К середине XVII в. церковь являлась одной из немногих политических организаций общества, нарушающих принцип централизации. Поэтому очередным вопросом было подчинение церкви государству, светской власти.
Образование патриаршества в Москве в 1589 г. подняло авторитет и усилило политическую роль церкви в государстве. Резкое возвышение церкви произошло при патриархе Филарете (1619-1633): в церкви появился патриарший двор (по образцу царского), суд, административно-финансовые приказы. Филарет принял даже титул «великого государя». При Филарете — отце царя — все это возвышало светскую власть, помогало проводимой политике централизации государства. Но при других патриархах такое положение могло еще более укрепить политическое влияние церкви. Это особенно ярко проявилось во время патриаршества Никона (1652-1667), когда проблема взаимоотношений светской и церковной властей вылилась в серьезный политический конфликт.
Никон, будучи много старше Алексея Михайловича, имел большое влияние на молодого царя и первоначально сумел убедить его признать приоритет церкви над государством.
Став патриархом по желанию царя, Никон приобрел такую власть, какой до него не имел ни один церковный деятель ни при одном русском государе. Он сразу же повел наступление на законы, ущемляющие права и привилегии церковных организаций, выступил против создания Монастырского приказа, передающего в руки светской власти управление церковными землями, потребовал прекращения посадской реформы (ибо от нее, в первую очередь, страдали именно церковные землевладельцы) и ликвидации Сыскного приказа (производящего сыск беглых людей, многие из которых скрывались в монастырских вотчинах).
Свою деятельность патриарха Никон начал с церковной реформы («Память о поклонах и троеперстии» 14 марта 1653 г.), необходимость которой признавалась всеми политическими деятелями. Суть реформы — в унификации богословской системы (прежде всего в исправлении богослужебных книг) и формально-обрядовой практики: замена обычая креститься двумя пальцами «троеперстием»; введение троекратного произношения слова «аллилуия» вместо двукратного, а также движения вокруг аналоя не по солнцу («посолонь»), а против него; замена земных поклонов поясными и т.д. В 1654 г. на церковном соборе было принято постановление исправлять богослужебные книги по древним греческим (византийским) и славянским рукописям.
О необходимости преобразований говорили уже давно. Правда «Стоглавый» церковный собор 1551 г., занимаясь проблемами церковных обрядов, принял постановление об их незыблемости в православном варианте. Но к середине XVII в. произошли большие изменения: Россия более активно входила в систему международных отношений, и все более проявлялись «искажения» как по форме осуществления обрядов, так и по существу используемых текстов. Разночтения в богослужебных книгах, используемых в обрядовой практике, с их древнегреческими оригиналами были настолько явными, что уже в 40-е годы обсуждался вопрос об их «исправлении» по греческим оригиналам. Тогда же при патриархах Иоасафе I (1634-40) и Иосифе (1642-1652) началась эта трудоемкая работа.
Однако формальные в своей основе реформы Никона встретили решительное противодействие не только в среде русского духовенства, в большинстве своем неграмотного и консервативного, но и среди его недавних сторонников. Тогда Никон в 1656 г. собрал новый церковный собор, на котором предал проклятию всех противников проводимых преобразований, наиболее активные из которых (протопопы Неронов, Аввакум, Логгин, Даниил) были подвергнуты ссылке или заточению.
Решительные, а зачастую и грубые действия Никона вскоре привели к расколу русской православной церкви на сторонников преобразований и их противников (их стали называть «старообрядцами» или раскольниками). Одновременно возникал и конфликт Никона со светской властью.
Сразу же после своего избрания патриархом (посвящен 25 июля 1652 г.) Никон стал решительно вмешиваться в светские дела, требовать участия церкви в решении всех государственных вопросов. Он открыто заявлял, что патриарх по своему значению стоит выше царя. «Священство царства преболее есть», — говорил он. Никон демонстративно принял титул «великого государя» (наподобие Филарета). Патриарший двор он старался наполнить царской пышностью. Решительно вмешивался в государственные дела (особенно в период отсутствия царя в Москве во время военных походов 1654-1658 гг.). В приговорах Боярской думы в это время стала часто появляться формула: «Святейший патриарх указал и бояре приговорили».
