. Напрыклад, у складзе Мінскай гарадской управы былі створаны аддзелы прамысловасці, гаспадаркі, працы і аховы здароўя. Аднак, без санкцыі нямецкіх акупацыйных уладаў адміністрацыя ўправы не магла вырашаць нават самыя звычайныя пытанні гаспадарчага і грамадскага жыцця ў гарадах і іншых населеных пунктах адміністрацыйных акруг.
Адміністрацыя ў раёнах стваралася з ліку мясцовых калабарацыяністаў. На чале ўсёй раённай адміністрацыі стаяў бургамістр. Звычайна бургамістры прызначаліся з ліку беларускіх эмігрантаў.
На тэрыторыі сельсаветаў акупанты стварылі воласці, якія ўзначальвалі прызначаныя імі бургамістры. У вёсках акупацыйную ўладу прадстаўлялі старасты. Уся вертыкаль створанай сістэмы ўлады кантралявалася нямецкімі чыноўнікамі.
Трэба адзначыць, што генеральны камісар Беларусі Вільгельм Кубэ не валодаў паўнатой улады ў сваім рэгіёне. І гэта значна ўскладніла яго становішча. Так, усе паліцэйскія органы і ўстановы СС знаходзіліся ў выключным падпарадкаванні рэйхсфюрэра Гімлера; усе інстанцыі (зондэрфюрэры, ландвіртшафтсфюрэры), адказныя за эксплуатацыю акупіраваных усходніх абшараў рэальна былі пад непасрэдным кіраўніцтвам ведамства Герынга; самастойна дзейнічалі прадстаўнікі прапагандысцкага ведамства Геббельса; не падпарадкоўваліся генеральнаму камісарыяту пошта і чыгункі, а так сама ваенныя камендатуры. Гэтая сістэма паралельных органаў улады дзейнічала нескаардынавана, неэфектыўна, варожасць паміж кіраўнікамі ведамстваў адбівалася на дзейнасці мясцовых устаноў, і найбольш цярпела ад гэтага мірнае беларускае насельніцтва. Германскае кіраўніцтва спадзявалася на хуткую перамогу – таму вырашаць праблемы ў сістэме кіравання не спяшаліся.