Вначале это привело к личному конфликту между Алексеем Михайловичем и Никоном (в 1658 г. произошел открытый разрыв отношений между ними), но вскоре это противостояние переросло в крупную государственную проблему. Итогом стало так называемое «дело Никона». В 1660 г. царь с помощью собора русских епископов попытался оформить отстранение Никона от власти и избрать нового патриарха, но это ему удалось далеко не сразу.
Напряженная борьба между царем и патриархом продолжалась в течение более чем восьми лет и завершилась лишь после созыва в Москве «вселенского» церковного собора (из четырех зарубежных патриархов на собор прибыли двое: александрийский и антиохийский с полномочиями от константинопольского и иерусалимского). Дипломатическими действиями царь сумел добиться согласия восточных патриархов со своей позицией. Собор осудил действия Никона и лишил его (в декабре 1666 г.) патриаршего сана.
Новым патриархом был избран архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф II (1667-1672). Никон был сослан в Белоозерский край (Ферапонтов, затем Кирилло-Белоозерский монастырь), где провел 15 лет. В следующее царствование он был переведен в основанный им Воскресенский монастырь под Москвой, но умер (17 августа 1681 г.), не доехав до него.
Таким образом, попытка Никона поставить церковь над государством окончилась неудачей. Следующие патриархи уже не вмешивались в государственные дела. Это было большой победой светской власти и означало еще один крупный шаг в утверждении абсолютизма в стране. Еще ранее, в начале 50-х годов, правительство Алексея Михайловича запретило монастырям и архиерейским домам приобретать новые земли, что положило предел росту церковного землевладения.
Борьба официальной церкви со старыми обрядами привела к жестким репрессивным мерам по отношению к старообрядцам. Ответом стали их массовые протесты, в том числе и в виде самосожжений (с начала 70-х годов), а также в форме активного участия в широких народных движениях 60-70-х годов.
Среди идеологов старообрядцев выделялись протопоп Аввакум, Петр, Иван Неронов, Никита Пустосвят и др. Особенно яркой личностью был Аввакум. Именно его проповеди придали движению социальную окраску. Он проповедовал о том, что в Москве воцарился антихрист и что патриарх Никон и царь Алексей — «два его рога»: они пьют кровь честных людей (старообрядцев) и пьяны от нее. За свои проповеди Аввакум был арестован и заключен в тюрьму, но не сдался и продолжал свои призывы уходить из мира антихриста, не служить ему. В 1671 г. (после жестокого подавления движения под руководством Степана Разина, в котором приняли участие многие сторонники старообрядчества) начались самосожжения в Заволжье. Особенно эта форма протеста против политики властей распространилась при патриархе Иоакиме (1673-1690), начавшем решительную борьбу с расколом в русской церкви. В 1682 г. (14 апреля) был казнен (сожжен) Аввакум вместе со своими единомышленниками — Федором, Ивановым, Лазарем, Епифанием. Через несколько месяцев (6 июля) последовала казнь одного из наиболее талантливых последователей Аввакума — Никиты Пустосвята. Пострадали и многие другие старообрядцы.
При оценке раскола в русской церкви надо учитывать социальную «многослойность» этого явления в русской истории. Нельзя сводить старообрядчество к чисто социальному явлению, имеющему исключительно классовую основу. Социальные противоречия, недовольство народных трудовых масс существующими порядками, в том числе и церковными, разумеется, сыграли немалую роль в становлении старообрядчества. Но основные корни раскола все же религиозные. Среди сторонников старых обрядов оказались не только широкие слои крестьян и посадских людей, низшие слои служилых людей (стрельцов) и низшее духовенство, но и представители верхов общества — бояр (боярыни Феодосия Морозова и Евдокия Урусова, князь Иван Хованский и др.).
Раскольники оказали заметное влияние на общественное самосознание русского общества конца XVII - начала XVIII в. Многие народные движения, имея в своей основе социально-экономические и политические мотивы, оказались связанными и с поддержкой старообрядцев. Такими были Соловецкое восстание 1668-1676 гг., стрелецкие восстания 80-х годов и др. Разделение православного населения страны по религиозному признаку наложило огромный отпечаток на общественную мысль, нравственную атмосферу и культуру последующих веков.
